2002年夏天，埃梅里加盟莱加内斯足球俱乐部，跟随球队征战西乙联赛，并在该赛季西乙联赛首轮莱加内斯0-0战平巴达霍斯的比赛中首发登场。该赛季，埃梅里为球队出场9次。一个赛季后，埃梅里转会至洛尔卡竞技足球俱乐部，跟随球队征战西乙B联赛，在仅为球队出战4场比赛后，2004年11月，埃梅里宣布退役。

2004年12月21日，32岁的埃梅里成为西乙B联赛洛尔卡竞技足球俱乐部主教练。该赛季埃梅里便带领球队闯进升级附加赛，并先后击败阿利坎特足球俱乐部和皇家伊伦联足球俱乐部，带领球队首次打入西乙联赛。2005-06赛季，埃梅里带领洛尔卡取得西乙联赛第五名。2006年夏天，埃梅里卸任洛尔卡主教练一职。在执教洛尔卡期间，埃梅里率领球队出战70次，取得34胜10平26负。

2006年夏天，埃梅里接手阿尔梅里亚足球俱乐部。8月26日，他在西乙联赛首轮迎来了执教阿尔梅里亚的首秀，球队主场0-1不敌特内里费足球俱乐部。尽管赛季初表现不佳，前三场比赛全败并一度跌至积分榜末尾，但埃梅里迅速带领球队逆转局势，最终以亚军身份结束2006-07赛季，成功晋级西甲联赛。

2007年8月26日，埃梅里在执教的首场西甲联赛中带领阿尔梅里亚客场3-0大胜拉科鲁尼亚足球俱乐部。2007-08西甲联赛，阿尔梅里亚击败皇家马德里足球俱乐部、逼平巴塞罗那足球俱乐部，最终获得联赛第八名。赛季结束后，埃梅里卸任阿尔梅里亚主教练一职。执教阿尔梅里亚期间，埃梅里带队出战84场比赛，取得39胜19平26负。

2008年夏天，埃梅里成为瓦伦西亚足球俱乐部主教练，并在8月17日的西班牙超级杯首回合中完成执教新球队的首秀，带队主场3-2战胜皇家马德里足球俱乐部。然而，次回合瓦伦西亚客场2-4告负，总比分5-6无缘冠军。在2008-09赛季的西甲联赛前8轮中，瓦伦西亚表现强势，取得6胜2平的不败战绩，但随后球队状态下滑，最终以联赛第6名结束赛季，并在西班牙国王杯止步八强。

2009年8月，欧洲联盟杯资格赛第4轮，瓦伦西亚两回合总比分7-1战胜挪威球队斯塔贝克足球俱乐部。2009-10赛季，虽然赛季初瓦伦西亚表现不稳定，但在中期逐渐找回状态，稳居积分榜前三，并最终以21胜8平9负的成绩获得联赛季军，拿到欧冠参赛资格。此外，埃梅里还率领球队在欧联杯上打进八强，最终因客场进球劣势不敌马德里竞技足球俱乐部被淘汰。

2010年9月14日，埃梅里迎来了执教生涯的欧冠首秀，率队在欧冠小组赛首轮客场4-0大胜布尔萨体育足球俱乐部。2010-11赛季，瓦伦西亚在他的带领下再次获得西甲第3名，并杀入欧冠16强。

2011年1月11日，欧洲冠军联赛小组赛，瓦伦西亚3-1战胜德甲球队勒沃库森足球俱乐部。2011-12赛季，瓦伦西亚在埃梅里的指挥下三线作战，但均未能取得突破。球队在西甲依然排名第3，欧冠未能小组出线后转战欧联杯，但在欧联杯和西班牙国王杯的比赛中双双止步四强。赛季结束后，埃梅里宣布卸任瓦伦西亚主教练一职。在执教瓦伦西亚期间，他带队出战220场比赛，取得了107胜58平55负的成绩。

