1812年2月底，法老号远洋货船年轻的代理船长爱德蒙·邓蒂斯回到马塞港。老船长病死在途中，临死前托付邓蒂斯把船开到一个小岛上去见囚禁中的拿破仑。拿破仑委托邓蒂斯带一封密信给在巴黎的亲信。结果，准备和相爱多年的女友结婚的邓蒂斯在婚礼上被捕了。

因为，在货船上当押运员的唐格拉尔一心要取代邓蒂斯的船长地位，便和邓蒂斯的情敌——费尔南勾结，把一张告密条送到了当局的手中。审理这个案子的是代理检察官维尔福，当他知道密信的收信人是自己的父亲时，为了确保自己的前途，他将邓蒂斯定罪为极度危险的政治犯，并将其投到孤岛上的死牢里。

邓蒂斯在死牢里度过了14个年头，在神父法利亚的精心教授下，邓蒂斯学会了数学、哲学、科学和好几种语言，成为了一个思维敏捷、能力超强的能人，并在这个过程中和神父法利亚建立了深厚的友谊，获知基督山有宝藏。而神父法利亚患有严重的蜡屈症，在第三次发作时，最终施救无果而怅然离世。邓蒂斯在万分悲痛中钻进了盛放神父尸体的麻袋中，最终被当作法利亚尸体扔进了大海。

邓蒂斯在海中被走私船救走，并和船员们成朋友。

邓蒂斯在基督山岛上找到了宝藏，成为一名亿万富翁。此后他的目标只有一个，那就是复仇。在复仇之前，邓蒂斯决定先要报恩。法老号的船主是一个忠厚、勇敢而且热情的人。他曾帮助过邓蒂斯，可是他破产了，绝望当中，他准备自杀。邓蒂斯知道后，替他还清了债务，又送给他女儿一笔丰厚的嫁妆，还送给他一艘新的法老号。

邓蒂斯得知自己的未婚妻已经同费尔南结了婚，而自己的老父亲在病中抑郁而死。他的仇恨之火越燃越旺，在为复仇做了8年准备之后，邓蒂斯回到了巴黎，摇身一变成为银行家基督山伯爵。此时，维尔福是巴黎法院检察官，唐格拉尔成了银行家，费尔南成了将军，三个人都飞黄腾达，地位显赫。

基督山伯爵的复仇目标首先是费尔南。他通过收养的阿里总督的女儿在议会上披露了费尔南在希腊出卖和杀害阿里总督的事实，这使得费尔南名誉扫地，狼狈不堪。

费尔南本来寄希望于儿子同基督山伯爵决斗，以此来“雪耻”，但他的妻子（邓蒂斯的未婚妻）早就认出了基督山伯爵就是邓蒂斯，她把真相告诉了儿子。

最后费尔南的儿子不顾自己的名声，与基督山伯爵讲和，并决定同母亲一起抛弃沾满了鲜血的家产，不辞而别。费尔南失魂落魄地回到家里，在极度害怕与绝望中自杀了。

基督山伯爵第二个复仇的对象是维尔福，他决定用全面摧毁维尔福的一切。他先买下了维尔福以前的一处住所，在这里维尔福曾企图残忍地活埋自己和唐格拉尔夫人的私生子。基督山伯爵得知：维尔福的后妻企图让自己的孩子独自继承遗产。于是他假装无意之中透露给她一个毒药配方，她利用这种毒药毒死了维尔福的前岳母、老仆人，并阴谋毒死其前妻的孩子。由于某些关系，基督山伯爵对孩子进行暗中保护，并让她暗中观察到了继母下毒的过程。最后，基督山伯爵将这个孩子送到了基督山岛上。被抓的逃犯终于受审，维尔福作为检察官对其指控，却发现逃犯是自己和唐格拉尔夫人的私生子，而维尔福也被逃犯指认为父亲，维尔福不得不承认自己和妻子一样是有罪之人。维尔福发现妻子因为罪行败露已经服毒自杀，并毒死了自己心爱的儿子。在一系列的打击下发疯。

