西元前二世纪末，木叉伽摩尼王（巴Duṭṭhagāmanī ）复于寺西建摩利遮婆提寺（巴Maricavatti ），寺北建铜殿（巴Loha-pāsāda ）等。西元前一世纪，婆他伽马尼王（巴Vaṭṭagāmaṇi ）于阿耨罗陀补罗城建立无畏山寺（巴Abhayagiri ）献与大寺之长老摩诃帝须（巴Mahātissa ），后摩诃帝须被大寺摈出，其门徒遂与大寺分离而占据无畏山寺，号称无畏山寺派。此后斯里兰卡佛教徒分裂为大寺派与无畏山寺派，两派展开佛教领导权之争。四世纪初，摩诃胜军王（巴Mahāsena ）大肆破坏本寺，然由于宰相眉伽盘那跋耶（巴Meghavaṇṇābhaya ）举兵劝谏，王乃谢罪，重建大寺，尔后渐次恢复繁荣。据高僧法显传记载，当其西游之时（五世纪初），寺中住有比丘三千，寺运之兴盛，可以想见。至第五世纪摩诃男王（巴Mahānāma ）时，佛音（巴Buddhaghosa ）获得大寺所传之三藏及注疏，并将之译为巴利语。