2012年7月，埃梅里远赴俄罗斯，接过莫斯科斯巴达足球俱乐部教鞭。在执教莫斯科斯巴达的前6场比赛中，埃梅里率队拿下5场胜利，但随着赛季的深入，球队成绩严重下滑，在11月15日俄超联赛主场1-5负于莫斯科迪纳摩后，埃梅里下课。在执教莫斯科斯巴达期间，埃梅里率领球队出战26次，取得12胜3平11负。

2013年1月14日，塞维利亚足球俱乐部任命埃梅里接替前主帅米歇尔出任球队主帅。尽管是中途接手，但埃梅里仍带领塞维利亚取得了联赛第九的佳绩，成功获得了欧联杯的参赛资格，并一路挺进西班牙国王杯的四强。

2014年5月14日，欧联杯决赛，塞维利亚点球大战4-2战胜本菲卡足球俱乐部。2013-14赛季，塞维利亚在西甲联赛初期遭遇了五轮不胜，排名一度跌至积分榜末尾。但球队随后强势反弹，最终获得了联赛第五。

2014年8月12日，在欧洲超级杯的较量中，埃梅里带领的塞维利亚以0-2不敌皇家马德里。2014-15赛季中，塞维利亚在联赛中再次取得第五名。在欧联杯赛场上，塞维利亚以8胜1平的战绩成功卫冕。

2015年8月11日，欧洲超级杯，塞维利亚以4-5的比分惜败巴塞罗那，再次与冠军失之交臂。2015-16赛季，塞维利亚未能从欧冠小组赛出线，但他们仍然获得了参加欧联杯的资格。欧联杯淘汰赛阶段，塞维利亚杀进决赛，3-1的战胜利物浦足球俱乐部，实现了欧联杯三连冠。该赛季西班牙国王杯，埃梅里也带领塞维利亚闯入了决赛，但最终以0-2的比分不敌巴塞罗那，无缘冠军。在西甲联赛中，塞维利亚则取得了第七名的成绩。

2016年夏天，埃梅里选择离开塞维利亚俱乐部。在塞维利亚执教期间，埃梅里率领球队出战205次，取得107胜43平55负，率队夺得3个欧联杯冠军和2个欧洲超级杯亚军。

2016年6月22日，巴黎圣日耳曼足球俱乐部通过官方推特宣布了球队下赛季的主教练人选，前塞维利亚主帅埃梅里将执掌大巴黎的教鞭，双方签约至2018年。2016-17赛季巴黎错失联赛冠军，在欧冠淘汰赛中被巴塞罗那上演大逆转淘汰出局。2017-18赛季，埃梅里率领巴黎夺得了法国超级杯、法国联赛杯、法甲和法国杯的四冠王，但在欧冠淘汰赛首轮就皇家马德里淘汰。

2018年夏天，埃梅里离开巴黎圣日耳曼。执教巴黎圣日耳曼期间，埃梅里率领球队出战114次，取得87胜15平12负，夺得1个法甲冠军、2个法国杯冠军、2个法国联赛杯冠军和2个法国超级杯冠军。

2018年5月23日，阿森纳足球俱乐部宣布乌奈·埃梅里成为温格的继任者，担任球队主教练。在埃梅里的带领下，阿森纳在2018-19赛季英超联赛创造了连续22场比赛不败的战绩，这其中包括了英超联赛的7连胜以及14场不败。然而，在英超联赛的收官阶段，阿森纳在最后六轮比赛中仅取得了两场胜利，最终遗憾地排在了联赛第五位。欧联杯赛场，阿森纳在埃梅里的带领下以不败的战绩成功从小组中脱颖而出。在淘汰赛中，他们连续战胜了鲍里索夫足球俱乐部、雷恩足球俱乐部、那不勒斯足球俱乐部和瓦伦西亚足球俱乐部，挺进决赛。在决赛中，阿森纳以1-4的比分不敌切尔西足球俱乐部，无缘冠军。

2019-20赛季，阿森纳上半程在英超、联赛杯和欧联杯等各条战线上均成绩不佳。2019年11月29日，因球队成绩实在难以令人满意，英超阿森纳俱乐部宣布与主帅埃梅里及其教练团队分道扬镳。执教阿森纳执教期间，埃梅里率队出战78场比赛，取得43胜15平20负。

