大行宫东站（南侧站台）：5路、9路、25路、34路、34路区间、95路、163路、Y1路、Y5路、Y24路

大行宫南站（东侧站台）：1路、15路、31路、80路、202路、313路、、Y1路、Y2路

大行宫南站（西侧站台）：15路、31路、44路、80路、202路、313路、304路、Y2路

4号出入口

暂无信息

5号出入口

大行宫北站：2路、3路外圈、15路、31路、44路、65路、68路、80路、95路、201路、304路、313路、Y2路

南京图书馆站（东侧站台）：3路外圈、29路高峰、31路、80路、202路、313路、Y2路

总统府站：29路、44路、65路、95路、201路、202路、304路

6号出入口

大行宫北站：2路、3路、15路、31路、44路、65路、68路、80路、95路、201路、304路、313路、Y2路

南京图书馆站（西侧站台）：3路内圈、29路高峰、31路、44路、80路、202路、304路、313路、Y2路

大行宫站采用岛岛T型换乘：

3号线换乘2号线：乘客从3号线站台最南端的换乘通道楼梯上楼，直接进入2号线站台中部候车。

2号线换乘3号线：乘客从2号线站台上楼至2号线站厅，通过付费区内换乘通道进入3号线站厅中部，再下楼至3号线站台候车。

大行宫站2号线车站为地下二层岛式车站，地下一层为站厅，地下二层为站台，东西走向，沿中山东路横跨路口东西向布置。3号线车站为地下三层岛式车站，地下一层为站厅，地下二层为设备层，地下三层为站台，南北走向，沿太平北路路中南北向布置，主体结构外长159.14米、标准段宽24.3米，北距浮桥站约0.8公里，南距常府街站约0.9公里。

东侧：南京图书馆、中央饭店、江苏省美术馆新馆

南侧：新世纪广场

西侧：江宁织造博物馆、南京市第九中学

北侧：南京总统府、梅园新村纪念馆