短暂归来休养期间，冰丽、青田坊、黑田坊、首无、河童与陆生饮下妖铭酒作为效忠，双方人马后来在街上引起大规模的战斗。最终玉章落败，狒狒之子猩影渴望为父报仇时，滑瓢与隐神刑部狸（玉章之父）现身说明原委。此战后来以和解作结尾，但作为和解条件，玉章必须为先前牺牲的妖怪举行悼念。

清十字怪奇侦探团收到来自滨海小镇的少女－菅沼品子的委托，由于邪魅占据了小镇住处，让当地居民日夜不宁，连神社司祭驱赶也无效，因此请求清十字怪奇侦探团解决此事。

陆生与冰丽察觉状况有异，决定深入调查，却发现了邪魅与菅沼家的关联真相，以及当地黑帮与神社司祭联合利用式神，吓跑当地居民并且低价收购土地的恶劣行径。事后邪魅加入了奴良组的百鬼夜行，与陆生共饮妖铭酒，此事才圆满落幕。

奴良组二代目奴良鲤伴统领江户的江户时代，富商山本用讲故事讲出来的妖怪害人，最后鲤伴消灭了山本，山本临死前给自己下了诅咒，自己身体的器官口、眼、心、骨等化为妖怪。值得一提的是黑田坊此时就是百物语组干部，他本身就是怪谈出来的妖怪，刺杀鲤伴最后被鲤伴收服。之后到了现代，山本器官化为的妖怪又出来害人，陆生最终消灭了大部分。

龙二告诉陆生新的妖刀已完成，让他前往恐山取刀。陆生在远野得知新的敌人是安倍晴明的后代御门院一族。取到刀之后，陆生集结部队进行最终讨伐，开始愿意帮助陆生的别的组并不多，四国玉章因欠陆生人情决定帮助陆生，山口外妖怪酒吞愚也主动帮助陆生。

去了九州后，救援了土蜘蛛一族，于是动画中出现的那个土蜘蛛之后也帮助了陆生。白骨妹妹是跟随羽衣狐附身的山吹乙女的，而不是安倍家。之后也带领京都妖怪对战安倍家。最后的阵容就变为奴良组、花开院家帮助陆生的组的妖怪VS安倍家、鬼童丸、茨木童子、部分当初跟随安倍的京都妖怪。（花开院家本为芦屋家后裔，御门院家为安倍家后裔。道满和晴明本身就是死敌，所以花开院家与御门院家互为敌人。）

陆生可以在妖气浓厚的地方，或是阳光受到完全遮蔽的情况下，在白天维持妖化状态。人类与妖化的内心自我甚至可以彼此对话，妖化的陆生曾对人类陆生说“人类的部份交给白天的你，妖怪则交给我”。妖化状态的陆生，夜晚经常坐在庭院的樱花树上休憩小酌，偶尔会持着祖父相传的烟管抽着菸草。原本穿着的羽织外套，之后换成了鸦天狗亲手缝制的奴良组羽织外套（后方绣有奴良组的徽记）。

在祖父的安排下，被带往东北远野的妖怪村，开始了短暂的修行生活，首次接触“畏”的掌握。妖怪村的铸铎甚至提到“滑头鬼是映于镜里之花，浮于水中之月，是将梦幻具化成现实的妖怪”。结束修行同时，陆生忽然忆起幼年目睹父亲遭羽衣狐杀害一事。从远野归来后，奴良组与东北远野的妖怪携手合作，搭乘战略妖塞（宝船）前往京都，准备与羽衣狐战斗。途中目睹了铸铎和无头鬼引发的冲突。 　曾为了打败土蜘蛛救冰丽且让自己变强大（有头领强大百鬼夜行也就强大之说）而在牛鬼处习得“业”。在京都的战斗中，得知了父亲被害的真相。在京都战后正式成为奴良组第三代头领。弥弥切丸在于安倍晴明的战斗中完全粉碎，拜托花开院秋房制作新的妖刀。又在“百物语”事件中，被件诅咒，说不将人与妖的孩子奴良组三代目奴良陆生杀掉，这个国家将会灭亡，由此被人类追杀。

一路打完御门院家，剩最后三关。最终陆生对战晴明，羽衣狐复活来到现场，决定帮助陆生，与陆生鬼缠发动袭色黄金黑装鵺切丸击败晴明。陆生也被晴明削去半张脸，之后羽衣狐带陆生去半妖之里修养，恢复之后回到本家，全卷至此完结。

弥弥切丸

退魔刀。花开院秀元打造，原本是陆生的祖母珱姬的护身刀。被陆生爷爷奴良滑瓢拿去救樱姬，曾砍杀羽衣狐。之后一直由滑头鬼使用，直至流传到陆生手中。

弥弥切丸是花开院家与奴良组特殊关系的象征。在与安倍晴明的第一次交锋中完全粉碎，但是之后交于花开院秋房重铸。