之后这对夫妻拜见了克利奥帕特拉，而女王解释了维序者们的真实面目以及他们对埃及的计划。巴耶克被提拔成为了全埃及守护者，并开始沿着尼罗河追猎维序者。而艾雅与船长弗西达斯一同出海，前去游说罗马执政官庞培。

在列托波利斯，巴耶克追踪被称为“圣甲虫”的维序者，他压迫着尼罗河三角洲地区的人民。于是巴耶克与列托波利斯的保护者塔哈尔卡结盟。当巴耶克发现塔哈尔卡就是“圣甲虫”后，在他儿子卡瓦博前杀死了他。

在吉萨，维序者“鬣狗”卡丽塞特在吉萨大金字塔为复活女儿而进行人祭。巴耶克追踪目标并杀死了她。

在孟斐斯，这对夫妻重聚，共同调查了笼罩着城市和大祭司帕塞拉普塔家庭的诅咒。他们发现这都是帕塞拉普塔的副手“蜥蜴”赫特比所为，是他毒害了圣牛以及大祭司怀孕的妻子塔伊姆霍特普。他的计划是破坏克利奥帕特拉即将的抵达。随后，巴耶克杀死了赫特比，让城市不再受侵扰。

在法尤姆绿洲，巴耶克与霍特普赫拉斯结盟，抗争被称作“鳄鱼”的维序者的压迫。霍特普赫拉斯的女儿夏迪雅被角斗士兄弟戴奥维克斯和维利多维克斯绑架后被鳄鱼溺死，于是巴耶克渗透进克罗克迪洛波利斯竞技场作为角斗士去发现这名维序者的真实面目。他在此处遇到了也成为了角斗士的老友肯莎，并与她组队与高卢兄弟作战，揭开了“鳄鱼”的身份。在巴耶克和肯莎打败他们之后，他们透露行省长贝勒尼基就是那名维序者。肯莎发现朋友对她有所隐瞒，并决定为贝勒尼基做护卫。巴耶克在没有伤及朋友的情况下，杀死了这名维序者。

当艾雅和弗西达斯在海上与“胡狼”卢修斯·塞普提米乌斯领导的加比尼亚人作战时，巴耶克前往赫拉克利翁向克利奥帕特拉报告。在路上，他遇到了塔希拉，并帮助她与抓捕动物用于马戏和决斗的罗马士兵战斗。

巴耶克于前48年9月抵达赫拉克利翁，与艾雅阻止了对克利奥帕特拉的刺杀，兵杀死了加比尼亚人维纳托。他们试图与庞培会合却发现这名执政官被维序者斩首了。由于克利奥帕特拉最后的希望落到了盖乌斯·尤利乌斯·凯撒身上，艾雅、巴耶克和弗西达斯便护送女王走海路前往亚历山大。当托勒密舰队攻击他们时，夫妇俩带着女王逃到了城中，而弗西达斯攻击其他船只。

在亚历山大，阿波罗多洛斯、艾雅和巴耶克将克利奥帕特拉裹入毯中渗透进了王宫。由于女王与执政官达成同盟，这对夫妻便留在了城中。艾雅将伊甸苹果交给阿波罗多洛斯，并与巴耶克一同开启了亚历山大大帝的陵墓以帮女王取悦凯撒。前47年2月，上古维序者“胡狼”塞普提米乌斯和“毒蝎”波提纽斯率领的托勒密军队袭击了凯撒在亚历山大的部队。艾雅在亚历山大灯塔向罗马舰队发出进攻的信号，而巴耶克则帮助凯撒作战。

在尼罗河战役中，巴耶克杀死了波提纽斯，并与塞普提米乌斯决斗，而艾雅受女王之命，前去结果托勒密，但她看到一群鳄鱼即将吞噬法老的时候，便放下了武器。当巴耶克即将用袖剑结果塞普提米乌斯的时候，凯撒阻止了他，说是想让这名加比尼亚人接受罗马的审判，巴耶克因此被打倒。后来，夫妇俩见证克利奥帕特拉手持权杖，向亚历山大的人民演讲，站在一旁的正是凯撒和塞普提米乌斯。阿波罗多洛斯向他们解释说克利奥帕特拉不再需要他们效力，因为她已经与维序者结盟了。

认识到他们错误地支持了克利奥帕特拉后，巴耶克和艾雅召集了他们的盟友们，法诺斯，帕塞拉普塔，塔希拉以及弗西达斯组建了一个兄弟会，以对抗维序者，捍卫民众的自由意志。巴耶克和艾雅意识到维序者对亚历山大陵有着非比一般的兴趣，便前去调查。他们于此发现了受了致命重伤的阿波罗多洛斯，被警告说凯撒的副手弗拉维乌斯·梅特鲁斯，就是维序者的领袖。他和塞普提米乌斯夺走了苹果和权杖，并正前往锡瓦的密室。

