大垣车站的站区基本上分为两部分，其中JR东海部分由JR东海与樽见铁道共用，养老铁道则拥有自己的独立站房与月台区。JR东海大垣车站是一栋六层楼高的复合式商业大楼，命名为“APIO”（アピオ）。大垣车站是多条铁路线的汇集之地，其中包括了JR东海最重要的主干线东海道本线与其支线、美浓赤坂线，与养老铁道所属的养老线，及樽见铁道所属的樽见线。