7岁的小女孩玛亚非常调皮，她的妈妈为了让她变得文静乖巧，而向村里的魔法婆婆请求帮助。婆婆给了妈妈一本施了魔法的《拇指姑娘》的故事书。妈妈回家给玛亚念着故事，念着念着就睡着了，玛亚拾起了书发现插图上画着的女孩与自己一模一样，故事书发出魔法的光芒，把玛亚变得只有拇指般大小，随即进入了书中世界，同时也是她妈妈的梦中。

玛亚在里面她见到了一位叫做席拉的仙女，她告诉玛亚必须前往南国寻找水晶王子帮助自己叫醒妈妈才能回到现实世界。之后她又遇到了一位叫做布儿的小精灵，两人一同前往南国。

他们历经千难万险，与一个叫做赫鲁拉的恶魔斗争。一路上玛雅遇到了各种各样的人物，在与这些人物的经历中使她逐渐改掉了调皮的习惯。

随着历险的深入，玛亚遇到一支向她求婚的青蛙，一番波折后成功逃脱。历险的中后期原先曾向玛雅求婚的青蛙从后方赶上，并与玛亚一同打败了逼玛亚成婚的一只田鼠，从此这只青蛙加入玛亚的历险。