夏洛特经历了他祖先与约瑟夫祖先珍妮弗·奎莉互动的记忆，并惊讶地听到伊述的康苏斯通过多萝西·奥斯本对她的传话，让她去寻找“博学之人”。而这时的加林娜已然失去耐心并要求前去截击约瑟夫。泽维尔坚持他们应该证实事情真相，而为了节省时间，夏洛特在货车厢中使用阿尼姆斯。

夏洛特在记忆中目睹了珍妮弗的死亡，于是大家都推断约瑟夫并不知晓碎片的位置，便得出他在引诱圣殿骑士的结论。泽维尔和加林娜便离开货车前去与约瑟夫会和。而之后夏洛特开始有了疑虑，坚持让科迪放她进入阿尼姆斯。接着她便意识到珍妮弗并非约瑟夫在塞勒姆的唯一祖先，而他也确实背叛了兄弟会。

初遇强敌

夏洛特混进泽维尔与加林娜前去营救约瑟夫的Abstergo设施中，假装是一名弄掉了门卡的新雇员。雇员布拉德帮助她进入另一个房间，但当他询问夏洛特来自哪个部门的时候，夏洛特说她是从环球股份那来的，而布拉德却觉得Abstergo与环球股份之间的竞争关系无法证实这个说法。夏洛特见状不对，立刻袭击了布拉德，并用胶带让他失去行动力并堵住了他的嘴。接着她带上兜帽开始爬通风管。

在她接近约瑟夫那层楼时，她突然滑倒，但也因此能到另一边上，她用她的小刀稳定住了自己，而科迪说她已经开始通过出血效应继承汤姆的能力了。她爬上去到达健身房，看见约瑟夫已经将泽维尔淹死在了游泳池中，并重伤了加林娜的腿。夏洛特踢向这名魁梧的叛徒，但他轻松把她扔到了墙上。接着他解释说泽维尔所监督的任务让他的爱人克里斯蒂安死去了，这让他决心背叛，但他说仍在执行他作为刺客的任务，在圣殿骑士那儿埋下了炸弹。他也向夏洛特解释为什么刺客们会关注她并招募她进来。当他的炸弹爆炸后，Abstergo特工闯进来并向她们开火。夏洛特带着加林娜从通风口逃跑了，来到了布拉德所在的保管室。

夏洛特震惊地发现布拉德已死，在她看到他的医疗警示手环后，她才意识到他有哮喘，而他被绑住手脚无法使用他的吸入器来维持生命。接着她悲哀地将加林娜送回了货车。接着加林娜让科迪立马给盖文·班克斯发信息让他派人前往塞勒姆，而夏洛特告诉她，她觉得约瑟夫并没有告诉圣殿骑士信息，没有必要派人。当她们开车离开后，加林娜问她看到泽维尔和布拉德死后感觉如何，她讽刺地回答说她很高兴。

墨西哥追捕

刺客们逃到了墨西哥，在墨西哥城的刺客安全屋中暂时栖身。在此时，夏洛特回溯了他海地祖先艾尔西的记忆，当时她正在达蒂·布克曼的处刑现场，要救下他并拿到圣殿骑士也想得到的布克曼的书。然而夏洛特却因为一个故障被从阿尼姆斯中弹了出来，耽误了她的任务进程。夏洛特十分沮丧，并且窝了一肚子火，建议换一台机器，而这促使科迪向她解释他对这台阿尼姆斯做出的各种改进，以提高其性能以及增加夏洛特的舒适度，而这台机器他称之为“红色骑士”。在夏洛特感谢了科迪的努力之后，科迪回应说他希望这台机器能配得上夏洛特那样，和她一样好才行，并表示夏洛特有着极强的天赋，她对基因记忆的回溯契合程度相当高，不是每个人都能到这种程度。夏洛特也礼尚往来进行了商业互吹，在阿尼姆斯修好后，夏洛特学会了耐心的重要性，继续进行她的任务了。

