1208年，南特、瓦讷和科努瓦耶的主教试图就埃莉诺的自由展开谈判，但遭约翰挫败。埃莉诺的许多追随者都被放逐。埃莉诺被迫将自己在布列塔尼和里奇蒙的权利都委托给在和布列塔尼贵族的交涉中称埃莉诺为“最亲爱的侄女”的约翰。作为布列塔尼女公爵康斯坦丝的长女，在弟弟阿蒂尔去世后，埃莉诺本应被认可为布列塔尼女公爵。但腓力及布列塔尼的诸侯害怕约翰以埃莉诺的名义统治布列塔尼或把埃莉诺嫁给亲英封臣，于是拥立埃莉诺同母异父的妹妹阿利克斯为新公爵。但身为弟弟阿蒂尔的继承人，埃莉诺被称为“布列塔尼女公爵”和“里奇蒙女伯爵”，但这些仅是虚衔，因为当阿利克斯于1203年成为布列塔尼女公爵后也被称为“里奇蒙女伯爵”，并甚至就这一遗产的继承制定了章程。布列塔尼诸侯对埃莉诺的行踪一无所知，随时准备一旦她获释就立她为女公爵。事实上约翰也允许埃莉诺使用“布列塔尼女公爵”和“里奇蒙女伯爵”的头衔，甚至和布列塔尼贵族商议释放她。他让埃莉诺给布列塔尼的贵族和教士写信，描述自己在囚禁中的生活，表达她对获释的希望，请求他们到英格兰以对释放她的问题展开谈判。这是埃莉诺唯一留存于世的手书。

1209年，苏格兰国王威廉一世把他的两个女儿玛格丽特和伊索贝尔送给约翰做人质，以维持苏格兰和英格兰之间的和平，她们也和埃莉诺一同被关在科夫城堡内。1213年6月，约翰给被囚的公主们送去了绿色礼袍、羊皮斗篷和夏季拖鞋。她们三人有时被允许在最严密的看守下骑马出行。埃莉诺还得到了深绿色长袍、斗篷、以白鼬毛皮为饰的帽子。1213年，约翰用埃莉诺要挟阿利克斯的丈夫兼共治者布列塔尼公爵皮埃尔一世与英格兰结盟，并用以里奇蒙伯爵领相赠诱惑他，但皮埃尔忠于法国国王，甚至在自己的哥哥德勒伯爵罗贝尔三世在南特被俘后也不为所动。同年，约翰宣布英格兰为教宗采邑，教宗英诺森三世因而自称埃莉诺的监护人。

1214年2月，为对抗阿利克斯，约翰带着埃莉诺、王后和理查王子讨伐阿基坦和普瓦图。他希望能得到布列塔尼的支持，并立埃莉诺为傀儡女公爵。但他的野心落了空。7月，约翰撤军返回英格兰，埃莉诺仍在他手中。同年，约翰再次和布列塔尼贵族商谈埃莉诺的权利和自由，但此次远征后，约翰自认无法从她的权利中获益，故也认可阿利克斯为布列塔尼女公爵，即使在名义上也不再支持埃莉诺，后来的亨利三世也是如此。而腓力二世已经得到了金雀花王朝的大片土地，他和布列塔尼诸侯都不再积极主张释放埃莉诺，因为对他们来说，她被囚禁在英格兰比被拥立为法国的女公爵更利于局势的稳定。

约翰和英格兰诸侯之间的关系愈发紧张，最终导致第一次诸侯战争于1215年爆发。法兰西王子路易率军入侵英格兰，并要求王位，因为他的妻子布兰卡是英王亨利二世的外孙女。与此同时，教宗英诺森三世则称埃莉诺的王位继承权优于路易。同年签定的《大宪章》要求约翰释放苏格兰、威尔士公主等人质，但埃莉诺被排除在外。关于埃莉诺多年来被关押的地点存在不同版本。一些资料称她39年来都被关在科夫城堡或布里斯托尔城堡。然而，亨利三世年间的记录证实，埃莉诺曾在被约翰囚禁在格洛斯特城堡期间欠下117磅的债务。

约翰在1216年内战接近尾声时去世，虽然按照长子继承法，埃莉诺拥有优先继承权，但英格兰贵族们却选择让约翰年幼的儿子亨利三世继位，而任这位时年32岁却依旧美丽且目中无人的公主处在彼得·德·莫利的看守下。因埃莉诺对英格兰和阿基坦的权利于其子仍是威胁，约翰临终前称埃莉诺不得被释放。因此，尽管在亨利三世统治初期，埃莉诺从来不是英格兰人不满情绪的发泄点，但无论布列塔尼人付多少赎金（如果他们曾尝试的话），埃莉诺仍然处在半囚禁或“温和的软禁”下。根据英法两国之间的协定，埃莉诺的生存得到了保障。1218年，因亨利的摄政王威廉·马歇尔认可皮埃尔为里奇蒙伯爵，埃莉诺不再被称为里奇蒙女伯爵。这时，埃莉诺已没有爵位，亨利三世便称她为“国王的女眷（king's kinswoman）”或“我们的堂姐（our cousin）”。

