城市合作银行的负债业务主要通过组织合作社存款、发行债券和向国外借款的方式筹集长期资金。资金来源中有财政拨款或政府出资，但所占比例很小，大部分是下一级合作银行或信用合作社上缴的存款和股金。城市合作银行还通过发行债券来筹措资金。城市合作银行的资产业务主要是向下一级合作银行或信用合作社提供贷款或直接发放长期、大额贷款，以弥补合作社的资金不足。其他业务主要有： 在信用合作社之间调剂资金，组织清算和汇兑，开展证券和国外业务等。由于合作银行开展经营的目的是为了发展合作和社会公益事业，所以贷款实行低利率。对符合国家发展经济政策的项目，不仅提供优惠贷款，还给予贴息。

在中国一些城市地区，80年代中期以来，建立了一些名为合作银行，实际上并不具有合作金融组织基本特征的股份制商业银行，如成都汇通城市合作银行、沈阳合作银行等。从1995年起，根据国务院的部署，陆续在大中城市组建了数十家城市合作银行。这些城市合作银行是按照地方性、股份制商业银行的性质要求组建和运作的。仅仅由于这些银行主要是在所在城市城市信用社人股基础上组建的，所以暂时沿袭原有称谓，叫城市合作银行。迄今为止，在中国，还没有建立符合合作金融基本特征的城市合作银行。