他们到了一家旅馆时候，夏洛特向她妈妈撒谎说她的近况。他们雇佣了两名地下医生来医治加林娜的腿伤。然而当女医生去照料加林娜的时候，那名男性医生突然掏出手枪。加林娜预料到了潜在的危险，在他开枪之前便将这名圣殿特工射死。接着她命令夏洛特拿起枪瞄准女医生。女医生解释说她并不明白这名男性的动机，并说他是新来的。夏洛特告诉加林娜她知道女医生在说实话后，加林娜应夏洛特的要求没有杀死她，只将她打晕后便离开了。

接着他们搬到了对面的旅馆，这有利于对圣殿更好隐蔽自己的行踪。当他们在观察之前旅馆的动态时，夏洛特说她本来打算在那之后就离开，结果发生了这种事情。科迪保证夏洛特有自己的作用，她的表现非常出色，甚至能和博学者相提并论。这让夏洛特想起之前康苏斯让她去找到黑客集团博学者，尽管科迪提醒她博学者并非刺客盟友，她还是在暗网上开始寻找线索。经过一晚上的搜索，她发现了有一项会议会在接下来一周中召开，但位置被密码加密了。密码是问题：“可爱的皮什塔说了什么？”

夏洛特回忆起她外婆在她小时候给她起小名叫“皮什塔可”，而这也是她印加帝国陨落时期的一名祖先的绰号。她摇醒了科迪，让他趁着加林娜睡觉的时候将她放到阿尼姆斯中去，回溯查斯琪奎拉的记忆。

夏洛特在阿尼姆斯待了两个小时之后被科迪拉出来给机器充电。两人开始闲聊，夏洛特谈到了她的童年和自己的家庭。他们的对话被加林娜打断，让他们去搜寻圣殿骑士加西亚-洛佩兹，她掌握着约瑟夫的线索。夏洛特拒绝参与这种绑架审讯的人物，觉得找到博学者才是当务之急。夏洛特嘲讽加林娜嫉妒康苏斯选中了她自己而不是加林娜，加林娜斥回并告诉她使用阿尼姆斯会让他们有暴露的危险，于是她便以毁掉阿尼姆斯为威胁来迫使夏洛特安参与到任务当中。

在查普尔特佩克公园，夏洛特试图偷偷尾随洛佩兹的，却靠的太近而不小心被发现，让洛佩兹得以警觉并逃脱。她让自己和科迪在当局到来之前登上了加林娜的货车。加林娜指责夏洛特故意暴露自己搞砸任务，夏洛特承认失误并要求回到阿尼姆斯中，而加林娜说加西亚-洛佩兹会告诉圣殿，会让刺客们处于危险之中。

之后，夏洛特无视加林娜的命令看守货车私自进入阿尼姆斯被科迪和加林娜发现并被拽了出来。当加林娜指责夏洛特又一次无视命令的时候，科迪发现电池过载需要更换。夏洛特试图出去寻找电池，而加林娜告诉她她不能出去只能留在车上，这让夏洛特也受够了，独自一人离开。

夏洛特来到了一个巴士站，想知道刺客的道路是否是她真正想要的未来。她想给母亲打电话但犹豫了，觉得圣殿会窃听通话。然后她被一名正在勒索他人的暴徒分心，决定介入进去，在尝试说服失败后，她利用出血效应学到的技能打败了暴徒。几小时之后，她发现加林娜在跟踪她，从加林娜处得知她在寻找自己的时候，科迪被本地黑帮绑架并被割下耳朵作为一个威胁信号。

接着夏洛特与加林娜来到阿兹特克体育场试图救回科迪，而黑帮在此处等待她们的到来。夏洛特使用潜行技能，而加林娜占据了一个狙击位置。当夏洛特接近科迪的时候，加林娜责怪夏洛特的仁慈放走了那名女医生，也因她的失误错失了逮到加西亚-洛佩兹的良机，这让她们无法离开此处。夏洛特很快遭到黑帮头领阿图罗·维埃拉的伏击，右脚被射中并被挟持迫使加林娜现身。夏洛特挣开束缚让加林娜有机会射击，但此时圣殿骑士也乘坐直升机到达此处，射向维奥拉和他的女儿。圣殿骑士惠特克试图抓住夏洛特，但被上级奥尔特加·桑切斯阻止。

