多甲川菁染料的一般结构通式如下：

菁染料的分子内部含有次甲基（也称为甲川基）组成的共轭链，共轭链两端或中间连有杂环、芳环化合物、环烯化合物等与共轭链组成一个大的共轭体系，分子内部的氢可被一定数目的各类取代基取代。这类化合物除了高度地吸收近红外光外，还显示出高度的反射性。共轭链两端为吲哚类的菁染料在某些有机溶剂中还具有很好的溶解度，可以旋转成膜。这类化合物的摩尔消光系数很大，即使很小的能量(约0.5nJ/bit)也可烧蚀出明显的小坑。