2006-07年度球季，大埔在升班首场比赛以0－1仅负流浪后，其后更分别以0－6及1－6败于联华红牛及杰志脚下。及后，经增援后首次在大埔运动场主场迎战班霸南华，仅在补时阶段失掉自由球以2－3落败，不过表现大获好评。其后，大埔表现亦渐入佳境，先大胜香港084－1，其后再在落后1－3的劣势下，以4－3反胜愉园，后来再以2－1击败榜首的杰志。虽然曾一度传出球会高层出现争拗以及球员的人事变动，但获传媒冠以“神奇球队”之名的和富大埔，最终以18战7胜3和8负得24分，排在联赛绩分榜的第七位，成功护级。

主教练陈晓明执教一季后，于2007年夏天离队转任“升班马”华家堡领队，大埔遂改聘前流浪教练巴贝利接任教练。

2007-08球季

2007-08年度球季，大埔班费为400万，领队陈志超表示增长主要用在球员的薪酬增幅。季初主教练巴贝利表示希望能为球会打好基础，长远发展为争标球队，而该季则以联赛前5名为目标。球员方面，球会主要沿用原有班底，华人球员只有中坚简子洋及左后卫钟健强离队转投升班队伍华家堡。而外援方面，除了留用中坚祖尔、中场祖利亚及前锋安基斯外，亦于季初从流浪签入国援叶佳，其后进一步增援，签入巴西中锋拉菲尔。

球队在开季头5场取得为2胜1和2负的不俗成绩，然而会方与巴贝利在用人方针上有严重分歧，加上巴贝利的训练方式早已引起队中球员的不满，最终球会在双方同意下与巴贝利解约，由陈浩然暂代主教练一职。

在2007年12月2日，对东方的联赛中，和富大埔在25分钟获判十二码，祖利亚在主射期间多次作出假动作，被球证鲍世贤判定为欠缺体育精神行为，入球作废并给予东方一记自由球，然而该判决明显违反球例。和富大埔赛后向足总作出书面抗议，并提出上诉并要求重赛，最终为足总以球证未有根据球例所指定的方式去处理事件及参考国际足协于2006年世界杯外围赛（2005年9月3日）“乌兹别克 对 巴林”的处理方式，而判处比赛需要重赛。重赛中，大埔以3－1击败东方。

2007-08年度球季，和富大埔最终以18战7胜6和5负得27分，成为香港甲组足球联赛季军。

球队除在季末先在联赛以2－1击败争取提前夺冠的南华，及后在足总杯四强赛事以同样比数再一次击败南华，除了阻止对手争取成为三冠王外，亦使球队历史性首次打进本地顶级赛事杯赛的决赛。足总杯决赛于2008年5月18日在香港大球场上演，和富大埔球员祖尔、李威廉、赵俊杰及祖利亚多次攻门均无功而还，其中最具威胁的是在60分钟时，后备入替的叶佳接应苏来强斜传作第一时间近门抽射，惜误省中安基斯弹出。全场和富大埔以0－2败给公民，只能屈居亚军。当日入场人数为5,925，为2007-08球季本地足球比赛最多人入场的一次。

2008-09球季

2008-09年度球队，获得新界地产商会及和富社会企业联合冠名赞助，几经争取后才获足总通过以新界地产和富大埔名字参赛。由球初开始一直位居前列，虽然季中先后有李康廉与祖尔两名主力离队他投，以及赵俊杰、陈衍光、冯振霆等球员长期受伤，至最终只能以24战得41分，获得联赛第六名。不过，大埔却连续两年成功杀入足总杯决赛，并以4－2击败另一支地区球队天水围飞马，夺得球队升上甲组以来的首项锦标，取得下一年度代表香港出战亚洲足协杯资格，冲出香港。同时，本年度大埔有数名年青球员成功争取到上阵时间，包括冼诚俊、张志勇、王得豪、李树燊、李树烊及毛梦索，吸收甲组比赛经验。

2009-10球季

大埔季前组军策略亦针对亚洲足协杯而作出准备，除了季末已经宣布离队的外援祖利亚，从四海借用的中锋卡立亦离队而去。华人球员方面，有冯振霆转投愉园，李树烊转投“升班马”大中。从结盟球队番禺明珠俱乐部引进了国援中锋陈立明、中场荆藤及车润秋，并从四海罗致家住大埔的前锋杜瀚滔。开季后再从大中签入外援中坚拿美，以及胜任多个防守位置的国援杨旭。

于对杰志赛半场休息时，球队宣布邀得李煌添入阁担任领队，未来三季将每季注资可观的赞助费，令球队的财政问题得到解决。

大埔在2010年度亚洲足协杯被编入 H 组，同组对手有泰港（泰国）、岘港（越南）和芽笼联（新加坡）。第一场亚洲足协杯在2010年2月24日作客新加坡对芽笼联，凭安基斯于比赛69分钟的开纪录入球以1－1赛和对手，成功在第一场赛事取得球史上的第一个亚协入球及分组赛的第一分。然而，由于大埔的主球场大埔运动场因为未能符合亚洲足协的要求，故球会在出战亚洲足协杯赛事时会使用将军澳运动场作主场。