夏洛特怀疑圣殿骑士们非常重视她自己的价值，于是将手枪抵在自己脑门威胁自杀来要求他们放过自己的同伴。尽管科迪让她不要这么做，她还是和桑切斯达成了交易，许诺在一天之内用博学者三天后的会议位置信息来换回加林娜和科迪的安全逃离。桑切斯同意了，并用手杖再一次打伤了夏洛特的伤口，声称如果她不履行承诺，他就会肆意伤害她的朋友和家人。

在夏洛特同步至奎拉记忆最后阶段时，她发现进入会议的密码就是一名西班牙刺客的名字，唐·贡萨洛·帕尔多，也得知了会议的地点在阿根廷。在那之后她就准备去找桑切斯放过同伴，但在交接那一刻黑帮突然袭击了圣殿骑士，而这正是加林娜私底下与他们达成了协议，让他们为老大报仇，来换取夏洛特逃脱的机会。

夏洛特和其他刺客乘飞机前往阿根廷

之后小组成员乘坐航班来到布宜诺斯艾利斯，夏洛特下机后看到一名男子举着唐·贡萨洛·帕尔多的牌子，跟着他见到了博学者的联系人，夏洛特的外婆弗洛伦西亚。

与博学者共事

一段时间之后，在博学者的基地，刺客小队参与了博学者成员的一次会议。在会议中，弗洛伦西亚公布了她想通过训练外勤特工以及在世界范围内建立据点，让博学者变成更加活跃和军事化的计划。这被更为保守和传统的德沃特所反对，认为博学者应该遁迹无形，而非让自己暴露出去。夏洛特建议想一个皆大欢喜的方案，而在之后格尔尼卡·莫尼奥告诉她关于凤凰计划及其复活朱诺的最终目标。德沃特要求召集全体成员针对弗洛伦西亚的不信任投票，弗洛伦西亚勉强同意，并给了一个小时时间准备。

后来，夏洛特询问弗洛伦西亚他的任务到底是什么，她只知道自己需要找到康苏斯。弗洛伦西亚解释说他们在之前已经知道康苏斯只喝一位名叫乔瓦尼·博吉亚的年轻刺客沟通过，而且还是在他很小的时候。不过现在他们认为康苏斯在乔瓦尼的人生中出现过不止一次，认为他隐藏了一些信息。夏洛特认为圣殿骑士也会通过他们的资源找到这一记忆，格尔尼卡向她展示乔瓦尼的记忆序列图，但夏洛特并未看出什么。

格尔尼卡解释说这可能是一段错误的记忆，圣殿骑士很可能也不知道康苏斯第二次出现，因为乔瓦尼自己都不记得当时发生过什么。夏洛特接着推断，她的一名祖先曾经目睹了这一刻，而格尔尼卡也证实了这一推测。弗洛伦西亚告诉夏洛特她的祖先和乔瓦尼有两次接触，分别是1515年和1516年，而他们认为夏洛特的鹰眼视觉可以让她发现真相。当夏洛特问弗洛伦西亚更多关于她们家族的事情时，弗洛伦西亚告诉她现在不是时候，让她专心于康苏斯的寻找工作中。

当夏洛特和格尔尼卡在果园散步时，格尔尼卡告诉她弗洛伦西亚的领导让博学者变成一个更加有效率的组织，让他们在过去半年取得的成效比之前两年都还要显著。他相信弗洛伦西亚在每个大洲建立永久性据点，他觉得这是博学者未来前进的方向，不过虽然弗洛伦西亚表示了成功的概率，但事实上投票结果也难以预测。夏洛特听后得出结论，他需要找个方法来说服他们。

夏洛特回去后，看到加林娜和两名博学者的新特工迈歇尔·勒迈尔以及希德通过对战进行恢复训练。对战结束后，夏洛特对加林娜建议她们不必离开，而加林娜还可以说服博学者领导们让他们支持弗洛伦西亚的计划。然而加林娜拒绝了，她并不认为自己的口才能够胜任这一事，并且她也无意参和进博学者的内部决策。夏洛特试图说服她把这当作一个任务去完成，但加林娜想的是去抓住约瑟夫。接着夏洛特提出来阻止凤凰计划的任务，让加林娜感到惊讶，在加林娜解释说他当初和盖文·班克斯试图阻止计划几乎丧命后，夏洛特请求她的帮助，希望创造再一个结束凤凰计划的机会。

