1949年，属灌云县田楼区树德乡。

1958年3月，划归灌南县，树德乡改为五队人民公社。

1983年9月，改为五队乡。

2013年3月，撤销五队乡，将其所属行政区域划归堆沟港镇管辖，堆沟港镇人民政府驻兴港社区。

2011年末，原堆沟港镇辖兴港、大咀、十队3个居民委员会，堆沟、黄姚、董沟、九队、刘庄、王庄、八队、刘集、东腰、八尺、四圩11个村民委员会，共14个自治组织；下设24个居民小组、84个村民小组。

2011年末，原五队乡辖头队、小港、二队、三队、四队、长流、五队、六队、七队、东南、浦三、陈腰庄、大塔、许圩、平桥、小塔、新北17个村民委员会；下设142个村民小组。

截至2020年6月，堆沟港镇辖4个社区、27个行政村。镇人民政府驻兴港社区。

堆堆沟港镇地处灌南县东北，东濒黄海，南依灌河与响水县陈家港镇隔河相望，西接田楼乡，北临新沂河与灌云县燕尾港镇接壤。行政区域总面积为140.82平方千米。

堆沟港镇地形以平原为主，地势平坦。

堆沟港镇境内有灌河、新沂河流经，有8条灌排渠道沟通南北两大主要河流。

2011年，原堆沟港镇有耕地面积4万亩，人均1亩。

2011年，原五队乡有耕地面积5.3万亩，人均1.2亩。

2011年末，原堆沟港镇辖区总人口40470人，其中城镇常住人口33161人，城镇化率81.9%。总人口中，男性21043人，占52%；女性19427人，占48%。2011年，人口出生率18.5‰，人口死亡率5.6‰，人口自然增长率12.9‰。人口密度为每平方千米485人。

2011年末，原五队乡辖区总人口45579人。总人口中，男性24292人，占53.3%；女性21287人，占46.7%。2011年，人口出生率19.2‰，人口死亡率5.9‰，人口自然增长率13.3‰。人口密度每平方千米633人。

截至2019年末，堆沟港镇有户籍人口91487人。

2011年，原堆沟港镇实现地区生产总值13.9亿元，其中第一产业增加值2.2亿元，第二产业增加值8.4亿元，第三产业增加值3.3亿元，第一、二、三产业增加值比例为15.8:60.4:23.8。农民人均纯收入10017元。2011年，堆沟港镇财政总收入2.1亿元。从各主要税种看，完成营业税300万元，增值税15万元，企业所得税8000万元，个人所得税200万元。人均财政收入5189元。

2019年，堆沟港镇有工业企业41个，其中规模以上工业企业有28个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市124个。

2011年，原堆沟港镇农业总产值4.1亿元。为国家优质棉基地、商品粮基地和连云港市稻田养蟹示范区。粮食作物以小麦、水稻为主。2011年，生产粮食2.9万吨，人均17千克。畜牧业以饲养生猪、家禽为主。2011年，生产肉类3000吨；畜牧业总产值8200万元，占农业总产值的20%。截至2011年末，累计造林3万亩，林木覆盖率23.8%。渔业以淡水养殖为主；渔业总产值1500万元，占农业总产值的3.6%。2011年，大型农业机械400台（辆）。农特产品有“河伯”牌大米、“小甜嘴”牌西瓜。

原堆沟港镇有化工、建材、玻璃钢、铸造、海产品加工、食品等工业。2011年，堆沟港镇有规模以上工业企业25家，职工4500人，实现增加值6.9亿元。

2011年，原堆沟港镇有商业网点124个，职工2346人；2011年，社会消费品零售总额11.6亿元，城乡集市贸易成交额1.8亿元。2011年，出口总额2340万美元，主要产品有化工、钢材、海产吕3类11个产品。

2011年末，原堆沟港镇有邮政储蓄银行、民丰村镇银行、农村信用社、中国银行4家银行和金融机构开设了分行或设立了办事处。各类存款余额5亿元；各项货款余额3.6亿元。

