无论是父母还是老师，都不能阻止想离家出走的大雄，他们来到了7万年前还没人居住的日本。胖虎是建设大臣，小夫是农林大臣，静香是环境长官，大雄是宠物大臣，他们营造了属于自己的快乐家园。大雄使用动物的遗传因子瓶和克隆蛋创造了龙、翼狮、飞马这样想象中的动物。

回到现代的大雄等人，遇到了从远古穿越时空来到现代的7万年前的原始少年克克鲁。据说，克克鲁是中国光明族的孩子，而光明族的人们被残暴的黑暗族袭击，克克鲁则恰巧碰到时空乱流来到现代。大雄5人立刻决定和克克鲁一起去帮助光明族，打败黑暗族。

前往7万年前中国的一行人，从精灵王巨尊比操纵的黑暗族和土精中，平安地救出了光明族的人们，但说不定又会袭击过来，所以将他们带去了安全的日本。

回到现代的哆啦A梦们，从7万年前的世界带回的碎片中，知道了那是来自未来的物质，在时光巡逻队的协助之下，妄图改变世界历史的巨尊比果然没个好结果。而克克鲁所属的光明族到达了日本，成为了日本人的始祖。