之后。刺客小组参加了弗洛伦西亚和德沃特与所有博学者成员的视频会议。在德沃特开始号召大家反对弗洛伦西亚的计划以及搜寻康苏斯的计划时，夏洛特试图让加林娜开展说辞。加林娜再一次拒绝，重申她的话语在此处起不到作用，此时夏洛特只好站出来并发表演说。她说她理解弗洛伦西亚改革的原因，也明白他们抵触改革的原因，但圣殿清除异己势力的威胁仍然存在；而她继续说这样的改革力度还不够大，刺客组织曾在世界范围内遍地开花，但还是遭到了大清洗，几乎被根除。

夏洛特最后说刺客和博学者双方都无法单独打败圣殿骑士，所以博学者与刺客兄弟会应当合并。加林娜首先反对，夏洛特陈述说与博学者合作可以让刺客组织的重建进度大大加快，同时加林娜也可以训练出博学者从来未曾有过的优秀特工。而格尔尼卡透露到他们找到了约瑟夫的踪迹，夏洛特也因此提出了一个建议：她会为博学者找到康苏斯并且分享她的一切所得，以便寻找阻止凤凰计划的最佳方式；而反过来，他们也要告知约瑟夫的藏身处，让加林娜带着博学者特工去对付他，这样也能证明弗洛伦西亚观点的价值。不久之后投票结果出来，弗洛伦西亚获胜。

之后夏洛特和离开前去索马里寻找约瑟夫的加林娜告别，迈歇尔和希德也将与加林娜同行。夏洛特让加林娜除非必要，不要轻易对约瑟夫下杀手，她觉得约瑟夫在暴力之下还隐藏着些什么。之后她和加林娜拥抱告别，加林娜临走前告诉她自己保重，她注意到博学者并非每个人都全心全意支持她，然后告诉她她在这段时间内成长了很多。

寻找康苏斯

当夏洛特在阿尼姆斯室准备好去进入祖先的记忆时， 问格尔尼卡她要回溯哪个祖先的记忆，而格尔尼卡选择隐瞒让她自己去找到答案。这时弗洛伦西亚进来，要求得知夏洛特压力测试的结果。格尔尼卡回答说除了有一个刺伤的痕迹，她的结果很不错。当被问及那个伤口的时候，夏洛特说这是一位名叫桑切斯的圣殿骑士在她脚上刺的作为恐吓，之后一天都没发生什么于是她就不以为意了。

然而弗洛伦西亚严厉斥责了夏洛特，说她可能被注射了纳米追踪器，也可能是某种慢性毒药。接着夏洛特和阿尼姆斯被进行彻底扫描。在开始扫描之后，弗洛伦西亚告诉她说德沃特还是会利用夏洛特的失败来阻止与兄弟会的合并，并强调了她与加林娜任务的重要性，一旦哪方出了岔子，她为之奋斗的一切将会烟消云散。

一段时间后，夏洛特的扫描被科迪终止，他黑入了机器让机器判定扫描完成。他解释说他觉得格尔尼卡在向她隐瞒什么，并说尽管康苏斯抹去了乔瓦尼的记忆，但她的祖先海勒姆·斯托达德也没有在之后说起任何关于康苏斯的事情。因此他相信海勒姆的脑子也有问题，并猜测格尔尼卡应该知道这一点。科迪调查了一些关于海勒姆的信息，得知他到1516年的时候已经变成了一个冷血杀手，有着“血腥海勒姆”的绰号。夏洛特问及他和汤姆的区别的时候，科迪解释说海勒姆的记忆问题是凭空出现的，而这会让回溯他的记忆变得非常危险，他认为海勒姆在经历那段记忆的时候发生了一些不好的事情。而博学者他们并不关心夏洛特的安危，他们只在乎得到答案。