回到锡瓦后，夫妻俩发现城市已经被上古维序者的军队染指。进入已经开启的密室后，他们发现一个全息全球地图，以及巴耶克的朋友霍普扎法的尸体。埋葬了霍普扎法后，巴耶克前往昔兰尼加追杀弗拉维乌斯，而艾雅到亚历山大追缉塞普提米乌斯。巴耶克在玛尔斯神殿中对决弗拉维乌斯，就算这名维序者头子用上伊甸苹果的力量，也被巴耶克杀死，为卡慕报了仇。

巴耶克回到亚历山大时，艾雅已经招募了马可斯·布鲁图斯以及盖乌斯·卡西乌斯·隆基努斯到他们的事业中。她计划与布鲁图斯以及卡西乌斯前往罗马，刺杀凯撒和塞普提米乌斯。巴耶克和艾雅就此分别，但却发誓让保护世界不为阴影所遮蔽，便组建了无形者。他们分别时，巴耶克将他的鹰头骨护身符丢到了沙地上，而留下的印痕以后也成为了新生兄弟会的标识。

巴耶克在孟斐斯建立了一个据点，并成为了导师。袖剑成为了无形者的标志性武器，他们在行动中隐匿行踪，飞檐走壁。而成员们也学巴耶克切下左手无名指，以表信仰。

扩展西奈

到了前38年的时候，埃及兄弟会已经在西奈有了一个分部，并于当地的反抗军领袖盖米拉特结盟。当年巴耶克应塔希拉之请来到西奈，刺杀了路菲欧的三名副官。

然而之后西奈分部被罗马人袭击。巴耶克，塔希拉和卡旭塔被抓住，巴耶克被钉在了十字架上。而阿蒙内特赶来救下了巴耶克，告诉他说西奈分部的无形者惹出了太大的动静，她甚至在罗马都听说了他们的事情，并猜测他们当中可能有叛徒。

两人救出了塔希拉和卡旭塔，但塔希拉后来因伤势过重而死去。改名阿蒙内特的艾雅与巴耶克赶往路菲欧所在的时候发现他的人正在烧毁一座村庄，于是阻止了他们，之后巴耶克刺杀了路菲欧。

接着阿蒙内特告诉巴耶克，盖米拉特为了鼓动更多人加入反抗军，牺牲了许多无辜的村民。巴耶克就此事与盖米拉特对峙，盖米拉特称他们是同一战线的，而巴耶克否认，只表达了战意。最终巴耶克杀死了盖米拉特，而盖米拉特临死前悔悟了过来。之后巴耶克重建了西奈据点，然后制定了无形者不得杀害无辜之人的准则。

刺杀埃及艳后

在公元前44年3月15日的凯撒遇刺事件之后，艾雅决定赦免克利奥帕特拉的罪行。但是在公元前30年8月12日，已经改名为阿蒙内特的艾雅潜入了亚历山大的宫殿，将恺撒里昂击倒，并与她的前朋友和法老克利奥帕特拉对峙。在屋大维围攻这座城市时，阿蒙内特敦促克利奥帕特拉屈服于她的命运，而克利奥帕特拉最终接受了这一要求，条件是阿蒙内特将凯撒里昂带回罗马，并把他训练成一位无形者。阿蒙内特递给了克利奥帕特拉一瓶毒药，随后，克利奥帕特拉在阿蒙内特带着失去知觉的凯撒里昂离开后服用了这瓶毒药自杀了。在一座灯塔的岸边，她与弗西达斯会面，之后，她们与凯撒里昂一起乘坐一艘三桅小帆船前往罗马。

帮助马穆鲁克人

13世纪初期，埃及刺客从一位商人那里购得了阿赛特节杖，商人声称这是从一名发现了古罗马船只残骸的意大利渔民那里购买而来。1250年，黎凡特刺客兄弟会任命一名埃及刺客将这柄节杖带到他们的盟友马穆鲁克人处，以协助他们反抗阿尤布王朝的统治。 然而，在其前往开罗运送神器的途中，却遭到了圣殿骑士的袭击。

尽管身负重伤，这名刺客还是成功的抵御了圣殿骑士的袭击，并成功的将阿赛特节杖交到马穆里克人手中。这柄节杖帮助他们的奴隶起义大获全胜，也成为了巴赫里王朝的重要奠基石。

