又称大肠菌群指数。水样中大肠菌群数目的表示方法，一般指一升水样中能检出的大肠菌群数。我国地面水环境质量标准（GB3838-83）规定第一级地面水大肠菌群≤500个/L，第二级≤10000个/L，第三级≤50000个/L。我国生活饮用水质标准（GB5749-2006）规定生活饮用水总大肠菌群数MPN/100ml或CFU/100ml，不得检出（MPN表示最可能数；CFU表示菌落形成单位。当水样检出总大肠菌群时，应进一步检验大肠埃希氏菌或耐热大肠菌群；水样未检验出总大肠菌群时，不必检验大肠埃希氏菌或耐热大肠菌群）。

菌落总数就是指在一定条件下（如需氧情况、营养条件、pH、培养温度和时间等）每克（每毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。按国家标准方法规定，即在需氧情况下，37℃培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数，所以厌氧或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长，因此菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，菌落总数并不能区分其中细菌的种类，所以有时被称为杂菌数，需氧菌数等。