这时的土耳其由于意大利的崩溃已受到很大震动。如果我们能利用爱琴海和达达尼尔海峡，就能开辟通往俄罗斯的海上捷径，也就不再需要风险很大、代价高昂的北极护航队，也不需要通过波斯湾的漫长而令人疲乏的供应线了。”根据丘吉尔的命令，盟军中东战区司令梅特兰·威尔逊将军详细制定了夺取罗得岛的作战计划，并着手相应准备。1943年8月，第8印度步兵师已为这次行动进行了训练和演习，并准备在9月1日起航出发。但来自美国的反对却使计划最终留了产，这令丘吉尔十分气恼。因为美国人宁愿按墨索里尼垮台前制定的计划执行，而对突然出现的夺取多德卡尼斯群岛的契机有些心不在焉。

此外，美国将领对于恢复大英帝国在南欧的旧有势力缺乏热情，他们也不像丘吉尔那样乐观地把意大利称为欧洲的“第二战场”，包括罗斯福在内的多数美国人都认为只有从法国登陆才能从根本上动摇希特勒政权，因此必须把攻击舰只从地中海调出，向西去参加霸王计划的准备工作。

8月26日，为执行华盛顿会议上作出的决定，盟军参谋长联席会议把中东司令部本来用于登陆罗得岛的船只全部派往远东，参加缅甸海岸的作战行动。丘吉尔几乎是拼了老命来反对这一决定，但他很快意识到自己已经无能为力。威尔逊将军希望迅速占领多德卡尼斯群岛的计划就此泡汤，他只能拼凑一些小分队从海、空两路去占领群岛的一些岛屿，但事实很明显，如果盟军攻不下罗得岛，那么在爱琴海上所取得的任何战果都会岌岌可危。不过，盟军小分队的行动倒着实吓了德军一跳，他们最初的反应简直可以用惊慌失措来形容。

9月24日，在德国最高统帅部的一次会议上，陆军和海军极力主张在还有时间的情况下，从克里特岛和爱琴海的其他岛屿撤出守军。他们指出，当初占领这些基地是为了在东地中海发动攻势，但是现情况完全变了，必须避免军队和物资的不必要损失，因为这对坚守大陆具有决定性的重要作用。然而元首否决了这些建议，希特勒拒绝下令撤退，尤其是从克里特岛和多德卡尼斯群岛撤退，因为这样做会带来不利的政治影响。希特勒认为：“我们对东南欧盟国和土耳其的态度完全取决于我们的实力，放弃这些岛屿将造成极不利的影响。”虽然如此，德军在多德卡尼斯群岛的防御仍十分脆弱，主要原因是意大利军队不愿或拒绝合作。

1943年9月10日，德军开始按计划在地中海上收缩兵力，将近30000名德国士兵、2300辆军车和5000吨物资从撒丁岛撤出，通过博尼法乔海峡撤往科西嘉岛，然后再从那里取道巴斯蒂亚到达里窝那和厄尔巴岛。总的来说，德军的撤退组织得十分成功。对盟军而言，希特勒退避三舍当然是好消息，并据此认为以东南欧地区德军的现有实力，不愿也不能固守地中海的那些小岛，丘吉尔也觉得即便是美国人掣肘，依靠英军现有的力量也足以占领多德卡尼斯群岛，然而事实很快证明，这是个一厢情愿的判断。

9月9日，丘吉尔给威尔逊下达命令，要求英军立即占领多德卡尼斯群岛，这位首相吹嘘说“大显身手的时刻到了，应当随机应变和大胆果决。”与他的乐观正相反，威尔逊此时却一筹莫展，他渴望行动，但手下的部队早被抽调一空，能立即投入战斗的只有第234步兵旅，这是一支曾参加马耳他保卫战的精锐部队，但没有足够的运输船。威尔逊千方百计组成了一支特种空中防务团，由戴维·斯特林中校率领，对多德卡尼斯群岛进行冒险的空降作战，但无论是丘吉尔还是威尔逊，都低估了德军守住岛屿的决心和力量。