当夏洛特完成海勒姆在1516年与乔瓦尼对峙的记忆后，她哀叹说没有找到任何重要的事情。弗洛伦西亚说康苏斯根据计算结果应该是在1516年出现的，而夏洛特得到的线索指向1515年，这也让科迪表达了对她的不信任，这也让夏洛特问她是否还有所隐瞒。然而她们被进来的格尔尼卡打断，他说他有一些手下转向德沃特那边了，想让弗洛伦西亚再一次举行投票。弗洛伦西亚离开前命令科迪将夏洛特放回阿尼姆斯中回溯海勒姆在1515年的记忆。

当她回溯海勒姆1515年在托斯卡纳进行训练的记忆时，她惊讶地发现那时的海勒姆十分随性并且有着更加让人喜欢的性格，并想知道到底发生了什么让一年后的他判若两人。夏洛特看到了海勒姆和乔瓦尼的竞争，以及退休导师埃齐奥·奥迪托雷的指导，以及海勒姆追求一名年轻的意大利女子埃莱娜的事。

当夏洛特在回溯海勒姆与乔瓦尼在米开朗基罗的指引下，在佛罗伦萨执行从圣殿骑士代·佩特鲁奇那拿到一枚伊甸苹果的任务的记忆时，她被科迪拉出了阿尼姆斯，并被告知说自己的生命体征开始紊乱。而佛罗伦西亚让夏洛特休息一会之后就继续回去，科迪强烈反对，说如果夏洛特不得到足够的休息，就会受到长期性的伤害。弗洛伦西亚用曾经鞭策夏洛特的例子反驳，而此时夏洛特打断了争论，让科迪把记忆调到海勒姆在1515年最后一次见到乔瓦尼的时候。科迪抗议说当时海勒姆和乔瓦尼分道扬镳的方式会让夏洛特不好受，会让她的精神状况雪上加霜，而夏洛特保证说她还没有现在就崩溃的打算，继续进入了记忆当中。

夏洛特回溯到海勒姆和乔瓦尼以及埃莱娜在一家酒馆的屋顶天台上争执的记忆，当记忆进行到埃莱娜抛掉海勒姆送给她的围巾后发生了扭曲，记忆重复播放了一遍。夏洛特从阿尼姆斯中出来后，科迪告诉她说他们大概在处理一段错误的记忆，这让他们推断海勒姆没有在之后提起任何关于康苏斯的事情是因为他根本就不记得当时到底发生了什么。弗洛伦西亚认为如果夏洛特继续深入，一定会发现真相。

然而，科迪指出，她也会遇到更多潜在的令人困扰的错误记忆，而这些是被海勒姆的大脑拒绝的记忆。同时也说她可能会因为继续回溯更多海勒姆的记忆而压力过大导致大脑停止运作自保。夏洛特告诉科迪说她不得不这么做，但她会因为科迪的建议而休息一下。弗洛伦西亚警告说圣殿骑士不知何时就会启动凤凰计划，夏洛特说她不会犯海勒姆那样急于求成的错误，并认为休息半个小时没什么关系。

休息之后，夏洛特再一次回溯了海勒姆与乔瓦尼争斗的记忆，使用鹰眼视觉来帮助找到真相。然而，她遇到了更多的错误记忆，一次是海勒姆杀死了乔瓦尼并准备杀死埃莱娜，另一次是从房顶跳下自杀，而这让夏洛特的身体与意识极度紧张，几乎让大脑自采取自我关闭的保护措施，来避免海勒姆这一虚假记忆带来的创伤。而夏洛特在记忆中发现了围巾是联系所有记忆的线索，竭尽全力触碰了埃莱娜的那条围巾，从而结束了错误记忆，让她看到了真正发生过的事。在这段记忆当中，康苏斯通过乔瓦尼直接对夏洛特对话，称她为“旁观者”以及她将成为“牧羊之人”，并告诉她要阻止凤凰计划，就需“与狼共舞”。最终夏洛特目睹了海勒姆徒劳拯救从屋顶摔下的埃莱娜并见证了她的死亡，才知道了海勒姆最终抑制记忆的原因。

