版本就目前看到的，大约有以下三种：（一）清同治庚午年（1870年）湖州醉六堂吴氏刻本（简称庚午本），这是此书最早的刻本。书名为《对山书屋墨余录》，十六卷，八册，有朱作霖的骈体文叙、毛氏自序，还有李曾珂的跋。序后为总目，分卷详列篇名。正文，除少数篇章外，每篇均有朱作霖的眉批和尾批。此刻本问世后，各省翻刻者颇多，甲戌定本在封页之前有个题记指出：“是书之出，甫及四载，而他省翻刻已有七、八。”我见到的，有同治十年（1871年）杭州文元堂刻本，款式、卷数与庚午本同。（二）同治甲戌年（1874年）毛氏重新编定该书，删除部分篇章，另增二十余则，付梓重印，称毛氏亦可居甲戌定本（简称甲戌定本），对此，毛氏有说明附于卷四的《方勖化狼》后。此本与庚午本比较，除篇目有所不同外，其款式卷数均相同。但个别篇章在文字上也有差异，如卷十的《雪儿》，两相比较，甲戌定本的《雪儿》篇文字经过润色提高，比庚午本为好。另外，甲戌定本字迹清晰，讹误较少。其增加的篇章在内容上亦比删去的更为有意义。故甲戌定本胜于庚午本，是《墨余录》最好的本子。（三）民国二年（1913年）上海中华文艺社铅印本（简称中华文艺社本），四卷四册，此为庚午本的节选本，选篇约占原书总数的五分之四。这个本子校正了甲戌定本、庚午本的某些版刻错误，但又出现了一些新的讹误。此后有民国六年（1917年）上海振民编辑社铅印本，民国十二年（1923年）上海文明书局铅印本，以及笔记小说大观本等，均系中华文艺社的节选本的翻印。