2010-11球季

身穿16号球员的二十一岁中场国援毛梦索，在2010年6月13日与女朋友李卓玲在西藏支教时遇车祸死亡。

大埔于2010年7月16日开操及举行季前记者会，公布新球季班费为400万元，虽然有门将李瀚灏、队长苏来强及中坚赵俊杰等离队，但补充前锋安杜、中场李圳业及黄镇宇三名有经验球员，教练张宝春相信球队有能力争取到前 4。

最终大埔获得香港甲组足球联赛第5名，并于足总杯得到亚军。

2011-12球季

大埔足球会秘书长陈平于2011年6月透露，一间上市公司正准备每年赞助 150万港元，连同大埔区议会的50万港元，加上原有赞助商Fitboxx约 50万港元的赞助，大埔新球季将可望有不少于250万港元赞助费[9]。2011年11月，大埔代表香港出战沪港杯，迎战中甲第9名上海东亚。两回合计大埔以三比十落败。

主场球场

主条目：大埔运动场

2006年9月30日，大埔首次在主场大埔运动场迎战季初表演平平的巨型班南华，三名巴西新援包括中坚祖尔、中场祖利亚及前锋施云奴赶及上阵领军，仅在补时阶段被南华球员杨正光主射自由球破网以2-3落败，不过其表现却大获好评，而入场二千多名球迷在狭小场地营造出来的气氛及主场气势亦成为一时佳话，再次带起本地球坛地区化的话题，2009年联赛正式全面推行主客制亦与是场赛事的成功不无关系。

2007年，球会向足总申请表示2007-08球季计划在9月至11月期间安排五场和富大埔的主场赛事在大埔运动场举行。经足总开会商议后，决定大埔首循环的九场赛事不论主客均会在大埔运动场作赛，足总甚至不排除在大埔运动场上演双料娱乐。但经抽签后，首战的对手华家堡作出抗议，其领队倒戈相向的陈晓明认为安排不公，以己方为主场球队为由而坚持要球赛在旺角场上演。

最终，大埔在2007-08球季的首仗作客华家堡赛事在旺角场上演。同时和富大埔的首仗主场赛事亦因草地状况恶劣，在三方面均同意的情况下重新被编排回到旺角场上演，而对手愉园及足总亦同意，把两队首循环赛事、原为主场作赛的大埔转为先作客，若大埔运动场的草地状况有改善，次循环大埔便可以在主场作赛[15]。及后，大埔运动场在进行紧急草地修复工程后，草地质素已有改善，但因公平问题，足总并未在球季中途宣布大埔可在主场作场。

2008-09球季初，基于参赛球队增至十三队，赛程紧密的情况下，足总在季初公布的上半季赛程中，安排了大埔的主场赛事在大埔运动场进行。2008年9月13日，大埔在是季赛事的首场主场赛事，凭外援祖尔在补时最后一分钟的头球入球以及叶佳的上半场入球，以2-1击败谢菲联取得历史上首场主场胜仗，入场人数为1,136人。

在2009年3月14日仅负东方的主场赛事中，大埔运动场的草地质素严重影响两队发挥，以使大埔余下三仗分别对愉园、杰志以及公民的赛事俱要移师旺角场。亦带出康文乐属下开放予公众使用的球场，在其草地质素、保养及使用量影响下，未必能整季作为甲组球会的主场。

旺角球场于2009年9月开始重建工作需时21个月，香港甲组足球联赛采纳港职联小组建议的主客制，2009-10年球季大埔的所有主场赛事都会在大埔运动场举行。

大埔通常于每周二在大埔运动场进行晚练，而周三、四、五在广福公园球场晨操及周二晚练，并会在李福林体育馆进行健身训练。

会徽

2002年大埔区议会通过组织球队参加丙组(地区)联赛，动议人兼议会内唯一具有足球背景的陈平出任大旗手，负责成立球队的大小事务，包括撰写章程及架构、注册等，其中设计会徽亦需处理，陈平没有设计的经验，唯有借用大埔区议会标志稍作修改，删除标志内的“埔”字，换上“大埔足球会”，保留右上方的帆船并放大置于会名上方分中，再在下方的海浪右方加上一个足球，即成为后来会徽的雏型。

会址

大埔足球会初成立时暂借球会主席朱景玄校长的大元邨梁省德学校作为通讯及注册之用。直到球队取得升班港甲资格，才向香港政府申请使用已停办的泮涌公立学校的旧校舍作为会址及球员宿舍。

另一场高级组银牌4强战，今日移师青衣运动场上演，失去主场之利的南区，赛前表明会收起主力留力联赛护级，对于志切赢波以慰拥趸在天之灵的和富大埔来说，可能是好消息。足总多年前与区议会合作成立地区球队，适逢2011年踏入10周年，因此无论南区或大埔能杀入决赛，对两会都是一种鼓励。新升班的南区在8强爆冷淘汰太阳飞马晋级，然而因多名主力有伤在身，惟恐影响联赛护级大计，教练冯凯文并不打算冒险，可能会改派副选上阵。

另边厢的大埔，则会打着「争气」旗号，希望能历史性打入银牌决赛。不过赛前一日球会却收到忠心球迷Linda离世的噩耗，教练张宝春在社交网站留言，表明今天一战另存意义，多位球员亦表示会为打入决赛而努力。