1993年9月，校长陈江潮代表校董会出席小六家长会宣布：1994年9月起中一之社会科及科学科将采用母语授课。然而此举引起大部分家长的反对，及后发动游行抗议。1994年4月，主教代表约见校监陈达明神父及陈江潮校长，通知顺应家长要求，改变母语授课计划：由分科变为分流。校方其后让步，校监陈达明神父发表‘母语教学立场书’，正式公布由1994年起两届中一均采用分流制，1996年之中一则分科采用母语教学。因此，1994学年度中一的其中三班（C，D，E班）采用英语授课，两班（A，B班）采用母语授课。其后为了配合政策，1997学年度中四的文科班采用母语教学，理科班则分班采用母语授课。1999学年度，中六预科文科班采用分科母语授课，经济学（香港高级程度会考高级补充程度科目）采用英语授课；理科班则以英语授课。

母语授课的教学语言政策一直受到争议，因为无论采用分科还是分流的母语授课计划，都会改变此校作为英文中学的教学传统与定位；不少人认为母语教学虽然有助于培养学生的学习兴趣，打破语言障碍，但同时会造成英文水平的下降；再者，当时母语教学仅是香港教育统筹局所提倡的教学理念，并未落实为具体政策。故此，校方的决定普遍不为家长所认同。自香港特区政府于1998年实行中学在初中阶段分为英语教学和母语教学两类，即俗称的“英中”和“中中”的政策，全港仅有114所“英中”，家长在标签效应下为子女报读“英中”，普遍认为影响了“中中”的收生水平。该校于1998年主动放弃以英语授课，正式成为“中中”，但保留校名不变。在这样的时代背景下，该校难免受到影响。

1996年，该校中一分科采用母语教学。2004年初中的数学及科学科保留以英文教科书授课，但此做法并不附合教统局对于母语教学的有关规范。2005年5月，教统局质素保证分部发表的“校外评核报告”亦指该校“在个别以中文为授课语言的学科中，部分章节用英语教授和考测”的做法，“未能为学生营造有利的语言环境及促进学生学习成效”。校长杨少雄以书面回应，指有关教学政策是得到家长同意及学生认同，以提升英语学习机会及衔接以英语授课的高中课程。

同年6月，教统局接到家长查询该校自行增加英语教学比例的做法是否恰当，而揭发该校有违规的情况。苹果日报在7月8日报导校方在招收中一生时仍是以英语教授数学及科学科为“卖点”，吸引直属的圣若瑟英文小学毕业生报读，有误导家长之嫌。但副校长赵善晋接受该报访问，否认外界观点，表示若有心欺骗家长，就不会举办升中讲座讲解；他又透露该校于1998年主动放弃以英语授课，并未想到现今社会歧视中文中学，认为是被教统局出卖。

1996年11月20日，油麻地嘉利大厦发生五级大火。此校两名中五学生，被困于十五楼的诊所内。在浓烟密布的环境下，其中一名陆姓学生不支倒地，并失去知觉。另一名李姓学生情急下爬出窗台上，攀住挂在大厦向庇利金街外墙的冷气机，后来由于火势猛烈及体力不支，他摔落至二楼的钢制遮阳篷上。李姓学生虽然身体有多处骨折，却奇迹生还，经过几个月的治疗后完全康复。身穿校服的他逃生及坠楼一幕，被大部分电子传媒清晰拍摄。

陆姓学生及一名家长最后证实于事件中不幸丧生。校方其后为陆姓学生举行全校哀悼仪式，并以他冠名举办纪念足球联赛，由学生自行组队参加。

自因特网于1990年代中期开始流行，学生利用个人网页及新闻组作为管道，公开评论校政日渐普及，尤其当时不少学生对于刚履新的杨少雄校长部分措施（例如引入《新青歌》）并不适应，同时母语教学所衍生的班级差异，使得部分来自母语教学的文科班学生试图借由网上留言，宣泄不满。由于网上讨论在当时是新兴事物，部分学生留言较为偏颇，甚不为老师及校方所认同。1998年，由电脑学会负责管理的官方新闻组被校方以“无法避免校外人士阅读及贴文”为理由而关闭。自此，在缺乏官方言论平台的背景下，有学生转而利用GeoCities开设个人网站及网上留言板作为补充，更有学生以恶搞方式设立网报与讽刺训导处的网站，然而这些网站大都因为管理者毕业离校而无疾而终。

2004年，教育统筹局质素保证分部校外评核队到该校作为期一周的巡视，该校为隆重其事，增设电子资讯栏、固定投影机等硬件设施。更在校舍外墙悬挂八幅“黄底红字”的大幅文宣布条，以显著褒扬所获得的荣誉和奖项，但此举惹来不少家长、新、旧学生反感，甚至讥为“贴符的天主教学校”，其后先后被家长教师会及学生会批评。最讽刺的是校方于校外评核队巡视完毕后，随即将所有布条卸下。有人在提供网志托管服务的Xanga网站上设立一个名为“SJACS”的网志，批评校方做法，引起新旧学生广泛讨论，由此延伸到有关母语教学及其他校政问题的讨论。该网志最后被破坏者关闭而告终，Xanga方面亦无意复站。