科迪之死

夏洛特听到外面的枪声，从阿尼姆斯中醒来问科迪发生了什么，得到回到说圣殿骑士设法找到了他们。弗洛伦西亚接着问她康苏斯对她说了什么，夏洛特没有理解他说得话，觉得没什么意义。弗洛伦西亚说他们会在之后搞清楚康苏斯话语的含义，但他们现在首先要去服务器那里。这时格尔尼卡带着一群博学这特工赶来，说他们需要保证所有人安全之后远程抹去服务器上的数据。但科迪不同意这个计划，担心圣殿骑士会先前往服务器所在地去获取信息。在科迪坚持让夏洛特离开后，夏洛特意识到海勒姆真正的错误就在他无视了自己的自家兄弟乔瓦尼，而这让她下定决心告诉科迪和格尔尼卡，无论他们决定做什么，她都要和外婆一起去机房的服务器处。

到达服务器所在处后，夏洛特等着弗洛伦西亚将数据上传，而科迪和格尔尼卡在服务器上安装炸药。当警戒再次响起的时候， 弗洛伦西亚仍然坚持将数据全部上传，夏洛特本来以为是要销毁掉全部数据，而事实上，数据中内共有包括所有博学者知晓的凤凰计划信息，以及阻止方法。她说可能在博学者当中出了一个叛徒，将小岛的位置暴露给了圣殿骑士，并且可能破坏了其他备份网站。

当看见一名重伤的博学者特工倒地后，夏洛特警告弗洛伦西亚离开。然而弗洛伦西亚的数据在躲避枪击当中掉到了地上，科迪看见后立马返回去取回数据箱，并说不能让圣殿得到数据，这是让刺客打赢战争的筹码。而之后在夏洛特与弗洛伦西亚震惊的眼中，科迪被乱枪射中。

夏洛特安慰了受致命伤临死的科迪，告诉他因为他的缘故，数据被成功抢救。与科迪永别并举行了最后的仪式之后，弗洛伦西亚走近夏洛特告诉她不能让科迪的牺牲白费并需要马上开始行动。然而夏洛特将科迪的死归咎于外婆，之后情绪失控开始自责。弗洛伦西亚安慰了夏洛特，告诉她她和科迪都做了应做的事，而此时大家注意到一家飞机出现在众人上空。

众人并不确定那是刺客援军还是圣殿敌人，于是他们选择躲藏起来。而那架飞机瞬间被击落，证实了那并非圣殿。当弗洛伦西亚和德沃特开始争论是应该去帮助飞机乘员还是利用这一事件作为掩护逃走时，夏洛特仍在科迪的尸体旁继续哀悼。随后弗洛伦西亚指示众人销毁手机确保圣殿骑士无法继续追踪。夏洛特不想让圣殿骑士找到科迪的遗体，便将他的手机从口袋中拿出一同销毁，然后与科迪永别。

逃离岛屿

当众人向西行进来到小岛南端的船只停泊地点时，夏洛特问弗洛伦西亚是否有种被跟踪的奇怪感觉，而弗洛伦西亚认为她选择的是一条难背跟踪的道路，所以他们并不会被跟踪。不久之后他们看到了弗洛伦西亚停靠船只的洞穴并开始向它行进。然而夏洛特犹豫是否要跟着进入，并怀疑这是一个陷阱。她将自己的猜测告诉了弗洛伦西亚，而后者对此不予采纳，说她确信自己没被跟踪，而将手机销毁断网更是杜绝了这一可能性。

而夏洛特瞬间意识到，当初桑切斯在墨西哥戳了她的脚之后，可能在她体内植入了某些东西，而这使得圣殿骑士能够追踪到这个小岛并知晓他们的位置。她责怪自己没有按照外婆要求完成那次扫描，而她体内的追踪器也直接导致了位置的暴露以及科迪的死亡。她赶紧告诉弗洛伦西亚她们需要返回，试图用飞机上的人可能呼叫援军来说服她，然而弗洛伦西亚还是坚持说圣殿骑士不可能知晓船只的位置。夏洛特继续试图说服大家相信洞穴是一个陷阱，并说自己的鹰眼视觉能够查知异常。尽管弗洛伦西亚还是反对，博学者其他成员已经认同了夏洛特的观点，认同她对这个同学的判断并觉得不值得冒险。最终弗洛伦西亚不情愿地同意了夏洛特的计划，准备带领大家返回。

