复旦大学国家保密学院将依托复旦在计算机科学、法学、管理学、新闻学、国际政治、社会学等领域的学术科研力量，设置保密管理专业，开展保密专业培训，建设保密技术研究所和保密情报图书馆，成为国家保密学历教育基地、保密科研基地和保密人员在职培训基地。

复旦大学国家保密学院是继相关兄弟高校之后成立的全国第五所国家保密学院。