成立之初，塞阿拉联邦大学由福塔莱萨市的农艺学校、塞阿拉法学院、医学院、药房、牙科学院等几所高等教育学院、机构联盟组成。目前，巴西塞阿拉联邦大学设有四个基础科学教育中心、五个专业学院，分别由福塔莱萨市、索布拉尔市、巴巴利亚市、鲁萨斯市和基沙达市的分校组成。

2016年8月1日，巴西塞阿拉联邦大学与南开大学合作建设塞阿拉联邦大学孔子学院。