当博学者小队开始离开，夏洛特选择留下来吸引注意力，当弗洛伦西亚主动提出和她一起留下的时候，夏洛特告诉她她身上的追踪器。弗洛伦西亚立刻暴怒，斥责她没有完成扫描，并说自己因为有她这样的外孙女感到耻辱。夏洛特为把众人置于危险中感到抱歉，并承诺尽全力来弥补过失，失去生命也在所不惜。接着她让大家离开她，让她自己纠正这一切的错误。

夏洛特在将一名圣殿特工踹下山崖之后，跑进了一片森林，希望能像奎拉那样奔跑甩掉圣殿骑士的追踪。但之后发现自己来到了一处悬崖，自己已经被逼入了绝境。不久后圣殿骑士特工惠特克来到此地，试图审问出她同伴的位置，经过一阵短暂的搏斗之后，夏洛特将他打晕在地。

此时桑切斯带着两名圣殿骑士特工粉墨登场，威胁将要杀死夏洛特的时候，一家直升机出现并用机枪杀死了桑切斯三人。夏洛特发现这是刺客的援兵，弗洛伦西亚和其他人都在飞机上。直升机没地方降落，夏洛特只好纵身跳向直升机，在加林娜和格尔尼卡的帮助下夏洛特登上了飞机。

荷兰刺客阿伦德·舒特解释说盖文·班克斯收到了加林娜在坠机前发出的信息，并派出阿伦德和高仓清志前来帮忙。在离开小岛的途中，弗洛伦西亚安慰了夏洛特，并称自己为她而自豪。当她建议夏洛特在之后和刺客重振旗鼓并将她的追踪器清除出去后，夏洛特说她还不能这么做，她在等着圣殿放马过来。

搜寻凤凰计划信息

“这就是现在的我，时时刻刻，皆是如此。从我们坐下开始，我已经想出了三种不同的方法来杀光屋里的每一个人，甚至包括你。这些念想，根本停不下来。”

―夏洛特对迈歇尔讲述自己的刺客感受。

2016年11月，夏洛特在巴因德拉·米特拉的刺客小组当中，前往香港执行任务。他们到一个废弃的Abstergo设施中去获取信息，但却遭到了第一文明的仆从组织的袭击。刺客们遭到了屠杀，而她跳出窗户逃了出来。

夏洛特跌到了刺客所用卡车的车顶，还是受了伤，而此时一名似乎是刺客的人正弹出袖剑随后俯冲下来，差点击中她，刺穿了车顶，差点刺刀车中的技术员格尔尼卡·莫尼奥。当夏洛特在车后抵挡这名“刺客仔”的时候，格尔尼卡也驱车在香港的大路上漂移。此时一发手里剑穿透玻璃划掉了格尔尼卡的手指，车辆失去控制侧翻了。

他们没有死于这次车祸，而夏洛特准备审问这名疑似刺客之人的时候，由于格尔尼卡即将休克，她也不得不反过来拯救格尔尼卡，并转移到安全的地方。后来他向加琳娜位于伦敦的队伍说明情况并请求协助撤离，并提及有一个奇怪的男孩也在现场。

夏洛特回到伦敦后，一次出去散心顺带捎上了迈歇尔，她们到了一个当地酒吧点了些酒。夏洛特问迈歇尔为什么想成为一名刺客，并说现在自己几乎成为了一个能够立刻计算出杀死周围人方法的杀人机器了，出血效应让她变成了一个活生生的武器。在迈歇尔对阿尼姆斯训练方式表达了质疑之后，夏洛特又说她在思考她祖先的记忆已经成为了他生活中多大的一部分，而自己是否也是只存在于模拟之中，说明了阿尼姆斯造成的精神困扰。