1221年，有传闻说有人计划营救埃莉诺并打算将她交给法国国王。1225年，彼得·德·莫利被指控与法国国王合谋弄一艘船将埃莉诺偷渡走，随后，他即失宠。这桩阴谋可能不实，只是为了让彼得和在1234年春失去王宠的彼得·德斯罗什倒台。不论这桩图谋是否存在，埃莉诺不久即被搬离近海处。从1222年6月13日起，埃莉诺被在格洛斯特（1222年7月31日-1223年7月20日）、马尔伯勒（1223年8月20日-10月9日，1224年1月）和布里斯托尔（1224年米迦勒节之前）之间转移，直到1224年6月才在布里斯托尔安顿下来，并曾被亨利三世探望。格洛斯特城堡为了安顿埃莉诺，还临时将所有的囚犯迁往他处。尽管亨利三世立下能防止埃莉诺合法继承王位的法律且认为埃莉诺不能合法继承王位，但从1223年起，他及其政府仍为持续囚禁埃莉诺采取了严格的措施。看守她的人由王室指派、监督，且频繁更换。其他看守她的人包括：恩热拉尔·德·西戈涅、沃尔特·德·圣奥登、理查·德·兰达、吉尔伯特·德·格莱恩维尔、拉尔夫·穆萨德、罗伯特·洛韦尔和马蒂厄·德·瓦洛普。

但埃莉诺也过着像公主一样的生活，受到公主般的对待，相关记录表明，被囚期间，埃莉诺在城堡内拥有自己的套房，并曾收到过来自王室成员的厚礼，如野禽、水果、坚果和酒水。她也有得体且不惹眼的衣裙，并从1225年起开始享受津贴。亨利三世曾亲自送给埃莉诺50码亚麻布，3条温帕尔头巾，杏仁和葡萄干各50磅和一篮无花果；他也曾另给她一副马鞍，以证明她仍可去骑马；并曾要求市长和庄园主管家扩充埃莉诺的宫室。政府每年都会将埃莉诺领出来示众，以防流出王室囚徒受伤的传言。这可能意味着当地民众对埃莉诺深表同情。有时，当地市长、庄园主管家、可靠的市民和特定的贵族妇女会前去探望埃莉诺，以证明她平安。埃莉诺曾由彼得·德·里沃看守，但随着里沃于1234年失势，她和城堡都被移交给威廉·塔尔伯特。埃莉诺于1237年11月出现在伍德斯托克。同年，她再次被转移到格洛斯特城堡，处在威廉·塔尔伯特看守下，她在那里曾和他的妻子发生争执。治安官约翰·菲茨格弗里曾替埃莉诺承担开销。1238年的复活节或11月，她又被迁回布里斯托尔城堡。

1235年，皮埃尔宣布放弃里奇蒙，埃莉诺理应得到里奇蒙伯爵领在斯瓦弗汉姆的庄园。但在1241年，斯瓦弗汉姆被亨利三世控制，埃莉诺仅从国王的赠礼中得到一笔该庄园的现金收入。但她被视为“政治犯”，被禁止结婚，还遭到贴身监视，甚至在过了生育年龄后也是如此。

1241年，已成为修女的埃莉诺以57岁的年龄去世。她先被葬在当地的圣詹姆斯教堂，后亨利三世称按她的遗嘱将她迁到安斯贝里教堂下葬。她还将遗体捐赠给了那里。鉴于安斯贝里和金雀花家族的联系，埃莉诺对葬所的最终选择可能是为了表达对所属王朝的屈服和忠诚的信号，但更可能是她对自己和弟弟命运最后的抗议，因为该教堂是为了圣母玛利亚和被邪恶、篡位的叔父所害的布列塔尼少年王子圣梅洛所建。然而，这两处葬所都没有为她的遗骸留下纪念物。

《拉纳科斯特(Lanercost)编年史》称，埃莉诺临死前，亨利三世出于负疚也为了让后代的权力合法化，曾经把一顶金王冠送给埃莉诺。三天后，埃莉诺将王冠赠予小王子爱德华即后来的爱德华一世。另一说她只戴了一天王冠就将其交还。

