发酵床主要由有机垫料组成，把菌液和上面的垫料均匀的混合发酵一段时间。猪舍填垫总厚度约30 厘米左右。在使用过程中观察猪舍的卫生状况，可以不断的补充垫料，土的用量为总材料的 10% 左右，要求是没有用过化肥农药的干净泥土；盐用量为总材料的 0.3% ；益生菌菌液每吨填料用2-5公斤。 基本上每平米的用量。

将菌液、稻壳、锯末等按一定比例混合，使总含水量达到 60% ( 注意：干材料也已经含水超过 10%) ，保证有益菌大量繁殖。用手紧握材料，手指缝隙湿润，但不至于滴水。加入少量酒糟、稻壳焦炭等发酵也很理想。

材料准备好后，在猪进圈之前要预先发酵，使材料的温度达 50 度，以杀死病原菌。而 50 度的高温不会伤害而且有利于乳酸菌，酵母菌，光合作用细菌等益生菌的繁殖。猪进圈前要把床面材料搅翻以便使其散热。材料不同，发酵温度不一样。