9月9日晚，由麦克·杰利科少校（他是第一次世界大战日德兰海战的英雄、海军上将约翰·杰利科的儿子）率领的一支分遣队降落到罗得岛上，企图迫使守岛的德意军队投降。英国人预料，突然出现的伞兵可能会激励意大利守军反抗人数比他们少很多的德军。然而，德军表现得十分顽强，而意军却屈从于他们的淫威。英军根本无法在岛上建立稳固的阵地，德国第10航空军的飞机从希腊的基地起飞，不停地袭扰英军阵地，最后杰利科不得不选择了撤退。此后，德军大大加强了岛上的驻军（达6000人），使罗得岛成为英军无法攻占的坚固堡垒。相对罗得岛来说，英军在其他岛屿的进展要顺利得多：英军小分队采取扫清外围、中心开花的方式，迅速占领了卡斯特洛里佐岛，9月底，海、空两路同时入手，运送3个营的部队分别占领了科斯岛、莱罗斯岛和萨摩斯岛。总的来说，意大利守军的态度非常友好，几乎没有进行像样的抵抗，但是这些驻军所夸耀的海岸和防空设施其实都很简陋，而英军受手中的运输力量所限，重武器和车辆无法运到岛上，这就从根本上削弱了防御力量。

从战略上说，科斯岛是除罗得岛外最重要的岛屿，因为岛上有飞机场，一小队英国“喷火”式战斗机已转场到那里，并得到了24门“博福斯”式高射炮的保卫。9月22日，威尔逊策划对罗得岛实施新的进攻，他的最低要求是：除了动用第10印度步兵师和一部分装甲部队外，只要求海军护卫舰和炮火支援，3艘坦克登陆舰、几艘运输舰和1艘医疗船以及足以空运1个伞兵营的运输机。为得到这些，丘吉尔亲自出面向艾森豪威尔求助，他强调只要有能运输1个师兵力的登陆艇，并且有主要的空军力量给予几天的协助，罗得岛肯定会属于盟军。10月7日，丘吉尔致电罗斯福说明情况，但后者完全同意艾森豪威尔的意见，并解释说：“我们在意大利的行动有望早日取得成功的进展，以便在罗马北面建立一条安全的战线。任何变动都会影响我们的预期。任何变动，如果在艾森豪威尔看来会危害意大利的形势安全，我都表示反对。德国人在地面部队和装甲师方面占明显优势，相比之下，我方处境的巩固和发展相当缓慢。”

对于罗斯福集中力量确保“霸王”行动的作法，丘吉尔却认为与夺取多德卡尼斯群岛并不矛盾，他相信在不损害“霸王”计划的前提下，把与“霸王”计划有关的500多艘登陆艇中的9艘推迟6个星期归还，并不会影响到1944年6月的主要作战行动，何况，距离执行“霸王”计划还有6个月的时间。因此10月8日，丘吉尔再次发出诚恳的呼吁，要求罗斯福重新考虑他的提议，但就在罗斯福有意应允的关键时刻，突然有情报显示说，希特勒决定增加在意大利的军队，以便在罗马南面进行决战，结果从“霸王”行动中抽出的力量被送往了意大利，这样丘吉尔再也不能为攻打罗得岛求援了。

从1943年开始，希特勒的脾气变得越来越暴躁了，他把自己的将领看成是一群胆小鬼，因此拒绝一切形式的撤退。按照他的命令，爱琴海的每个岛屿都绝不允许落在盟军手中。为了满足暴怒的元首，从9月下旬开始，德国统帅部从十分吃紧的各条战线抽调了部队，把精锐的第22机降师从克里特岛运往希腊南部，海军也集结了地中海所有的水面舰艇，准备配合陆军在多德卡尼斯群岛发动反攻，沃尔夫拉姆·冯·里希特霍芬将军的德国第10航空军主力也从意大利转场到希腊，集中力量攻击英国舰艇，掩护陆海军行动。