此事令不少老师改变网络讨论的刻板印象，显示学生、家长、校友共同关心学校的精神。一位将近退休的老师直言:“希望网上有人能成立更多类似的讨论空间，让新旧学生们有空间思考，利用学生、家长的力量向学校施压，挽救这间一直被母语教学问题困扰的学校，重振我校昔日光辉。”其后有学生在Blogger和wordpress，建立独立媒体形式的网志，然而以电邮投稿的发表方式较难普及。2007年2月，有学生在乐古论坛建置讨论版，提供讨论平台。

不少学生使用Xanga成立个人及班级的网志，亦有在职老师建立个人网志与学生进行良性互动。

校监龚伟南神父于2006年透露，校方正争取地政总署拨地，扩展校舍。校方曾提出在现址后方的正进行修葺工程的斜坡地作为选址，惟有关部门以斜岥危险为由拒绝该申请。校方亦曾计划迁校至顺利邨及九龙湾，皆失败告终。

2006年12月，教育统筹局发出“2006年度第三次校舍分配工作分配通告”，其中一所校舍的校址位于现时校址附近的的佐敦谷发展区，该校舍占地面积达7,700平方米，为现时学校面积达2倍以上。校方在得到全体教职员赞成及咨询家长意见后，正式把计划书交给教统局审批。2007年4月27日，教统局公布2006年度第三次校舍分配工作分配结果，决定把佐敦谷发展区兴建中之校舍推荐分配给此校，预计新校舍将于2010年启用。

2005年度，圣若瑟英文中学，在校学生约1161人，分布于29个班别。中一至中五设5个班别(A, B, C, D, E)，中一至中三设有每班约45人；中六至中七共设4个班别(A, B)，每班约30人。校内所有中一学生是由香港教育统筹局实施的香港中一学位派位机制及少量自行派位学额中招收，绝大部份学生均为第一及二组别(Band 1-2)的学生，学术成绩一般良好。

圣若瑟英文中学奉行母语政策，使用中文及英文作为教学语言的中学。除电脑、音乐、英文外，其余初中所有科目均使用中文作为教学语文。中四至中五的学生则开始在理科、经济科、音乐科以英文授课。

圣若瑟英文中学，校舍坐落九龙东部的观塘区，实际位置位于观塘道61号（与彩石里交界），毗邻启业邨、九龙湾及彩虹。

中学部校舍于1967年启用，呈“口”字型，中庭天井部分为操场兼篮球场。连同2001年启用的北侧新翼，总面积为3100平方米。校舍规模以现时标准来看，较香港一般中学为小，只能说为学生提供一个勉强合适的环境学习。

·学生为学生会当然会员

·每年全民大会会在选举当日同时举行，卸任学生会将交代工作成果，如有任何表决，将由学生全体举手通过。接著，新一届学生会候选内阁将由主席各自发表演说，介绍选举政纲，最后由学生轮流到早会台前投票。

校友何安达曾与一班同学筹组首届学生会，并发起签名运动，但学校却没有理会。

1990-91年间，学生再次向校方提议成立学生会。1992年，第一届学生会成立。

学生会选举采用内阁制，由全校学生普选产生；假若只有一个候选内阁同额竞选，则必须进行信任投票。

学生会干事为主席、内外务副主席、内外务秘书、公共关系秘书、总务秘书、总编辑、两名司库共十名干事。

学生会96年加入观塘中学生联会、2002年至2005年为学生福利联盟（SWA）成员。

2005年进行第一次修宪，增加四社社长为干事会成员。

每年学生会都会举办不同活动让学生参加，曾举办活动包括：

校庆、圣诞表演活动

班际5人, 社际, 师生足球比赛

班际篮球比赛

公益金便服日

黑版涂鸦比赛

Weakest Link

大富翁比赛

联校英文口语练习

联校圣诞舞会

联校歌唱比赛

出版校报：睿思

旧书义卖(第十一届 - )

漫画租借(第九届 - )

影印服务(现因校方多年拒绝而停办)

联校模拟试卷交换

·夏天—白色短袖衬衫（袋口须缝上校徽布章）；白色长裤

·冬天—白色短袖衬衫（袋口须缝上校徽布章）；灰色长裤；深蓝色校褛（袋口须缝上校徽绣章）

·设计与直属小学类似，为金、蓝两色斜条纹，金色条纹绣上白合花及“SJ”字样。

·旧生会分别设计两款以蓝色与枣红色，绣有“SJ”盾征图案，供中五及中七毕业生购买作为纪念品。后来，由于部分毕业生留校升读预科，校方亦容许他们配带该款领带，此俗成惯例造成中六班学生的领带未为统一。后来有家长认为领带二分不当，校方因此接纳建议，以蓝色的旧生会领带作为高年级学生配带的指定领带。此举效法自喇沙书院。