基督山伯爵的最后的复仇对象就是唐格拉尔。他在投机事业中连续打击了唐格拉尔，使他折损巨款，几近破产。为了避免银行倒闭，唐格拉尔将女儿嫁给了一个打扮成意大利亲王的儿子的逃犯。最终在婚约签订的现场，伯爵使逃犯被抓，唐格拉尔颜面尽失，女儿受辱出走。在万般无奈之下，唐格拉尔窃取济贫机构的500万法郎逃往意大利。途中，基督山伯爵安排强盗朋友的抓住囚禁唐格拉尔。唐格拉尔在囚禁中被迫高价获取食物，最终失去所有财产，成为了穷光蛋。

基督山伯爵大仇已报，他深深地感谢上帝。在他看来，他所做的一切都是秉承上帝的旨意。他说：“现在我的工作完成了，我的使命终止了。巴黎，告别了。”于是，他便同收养的阿里总督的女儿海黛一起离开了巴黎。

大仲马在自传性质的《杂谈录》中提到了《基督山伯爵》及主角爱德蒙·邓蒂斯的诞生经过。大仲马在曾任巴黎警署档案管理员的珀歇的回忆录里，看到了一个复仇故事。

拿破仑专政时代，巴黎一家咖啡馆的老板马蒂厄·卢比昂和三个同伙，出于嫉妒跟刚订婚的年轻鞋匠弗朗索瓦·皮科开了个恶意的玩笑，诬告他是英国人和波旁王朝复辟势力的奸细。皮科当即被捕，从此音讯杳然。他被囚禁在戒备森严的费内斯特雷尔堡监狱，直到1814年拿破仑被迫退位、流放厄尔巴岛以后，才从待了七年的监狱获释。

由于同狱的一位意大利神甫在临终前把遗产留给了他，他出狱后去意大利拿到这笔遗产，变得非常富有。他化名约瑟夫·拉尔谢回到巴黎，得知当年的未婚妻听说他的死讯后，嫁给了害得他家破人亡的仇人卢比昂。他随即去卢比昂的家乡尼姆，化装成意大利神甫，从一个名叫安托万·阿吕的人嘴里，套出了卢比昂三个同伙的名字。

他返回巴黎后，进了卢比昂店里当伙计，着手实施复仇计划。不久以后，卢比昂的一个同伙尚巴尔被捅死在艺术桥上，短刀插在死者身上，刀柄上写着：第一个。皮科物色了一个获释的苦役犯，让他伪装成富有的侯爵，娶了卢比昂的女儿为妻。随后皮科又放火烧了卢比昂的咖啡馆，并杀死了那第二个同伙，遮盖尸体的黑布上写着：第二个。卢比昂夫人伤心过度而去世。皮科被卢比昂识破身份后，手刃卢比昂报仇雪恨，但他也被在场的阿吕刺死。阿吕逃往英国定居，直到1828年临终前，才向神甫说出事情经过。神甫将记录交给巴黎警署保存，所以珀歇得以看到存档的案情记录并写进回忆录。

珀歇的回忆录在他身后才出版。大仲马读了这个故事后根据这个素材，构思了整部小说的轮廓。鞋匠皮科在小说中成了水手爱德蒙·邓蒂斯。

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作者王安湉：爱德蒙·邓蒂斯和冉·阿让前半生的经历都可以归纳为“蒙怨——沉沦——救赎”的模式。不同的是，两者命运逆转之后所做出的人生选择大相径庭。但最终两者殊途同归，在宽恕中焕发了人道主义的光彩，都成为了上帝的使者。

作者钟世文：爱德蒙·邓蒂斯的复仇，无论从内容、方式、结果来说，都始终是局限在狭隘的个人复仇的范围。他的复仇方式，是极端个人主义的。为了复仇，他把一切人都当成自己复仇的工具。尽管如此，作者着意刻画这个人物，仍有其积极意义。邓蒂斯早期的悲惨遭遇值得同情；小说通过他的不幸命运的描写，对波旁复辟王朝有所揭露和批判。