2011年，原堆沟港镇邮政业务收入240万元，电信业收入2420万元。

2011年末，原堆沟港镇有幼儿园6所，在园幼儿800人，专任教师26人；小学5所，在校生2438人，专任教师112人，小学适龄儿童入学率100%；初中1所，在校生848人，专任教师48人，初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%。2011年，教育经费达700万元，国家财政性教育经费120万元。

2011年末，原堆沟港镇有各类科技人才331人，其中专业技术人才230人，经营管理人才15人，技能人才36人，农村实用人才50人。

2011年末，原堆沟港镇有文化站1个，村级文活动中14，各类文化专业户38户，各类图书室12个，藏书10万余册。音乐、美术、书法、摄影及文学业余创作队伍达36人。

2011年末，原堆沟港镇有体育场地2处。100%的城市社区和100%的村安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的24%。本镇体育健儿获得省运动会银牌1枚。

2011年末，原堆沟港镇有镇卫生院2个，村卫生室14个，病床126张，每千人拥医疗床位2.1张。专业卫生人员142人，平均每千人拥有卫生技术人员3.5人。2011年，医疗机构完成诊疗2.5万人次，住院手术180台次，出院病人4600人次。2011年，法定报告传染病发病率为4.6/10万，农村安全饮用水普及率100%，农村卫生厕所普及率40.8%，孕产妇死亡率0.01/10万。新型农村合作医疗参合率98%。

2011年，原堆沟港镇城镇最低生活保障户数60户，人数156人，支出23.2万元，月人均124元。农村最低生活保障户数1366户，人数2248人，支出389万元，月人均14.2元。农村五保集中供养55人，支出24万元，农村五保分散供养11人，支出3.8万元，农村医疗救助75人次，民政部门资助参加合作医疗426人次，共支出43万元，农村临时救济800人次，支出16万元。

2011年末，原堆沟港镇有邮政网点2个，投递路线单程总长度12千米，投递点2个，乡村通邮率100%，报纸、期刊累计发行3260份（册）。电信企业3家，服务点3个，固定电话用户9846户移动电话用户10200户，宽带接入用户4274户。

2011年末，原堆沟港镇镇区有自来水厂2座，铺设干线水管200千米，生产能力300吨/日，年工业用水50万吨、生活用水100万吨，居民自来水普及率100%，年人均生活用水16吨；排水管道300千米，污水处理厂2座，日污水处理能力100吨，工业废水处理率86%。

2011年，原堆沟港镇镇区有110千伏变电站2座，主变压器76台。年售电量累计完成180亿千瓦时，综合电压合格率100%，供电可靠率96%。

2011年末，原堆沟港镇有有线电视用户7410户，电视综合覆盖率80%。

2011年，原堆沟港镇有沿海高速、204国道过境。有县镇级公路1条，总长度14.4千米。境内海岸线长18.6千米，5000吨以上泊位码头4个，其中灌河国际万吨级泊位码头2个；镇区道路总长度15.2千米，桥梁8座；镇区开通公交汽车线路3条，日发客运汽车42班次，日均客运量1460人次。

20世纪初，居住在此处的7户人家以垦荒和晒盐为生，当时，他们在农田与盐田的交界处，筑了条南北分界的堤渠，挖土成沟，故名堆沟。

堆沟港镇海洋资源丰富，素有“鱼米之乡”美称，主要特色产品有：东方对虾、日本车虾、河蟹、甲鱼、黄鱼、扇贝、鳗鱼等近百种水产品。有精养鱼塘800亩，蟹塘800亩，万亩稻田养蟹为苏北一绝，20余家水产育苗场并列沿海高速公路旁形成育苗一条街，享有“育苗之乡”之美称。

2018年，堆沟港镇上榜“2018年度全国综合实力千强镇”。

2019年10月，堆沟港镇入选“2019年度全国综合实力千强镇”。

2021年9月，堆沟港镇入选“2021年全国千强镇”。