原复旦大学工会和原上海医科大学工会都建立于 1950 年，是全国高校中较早建立工会的学校之一。迄今已有五十多年历史。从建会到 1966 年的十多年里，原两校工会围绕着党的中心工作，开展了许多有益活动，教职工活动活跃，工作正常，各项工作健康发展。文化大革命期间，由于极左思潮的影响，工会活动被迫停止，组织建设受到摧残。党的十一届三中全会恢复了党的实事求是的思想路线，拨乱反正，知识分子是工人阶级一部分。1978 年底起，学校工会恢复活动。

原两校工会，在上级工会和学校党委领导下，在校行政和广大教职工的支持下，坚持以邓小平理论为指导，坚持全心全意为教职工服务的宗旨，坚持党的十一届三中全会以来的路线、方针和政策，围绕中心（教学、科研）、服务大局，认真履行工会维护、教育、参与、建设四项社会职能，积极开展各项活动，努力为教职工办实事，在维护教职工合法权益和学校整体利益、促进学校民主管理，加强教职工队伍建设，推动“教书育人”工作等方面做了大量的工作。原复旦大学工会被上海市教育工会授予“先进之家”荣誉称号；原上海医科大学工会在教代会制度建设、民主管理和民主监督工作方面发挥了积极的作用，受到全国教育工会的表彰，1999 年获“全国模范小家”荣誉称号、2000 年被全国教育工会授予“民主管理先进单位”荣誉称号。两校合并后，在新一届工会委员会努力按照江泽民总书记“三个代表”要求，努力推进学校民主管理、校务公开，积极开展送温暖工程和凝聚力工程，2000 年获上海教育系统“保障工作先进集体”荣誉称号、2001 年被上海市教育工会授予“先进教工之家”荣誉称号。2002 年度获上海市总工会“模范职工之家”，2003 年获上海市教育系统“先进教工之家”免检单位，2005 年获 2001 年度——2004 年度“保障工作先进单位”，2005 年获全国科教文卫体先进工会组织称号。