1257年，黎凡特刺客兄弟会解散。黎凡特兄弟会的导师阿泰尔·伊本-拉阿哈德的儿子达里姆·伊本-拉阿哈德搬到了亚历山大。达里姆和他兄弟的遗孀、孩子们共同生活。这样也使他们的血脉融入了埃及刺客之中。达里姆还特地前往了巴赫里王朝，并将伊甸苹果交给了他们的一位苏丹，以此进一步强化了这名苏丹的权力。

寻找阿赛特节杖

1340年，在阿塞特节杖被巴赫里王朝占有近一个世纪之后，埃及圣殿骑士从阿尔·纳西尔·穆罕默德苏丹手中夺走了节杖，刺客们把寻找节杖的任务委托给了努马·阿尔卡姆辛，以及他的徒弟阿里·阿尔格雷布。经过一年的努力，努马和阿里找到了圣殿骑士的藏身之处——卡纳克的阿蒙神庙。到达卡纳克的阿蒙神庙时已经是晚上了，两人穿过一个村庄，阿里注意到一个男人带着一把刻着圣殿骑士的十字架的匕首。阿里及时通知了努马，并点起一把火，吸引这名圣殿骑士的注意力，给努玛创造了找到阿塞特节杖的机会。

天不遂人愿，火的效果并不理想。努马被圣殿骑士团团围住，就在他们激烈交锋之时，阿里成功偷到了节杖。二人随即带着神器逃离了卡纳克。

两天后，努马抵达了开罗苏丹的宫殿。苏丹希望努玛将节杖交到他的手中，但刺客并不信任这名领袖，并告诉他们：除非有能够令节杖重归尊崇的新任苏丹出现，否则神器将永远留在刺客手中。这一席话激怒了苏丹，他认为这是对他的侮辱，于是下令将其投入大牢。

在牢房中，努马遇到了一名叫做莱拉的女人。她声称自己曾是一名圣殿骑士，但是自己参加圣殿骑士只是为了杀死那个人——阿尔·纳西尔·穆罕默德，也就是前任苏丹，而如今同样身陷牢狱的她不是圣殿骑士的真正信徒。随后，二人携手逃脱牢狱，抵达了莱拉在行刺前准备好的安全屋。深夜，莱拉勾引了努马并和他做爱。

就在努马入狱之时，阿里被埃德富神庙的圣殿骑士俘虏并严刑拷打，甚至打断了他的手腕。终于，精神崩溃下的阿里同意协助圣殿骑士击杀他的老师来活命。

努马抵达了埃德富神庙后注意到了阿里包扎着的手腕。旋即，圣殿骑士们冲了出来将二人包围。莱拉走出人群，对努马说：“阿赛特节杖已经不重要了，重要的是你的命。”她当着那战战兢兢的学徒的面，将匕首刺入了努马的心脏，并告诉他：“我之前说的，都是谎言。”随后，她信守诺言，放过了一旁瑟缩的阿里。

尽管阿里背叛了他的老师，但并没有背叛他对兄弟会的忠诚。他在努马与莱拉决斗时将节杖藏在了手臂的绷带中。离开之后把它藏到了埃德富附近沙漠的一个水井中并试图与兄弟会的人员联系。背信弃义的人就像鬣狗与秃鹰，但却不像二者那样能食腐而生。几周之后，阿里因吃了腐败的肉，食物中毒而死。

莱拉将节杖带回开罗交给苏丹时才发现这是用树枝冒充的假货，于是立刻开始追踪阿里。机缘巧合之下，追踪过程中莱拉因口渴而在阿里丢下节杖的水井处停下，发现了神器的闪光。但在攀下去的时候失足跌落井底，头部遭到重创，失去意识。三天后，一伙贝都因人路过将其救出并悉心照料。失忆的她早已忘却自己的身份和任务，不知不觉间离开了苦苦追寻的节杖。她跟随贝都因人离开，但在九个月后，生下努马的孩子时难产大出血而死。至此，节杖的下落永远无人知晓。

1511年，埃及刺客的导师是阿泰尔·伊本-拉阿哈德的后裔伊斯坎德尔。那年，他被逮捕并即将被处决，但他最终被意大利刺客兄弟会的导师艾吉奥·奥迪托雷从君士坦丁堡派来的奥斯曼刺客所救。

1794年，埃及刺客的导师是在开罗工作的阿尔莫林。法国刺客亚诺·维克托·多里安需要保证一个伊甸苹果的安全，他将其从圣丹尼之头中取出，并安排一名巴黎刺客将其送入开罗城中。

托勒密埃及/罗马共和国

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