从9月18日开始，德军的空中打击变得频繁起来，9月26日，德军俯冲轰炸机攻击了停泊在莱罗斯锚地内的英国舰艇，击沉驱逐舰勇敢号和希腊驱逐舰韦西利·萨沃尔加号，10月1日击沉投奔盟军的意大利驱逐舰“欧洲”号。

10月3日，德军执行北极熊计划，由第22机降师的一支分队在猎潜艇和航空兵掩护下，从海空两个方向对科斯岛发动了进攻。岛上英军仅有一营兵力，而且布防分散，机场只驻扎了一个连的兵力。英国侦察机及时发现了德军登陆编队，皇家海军原本准备迎战，但却被一个意外事件所阻。当时有2艘英国战列舰按计划驶往马耳他岛，驱逐舰被调去为他们护航，只剩下驱逐舰“平德斯”号、希腊驱逐舰“地米斯托克利”号，他们无法击败有航空兵支持的德军护航运输队，加上缺乏油料，截击很快就被德军的猎潜艇挫败。10月3日清晨，德国空降部队在岛上降落，占领了中央机场，英军的其他兵力驻扎在该岛的北部，被海上登陆的敌军断了退路。经过短暂而激烈的战斗，科斯岛陷落了，德军俘英军1388人、意军3145人。

在攻占科斯岛的同时，德军一直在加强对萨摩斯岛和莱罗斯岛的空中打击，与之相应，英国海军也加强了反击。10月5日，德俯冲轰炸机在莱罗斯海域击沉意大利布雷舰“莱格纳诺”号，10月7日，英国潜艇“昂鲁利”号击沉了装有900战俘的德国运输船“马古厄里特”号，但只救出350名战俘，“金牛星”号潜艇在卡利诺岛击沉1艘德军的机帆船，但随后被反潜网炸沉。同日，“昂鲁利”号发现了一支驶往科斯岛的德国护航运输队，该编队由5216吨的货船“奥林匹斯山”号、7艘海军驳船和1艘猎潜艇组成，皇家海军出动巡洋舰“天狼星”号、“佩内洛普”号、驱逐舰“富尔克努”号、“愤怒”号在莱维特海域进行截击，将护航队的舰只全部摧毁，据丘吉尔声称，当夜溺毙德军达2000人。

“昂鲁利”号继续在这一海区游弋，10月8日，击沉1艘满载补给品驶往科斯岛的德国布雷舰（排水量1108吨）。次日英国巡洋舰“卡里斯尔”号和2艘驱逐舰驶至比雷埃夫斯港以南海域，准备截止一支德国护航运输队，但在斯卡潘托海峡遭德机轰炸，1艘驱逐舰被击沉，“卡里斯尔”号受重创。10月16日，英潜艇“特贝”号击沉德国运输船“马里”号，频繁的战斗使盟军和德军都遭到重大损失，但盟军方面因“过于谨小慎微到头来一无所获，”而德军的耐心和坚韧则得到了回报，德水面舰艇忍受着巨大伤亡坚持战斗，随着盟军的远程轰炸机被调往意大利，德国空军逐渐占据了优势。

尽管英军仍竭力坚守莱罗斯岛，但岛上小部队的命运实际上已经决定。丘吉尔想方设法使岛上驻军增加到1个旅，其中包括3个精锐的英国步兵营：他们是步兵第3团第4营、爱尔兰皇家明火枪第2营和皇家禁卫军第1营。英国海军部尽了最大努力援助守岛部队，甚至艾森豪威尔也临时派遣了2队远程战斗机前往中东地区，但是11月11日，这些战斗机又撤回了（那是德军在莱罗斯岛登陆的前夜，或许盟军已意识到无法守住岛屿，于是牺牲了守岛部队）。此后，德军完全掌握了制空权，英国船只惟有在夜间活动才不致遭到损失。进入11月，德军的海空封锁越加严密，英国潜艇想方设法向莱罗斯岛运输人员和补给品，共输送2230人和758吨物资。

