南京天妃宫始建于明朝永乐年间。清咸丰三年至十一年，南京天妃宫在太平天国起义至中华民国抗日战争期间屡遭毁坏。2004年7月以来，为纪念郑和下西洋六百周年，南京花费巨资重建开放。

南京是郑和下西洋的策源地、起终点和物资人员汇集地。15世纪，明朝郑和下西洋使南京成为郑和下西洋造船基地和始发港，见证了海上丝路最后的辉煌。

永乐皇帝为表彰其出使西洋修建的天妃宫、静海寺以及为下西洋兴建的大型官办造船基地龙江宝船厂等历史遗存见证这一航海壮举。

天妃即妈祖，被称为中华民族的海洋保护神。

据史书记载，明永乐五年（1407年），郑和第一次下西洋顺利回国，为感谢天妃保佑海上平安，明成祖朱棣加封天妃为“护国庇民妙灵照应弘仁普济天妃”，赐建“天妃宫”，并亲自撰写碑文，立御碑于宫中。其后郑和六次下西洋出航前，都要专程到天妃宫祭拜妈祖。