2020年7月23日，比利亚雷亚尔足球俱乐部官方宣布埃梅里出任一线队主教练。2020-21赛季，埃梅里率队一度在联赛、欧联杯和国王杯中连续19场保持不败，并以不败战绩夺得欧联杯冠军，捧起比利亚雷亚尔建队以来的首座冠军奖杯。2022年4月，埃梅里迎来教练生涯第50场欧冠比赛里程碑，同时首次带领球队晋级欧冠半决赛。10月，埃梅里与比利亚雷亚尔解约。埃梅里执教比利亚雷亚尔期间带队132场，取得66胜35平31负，率队获得1座欧联冠军。

2022年10月，阿斯顿维拉足球俱乐部官方宣布，埃梅里将担任球队主教练，于11月1日完成手续后正式上任。11月6日，英超第15轮，维拉主场击败曼联，埃梅里上任维拉首秀即收获一场胜利。2023年1月，在IFFHS2022年度最佳俱乐部教练评选中，埃梅里排名第7。4月22日，英超第32轮，阿斯顿维拉1-1战平布伦特福德。据统计，在埃梅里上任球队新帅之后，维拉在19场英超比赛场场都能取得进球，创造了英超历史所有新帅在执教球队初期连续进球场次纪录。4月份，埃梅里率领维拉在英超7战取得5胜，创下了维拉队史单月英超胜场之最。5月，埃梅里当选英超4月最佳主教练（主帅），成为2020年12月的迪恩·史密斯以来首位获此奖项的维拉主教练。同时这也是埃梅里生涯首次获得该奖项。

2023年12月，英超第17轮，埃梅里率队在客场2-1逆转布伦特福德足球俱乐部，在2023年拿到81个积分，仅次于瓜迪奥拉的曼城。该月埃梅里带队参加7场英超比赛，取得4胜2平1负的成绩，一共打进12球，丢9球，最终当选英超12月的最佳主帅。4月23日，阿斯顿维拉官方宣布，和埃梅里续约至2027年。5月15日，埃梅里执教下的阿斯顿维拉提前一轮锁定下赛季欧冠资格，时隔41年重返欧冠赛场。5月27日，阿斯顿维拉官方发布声明，宣布与埃梅里续约至2029年。该赛季，阿斯顿维拉在联赛中取得20胜8平10负，位列第四。

2024年10月3日，2024-25赛季欧冠联赛阶段第2轮，阿斯顿维拉主场1-0战胜拜仁慕尼黑足球俱乐部，埃梅里成为第二位率三支不同队击败拜仁的主帅。

埃梅里的祖父安东尼奥·埃梅里和父亲胡安·埃梅里都曾是足球运动员，且都是守门员。安东尼奥在皇家伊伦联效力期间，夺得2个西班牙国王杯冠军，胡安曾在拉科鲁尼亚等球队踢过球。埃梅里的叔叔罗曼·埃梅里也曾是足球运动员，司职中场，曾效力于洛格罗内斯和马拉加。

埃梅里的妻子名叫路易斯·费尔南德斯，两人的儿子兰德尔·埃梅里，同样也是职业球员，效力于阿斯顿维拉U21队，司职门将。

2021年6月，埃梅里家族成功收购了西班牙第三级别联赛球队皇家伊伦联。埃梅里的弟弟伊戈尔担任该俱乐部主席。

埃梅里战术风格整体趋向保守，主打双后腰、双边前卫和双中锋的4222，但又有433、4231和352的诸般变化。无论主客场，埃梅里从不介意面对强敌时交出主动权，全力防守，可从未放弃利用一切反击机会。（《足球报》 评）

埃梅里是最被低估的世界级教练。或许只是因为他的风格不够鲜明：保守不如莫里尼奥和西蒙尼彻底，开放又不如瓜迪奥拉、克洛普或图赫尔，甚至综合能力也没有安切洛蒂和齐达内那样令人以所谓“玄学大师”顶礼膜拜。这也让他始终无法得到真正的认可。（《机密报》 评）