在成功夺取科斯岛之后，德军的下一个攻击目标直指莱罗斯岛。这是一个仅有8英里长的小岛，中部很窄，有一条一英里宽的地峡把岛分成两部分，西面是古伦那湾，东面是阿林达湾。岛的北部和南部都是山地。英军在岛的北部和南部布防，还有一个意大利海岸炮营。德军计划占领一个可俯视全岛的高地，空军将轰炸岛上的港口和炮兵阵地，以掩护登陆部队占领岛上首府——莱罗斯镇。

10月27日，德军统帅部在希腊南部的比雷埃夫斯港集中了大量从阿尔卑斯山调来的山地步兵，他们与第22机降师一部共4000人临时编成一个战斗群，由第22机降师师长弗里德里希·威廉·米勒中将指挥，准备在莱罗斯岛强行登陆。为了避开皇家海军的袭扰，德军采取一种有效的战术，军舰和登陆艇夜晚隐蔽在群岛中间，躲避英国的驱逐舰，白天则在强大的空中力量保护下，以小队的形式移动，逐渐集结起来，英军对这种战术束手无策。

皇家海军竭力对被占岛屿发动袭击，以牵制德军的行动，11月10日夜，驱逐舰“平德斯”号、“德尔弗顿”号和波兰驱逐舰“克拉科威阿克”号炮击了卡利诺岛，驱逐舰“富尔克努”号炮击了科斯岛，11月12日，参加炮击行动的驱逐舰“洛克伍德”号被德国轰炸机炸成重伤。皇家海军的袭扰未能牵制住德军行动，在第10航空军的206架各式飞机掩护下，米勒战斗群已经出发了。

勃兰登堡特种部队第1团第3营和第11后备野战师的1个营，德军第2伞兵团第1营将实施伞降，配合登陆行动。登陆兵的主要输送工具是蒸汽机船和小型近海船只，由德国第9鱼雷艇支队的5艘鱼雷艇、第21猎潜艇支队的16艘猎潜艇和第12扫雷艇支队的11艘扫雷艇提供支援。11月12日夜，英国侦察机发现了航渡中的德国编队，6艘英国驱逐舰奉命对德舰进行拦截，但未能发现目标，相反德国轰炸机却击沉了英国驱逐舰“德尔弗顿”号。

数天的轰炸削弱了守军的抵抗。黎明时分，库恩上尉率领的德国伞兵乘Ju52从雅典一个机场出发，直飞莱罗斯岛。但在最后时刻，空降计划却因一些登陆部队遭到守军有力抵抗而夭折。Ju52机群又返回机场，当其它登陆部队发出成功信号后，运输机于中午时分再次起飞。Ju52以500米的高度接近了目标，伞兵们跳出机舱，顺利降落在预定的着陆场——莱罗斯岛的蜂腰部。稍事休整后，库恩命伞兵切断公路，侦察英军阵地，阻止守军的支援调动。第2、第4伞兵连和勃兰登堡空降连仅遇到轻微的抵抗，就迅速占领了岛上的一处重要目标，守军对岛东部登陆部队的反击也被击退。

岛上的地形对防御者十分不利，它被两个狭窄的地峡分为三个崎岖不平的山区，英军在每个山区各派一营兵力防守，互相缺乏联系。德国空军连日来一直进行猛烈的轰炸，而守军几乎没有得到什么空中支援，战局开始逆转。