夏洛特和刺客同伴们审视着登上头条的柏林爆炸事件的各方媒体消息。高仓清志认为公然导致170人遇难并不符合圣殿骑士的行事风格，认为可能有另一股势力从中作梗。迈歇尔表示她有一张从香港Abstergo实验室拿到的伊甸碎片的列表，并亮出了一副光之山的图片。夏洛特意识到康苏斯之前对她提及的信息指向光之山。由于迈歇尔确信光之山曾在西班牙内战时期在西班牙出现过，夏洛特进入了临时修复的阿尼姆斯里开始回溯记忆。但机器出现了故障，夏洛特被困于模拟环境当中无法脱身。

夏洛特被困在阿尼姆斯中，觉得自己失去了时间的意识。她呼叫迈歇尔希望能够被听到，但没有用。接着她意识到自己并非一人处于此地，有人在记忆回廊中接近她，搜索她的基因记忆。与此同时，实际上是第一文明的仆从内奸的格尔尼卡试图悄悄杀死夏洛特，但被加林娜发现并阻止。

在困于阿尼姆斯中的时候，朱诺读取了夏洛特的记忆，而她也读取到了一段朱诺父亲在人类叛乱时被杀的记忆。在这之后他从阿尼姆斯中苏醒过来，告诉同伴们朱诺要开始行动了，而他们也需要警告圣殿骑士。

夏洛特从阿尼姆斯里失去同步后遇到了格尔尼卡，刚开始他试图杀死夏洛特后来又求她给自己一些水。在旁边的房间，阿伦德用电话和Abstergo的技术支持联系，直白地警告他们的系统中有第一文明的成员。毫无意外，他们直接挂断了电话。

高仓和夏洛特痛斥阿伦德这一行为的时候，加林娜带着补给品和衣物返回藏身处。随后迈歇尔跌跌撞撞地走进门来，背着受伤的尤哈尼·奥措·贝格。加林娜立即弹出袖剑，朝贝格脸上来上了一脚飞踢。加林娜被夏洛特制止后，贝格提议所有人一起吃早餐。

在一段很长的讨论之后，他承认自己发现了刺客和圣殿之间有相同的金融活动，原来是第三方团体一直在把他们当猴子耍。因为Abstergo的人员构成，他不能信任自己的人。高仓透露格尔尼卡就是这个团体的成员之一，贝格表示扎斯迪普·达米也是身穿高科技装备的人。加林娜表示扎斯迪普在澳大利亚寻找格尔尼卡后就下落不明，有可能那里就是秘密实验室的所在。贝格笑称这是个不错的猜测，同时也表明自己不信任刺客——这也是需要刺客帮忙的原因。夏洛特插话提醒他们，朱诺的光之山计划又向前迈进了，他们需要快点一起行动。老对头却不着急。贝格意识到刺客们知道光之山的藏身之处。他们回到藏身处，夏洛特又一次进入阿尼姆斯。她告诉贝格他们相信伊甸碎片——光之山钻石在20世纪30年代西班牙内战时期的西班牙。

寻找光之山

在回溯祖先记忆这一段时间后，夏洛特在阿尼姆斯里失去了同步，并受到了严重的损伤。她想要知道原因，高仓遗憾地说到她在朱诺攻击后不久就进入了阿尼姆斯。夏洛特感觉有什么东西把她拉出阿尼姆斯，直言让奥措·贝格看着她没有什么帮助——因此要求他离开房间。高仓送他到楼上去。

当夏洛特在阿尼姆斯里的时候，开始咬自己的舌头，弄得阿尼姆斯上全是血。阿伦德不知道该怎么做，因为她还在模拟里，却让迈歇尔不要乱动。迈歇尔反驳说他应该让自己过来，不然夏特洛必死无疑。

夏洛特拥有鹰眼视觉， 这让她可以感觉到其他人的立场和态度，也可以让她的视野穿过墙壁。 也正是因为鹰眼视觉的缘故，夏洛特可以获得她祖先的技能，包括自由奔跑以及使用袖剑的能力。而她的祖先也让她得知了无数杀人技巧，可以随时随地利用环境来对他人造成伤害。