当年的《伦敦编年史》在登载埃莉诺的死讯时如是说：“埃莉诺，布列塔尼已故伯爵之女，长期被拘押在最森严的监狱”，并且指出她的英格兰王位合法继承人地位，尽管在埃莉诺死后数年，亨利三世仍不愿承认在她生前自己并非英格兰王位的世袭继承人。《蒂克斯伯里年表》在登载她的死讯时称她为“布列塔尼的埃莉诺，亨利国王的血亲”。《拉纳科斯特编年史》将埃莉诺记载为一位最美丽、果敢而委婉的妇女，关于埃莉诺的为人的有限记载证实了这些评价，她至死都不曾向命运屈服，即使长达数十年的囚禁也不能迫使她放弃自己几无保障的权利。布里斯托尔的法警被要求为她的丧礼提供蜡烛和钱财。

1246年，亨利三世安排一名牧师在一座小教堂每日做弥撒为埃莉诺招魂；1268年，他又把埃莉诺曾喜欢的威尔特郡的梅尔克沙姆庄园赠予安斯贝里教堂，为她和阿尔蒂尔姐弟招魂，这也使得她成为该教堂的赞助人。

埃莉诺长期未成为散文或诗歌的女主角，直至1907年才有以她为主角的学术论文。

埃莉诺在一些历史小说中有出现。在托马斯·科斯坦的小说《下席》（Below the Salt）中，作者安排埃莉诺脱逃并且和一个在爱尔兰有土地的骑士成了家；玛莎·坎汉的三部曲《穿过一片漆黑的薄雾》（''Through a Dark Mist''）《在午夜的阴影下》（''In the Shadow of Midnight''）《最后一支箭》（''The Last Arrow''）也讲述营救埃莉诺的故事。这两本小说中都称威廉·马歇尔也希望埃莉诺获释。在莎伦·凯·彭曼的小说《龙来了》（Here Be Dragons）和弗吉尼亚·安·沃克的小说Sirocco Wind from the East中，埃莉诺也有出现。而里克·登顿的历史小说《闪烁的天空》则以1215-1217年为背景并以埃莉诺为主角：在该小说中，埃莉诺是一位可爱、美丽、优雅而坚决的公主，虽然为弟弟和忠于自己的22名骑士被杀、本人被囚在科弗城堡而不快，但因为受到约翰王的善待并认识到约翰王的能力，对叔父抱有复杂的态度。她主动请缨帮助约翰王和叛乱诸侯讲和，令约翰刮目相看，并且与一个侍从相爱。由于厌恶男人的好战且自认为英格兰王位的合法继承人，她希望做一个和平的女王。约翰死后，她试图夺取王位，但遭到拒绝，约翰年幼的儿子亨利继位成为亨利三世。而后，面对法国王子路易入侵英格兰的严峻形势，埃莉诺再度出马，化装成年轻男子与法方谈判，最后路易战败撤军，埃莉诺也得到英格兰民众的高度认可，一些英格兰人希望放松对她的监管乃至释放她。为年幼的亨利三世摄政的威廉·马歇尔和休伯特·德·伯格虽然对埃莉诺予以欣赏和认可，认为她的才智和能力可以为英格兰所用，称赞她是“一个非常好的少妇”，但也忌惮她已然赢得的民心，又鉴于她曾试图登基，认为她终究还是会威胁到王位，决定将她转移到布里斯托尔并放松软禁，以示善待。

维多利亚时期英格兰小说家、诗人梅内拉·布特·梅德利在她的诗作《布列塔尼的埃莉诺的哀歌》中想象了埃莉诺在乏味的囚禁中老去时忧伤的心绪。

“我听他们叫你‘布列塔尼的珍珠’，现在我知道为什么了。”——莎伦·凯·彭曼《龙来了》

他可以完全明白她为什么被令人回味地叫做布列塔尼的珍珠了。这个年轻的侍从相信他从未在生活中遇到如此令人惊艳的人。埃莉诺有最深色的头发和最刺眼的棕色眼睛。在他遇到过的女人中大部分这样特定色调的眼睛都倾向于产生一种母鹿般的表情。但这颗珍珠并非如此，她的目光激烈昂扬，同时具有挑战性和邀请性。尽管她完美的红宝石嘴唇暗示天堂或与之很相近的东西，那坚定毅然的嘴暗示她发脾气时不会忍受争吵。当她微笑时，她那美丽上翘的鼻子看起来愈发诱人了，她激动人心的微笑是居伊可以几乎为此而死的。作为一个女人，埃莉诺非常高；当她如此优雅而目标坚定地走路时，她的贵族等级如此明显。英格兰国王的这个侄女看在眼里是好一颗珍珠，好一枚宝石。——里克·登顿《闪烁的天空》