·1996年以前，夏天体育制服为印有校徽的汗衣，冬天则为印有校徽的白色运动夹克。

·1996年起，根据学生所属学社的代表颜色（红、黄、蓝、绿）穿著指定的体育上衣，四社体育制服均印有黑白校徽。

§该校指定学生穿著结带的黑色皮鞋上课，运动鞋则自由穿著。在1990年代以前，学生容许自由穿著皮鞋或波鞋上课。

§学生会曾于1997年发行一款红白蓝三色运动夹克，胸前印有“Josephian”字样。此运动夹克虽然受到不少同学的喜爱，但校方及后明确界定此服装不可代替正式校服。

§校内不少运动队各自设计其指定运动服，作为参与校外比赛的指定服装。

石修

林嘉华

陈嘉上

郭少霖

黄子华

王书麒

谷德昭

许诚毅－著名国际动画制作人，2002年凭作品史力加勇夺第74届奥斯卡金像奖最佳动画长片殊荣，是首部动画得到此增设奖项。

严嘉骏－Sky成员

陈伟霆－演员，跳舞歌手，因饰演《古剑奇谭》中的陵越大师兄而一爆而红。

谭俊彦－演员，著名演员狄龙之子

郭启华—前商业电台DJ、助理节目总监；新城电台节目总监、东亚唱片顾问兼郑秀文经理人

胡恩威

陈云海

伍诗铭

罗兆辉—前东方红集团主席，曾在香港股坛及地产界叱咤一时。

陈文敏—资深大律师；香港大学法律系系主任（1999~2002）、法律学院院长（2002~）；四十五条关注组成员

钟宇平—前香港中文大学教育学院院长

赵其琨—香港浸会大学管理学系教授、人才资源管理策略理学硕士课程主任；香港人才管理协会会长、平等机会委员会委员（2002~）；

何敏嘉—香港立法会议员（卫生服务界；1998~2000）、香港护理员协会主席（2000~2002）

何安达—香港行政长官办公室新闻统筹专员（2006~）

陈家强—香港科技大学工商管理学院院长（2002.7~）、香港消费者委员会主席（2005.9~）、太平绅士；候任财经事务及库务局局长（2007.7~）

伍国宝神父

夏志诚神父

曾庆导神父

陈永超神父

薛君浩神父

卢柏荣神父

第一任：孙保禄修士（1958~1975）

第二任：黄殷华（1975~1976）

第三任：陈江潮（1976~1998）

第四任：杨少雄（1998~2014）

第五任：潘永强（2015~）

孙保禄修士（1975~1986）

陈达明神父（1986~1999）

黎民胜神父（1999~2003）

顾厚德神父（2003~2005）

龚伟南神父（2005~）

·此校师生均习惯以“圣Joe仔”或“Josephian”作学生的称呼，以“圣Joe”称呼学校。

·由于学生辅导组办公室（前称训导处）位于111室，故被师生谑称为“三柴房”。

·以前的学生行为纪录簿由于采用黑色封面，师生都喜欢称它为“黑簿”。

·师生关系融洽，老师多有绰号（花名）。早年喜欢以“X佬”称呼男教师，最为师生熟悉的绰号为：陈江潮校长的绰号“鸡泡”（因他很胖且脸圆），以及现任叶副校长的绰号“叶佬”，梁漱眉老师则称为寿眉或寿眉姐。

·校舍空间有限，故此只容许学生在校内踢俗称西瓜波的胶球，禁止使用标准足球。

·一楼所有向操场的教室及办公室，均装有窗花，以免被胶球毁坏。

·以前，校方容许学生在早会前及下课后在操场自由进行球类活动，形成足球与篮球同场进行的特殊景象，很多同学亦喜欢留在校园观赏球赛。2002年后，校方禁止学生早会前进行球类活动，下课后则将操场平均分配予纪律队伍及球类学会进行活动，学生亦不得逗留在校超过下午5时，昔日“球球是道”的校园气息遂不复再。

·由于该校为一所男校，故此该校演出戏剧里的女性角色，均由学生反串演出。

·校友陈嘉上执导的电影逃学威龙，其中由黄炳耀饰演的警司“夺命绞剪脚”，普遍被认为是影射该校当时一位任教英文科的老师。

·由于操场位于校园中庭，具一定的迥音效果。楼层间的呼唤与操场的起哄声，极易被一呼百应～学生先以嘘声和应，再蜂拥而至看个究竟。虽然这样并非有秩序表现，但成为学生与校园环境的特殊互动。

·早年由于该校当时尚未开设预科班，中五毕业生多转往喇沙会辖下学校及当时仍录取男预科生的德望学校升读预科，直至开设文科预科班后方完全结束。

·民主党前主席李柱铭曾于此校任教英语科。

·此校的图书馆于1994年完成电脑化，印有条码的学生证兼具借书证功能，是香港最早使用电脑化借还图书系统的学校图书馆之一。

·2005年学生会进行第一次修宪前，会章上列明设5个社, 实则只设了4个社。未被设立的为“黑社”。

圣若瑟英文小学