士孙萌字文始，是士孙瑞的儿子。少有才学，十五岁时就能写文章。

初平三年（192年），士孙瑞与王允共同诛杀董卓。之后士孙瑞知道王允必定失败，京师不可久居，于是命士孙萌带着家属到荆州依附刘表。士孙萌离开没多久，王允就被李傕等人杀害。

汉献帝刘协车驾东归时，遭到李傕等人的追击，王师在弘农大败，士孙瑞也被乱兵杀害。

刘协迁都许县后，追论士孙瑞诛董卓之功，封士孙萌为澹津亭侯。士孙萌与山阳人王粲交好，即将就国时，王粲等人各作诗送给士孙萌，士孙萌也有答复王粲。（王粲的《赠士孙文始诗》保存完好，详见《昭明文选·卷二十三》）

士孙萌的事迹主要在《三辅决录注》，详见裴松之注《三国志·董卓传》、李善注《昭明文选》。