埃莱奥诺雷是奥地利的斐迪南大公（即神圣罗马帝国皇帝斐迪南一世）和他的妻子波希米亚和匈牙利的安娜所生的15个孩子中的第8个孩子和第6个女儿。她是奥地利的约翰娜的姐姐，约翰娜嫁给了弗朗切斯科一世·德·美第奇，因此埃莱奥诺雷成了法国王后玛丽·德·美第奇的姨妈。

1561年4月26日，她嫁给了曼图亚公爵古列尔莫·贡扎加。

大约5岁时，埃莱奥诺雷的女儿安娜·卡泰丽娜得了重病，差点死了。她发高烧，四肢开始肿胀。她病了两年。最后，埃莱奥诺雷和威廉向圣母玛利亚深深祈祷，承诺如果安娜还活着，就把她抚养成她的孩子。很快安娜就恢复了健康。埃莱奥诺雷和威廉告诉他们的女儿，圣母玛利亚在她身上所做的善行，以及他们所作的承诺。从那以后，埃莱奥诺雷教育并引导安娜·卡泰丽娜培养对圣母玛利亚的忠诚。整个童年，安娜·卡泰丽娜都表现出一贯的虔诚。