德军像一部高效运转的机器有条不紊地工作，他们已在岛上站稳脚跟并缴获了一些意大利海岸炮。11月13日，进攻者将守军分割成南北两部分，英军的防御态势大为恶化，德军增援部队也纷纷抵达。接下来的几天内，英军对德军阵地发动的几次反击均被击退，而德军在获得增援后已在实力上强于英军。14日，库恩上尉指挥第2连、第4连伞兵在斯图卡俯冲轰炸机支援下，试图占领位于莱罗斯岛西北梅罗维格利亚山的英军指挥部，但被击退，德军被迫撤回到拉奇山，英军在调整部署，而德军阵地也不是非常稳固，次日凌晨，德军增援部队对梅罗维格利亚山再度发起进攻，这次他们成功了。

11月14日，皇家海军作了最后一次努力，驱逐舰“回声”号和“贝尔弗尔”号驶抵萨摩斯岛，将守岛的皇家西肯特第2步兵团运到莱罗斯岛进行增援。与此同时，驱逐舰“富尔克努”号不断炮击登陆的德军，11月15日夜，驱逐舰“愤怒”号、“克埃斯穆尔”号和“克拉科威阿克”号再次炮击了莱罗斯岛上的德军阵地，但这已经改变不了什么了。经过激烈战斗，守岛英军终于精疲力竭，重武器也全部丧失了，部队已不堪再战。11月16日夜，皇家海军不得不展开他们拿手的救援行动，尽力从莱罗斯岛救出残余部队，大约1000多人的英国和希腊部队被撤出，但仍有部分英军和意军来不及撤出。最后，守岛的英军司令R·蒂尔尼上校宣布投降，德军以死伤、失踪1109人的代价夺取了莱罗斯岛，共俘英军3200人、意军5350人。11月17日，德国鱼雷艇TA15号满载补给品驶抵莱罗斯岛，岛上防御得到极大的加强，英军短时间内夺回该岛的可能化为泡影。

莱罗斯岛陷落后，丘吉尔意识到英军在这一地区的力量无法应付德军的进攻，于是果断命令皇家海军从这一海域撤退，但这样一来，守卫多德卡尼斯群岛其余岛屿的英军就成了“瓮中之鳖”。11月18日，德军陆续夺占了利索岛、帕特莫斯岛、富尼岛和伊凯拉岛，俘获忠于巴多格里奥政府的意军310人。11月22日，德军俯冲轰炸机对萨摩斯岛进行了猛烈空袭，守军在弹尽援绝的情况下，向德军投降。11月23日，德军鱼雷艇和猎潜艇开进瓦锡湾，占领了岛屿，俘英军和意军2500人。在这场争夺战中，皇家海军遭到了惨重损失，6艘驱逐舰和2艘潜艇被击沉，另有4艘巡洋舰和4艘驱逐舰受损。

至此，一度被英军占领的多德卡尼斯群岛全部德军夺回。

莱罗斯岛的陷落，标志着盟军在爱琴海遭到了严重挫折，对德军来说，夺回多德卡尼斯群岛是1943年最值得庆贺的胜利。丘吉尔在回忆录里也承认，这是从1942年的托布鲁克战役以来，英军遭受的第一次挫折。盟军本有机会以极小代价取胜，但内部分歧却使他们功败垂成，当然多德卡尼斯群岛的巨大牺牲也获得了回报。

为了夺回爱琴海上的这些小岛，德军被迫从意大利撤出了近半数的空军，这就使盟军在意大利的胜利更为轻松。此外，德军除了占领各岛遭受的伤亡外，还有大约2000人溺毙在航运途中，德军在这场战斗中所付出的代价，其实是得不偿失的。

多德卡尼斯群岛牵制了很大一部分德国后备军，从而使科西嘉岛和撒丁岛成了意外的礼物。1943年9月，自由法国军队（得到部分意大利海军舰艇配合）趁德军撤退之机，在科西嘉岛的阿雅克修登陆，攻克巴斯提亚，收复了科西嘉岛。在东南欧，形势对盟军更加有利，意大利已经对德国宣战，他们的海军加入了盟军，墨索里尼成了一个逃亡者。罗马的解放也为期不远了，德国在巴尔干半岛的19个师，被他们的意大利伙伴遗弃后，已经陷于困境。