大魔头石矶为了帮助申公豹讨好纣王，施展妖法把冬天突然变成夏天，篡改了正常的季节，使大量冰雪立马融化引发灾害，造成洪水泛滥、民不聊生。这时正好在天上云游的太乙真人没事出来闲逛，一看见人间如此景象，惨不忍睹，于心不忍的他，为了排解民怨，用仙法把石矶变出的六个火球化掉，并一下又把夏天变回冬天，使得各处的水灾立马冻结成冰面，轻松解决了凡间的危机，救赎了难民百姓。

天上的太乙真人目睹了哪吒勇斗朝歌官兵的一幕，早已观察对方许久，发现这小哪吒果真不简单，就是太乙真人要找的小英雄，后禀报了女娲娘娘，看见哪吒有难，表示差不多该去相救哪吒，于是派出太乙真人去把哪吒带上天界来。就在哪吒即将遭到长矛军队的攻击时，太乙真人赶到，用一阵龙卷风把哪吒卷走，申公豹见状，只能先抓走了李靖夫妇。女娲娘娘相中了哪吒就是拯救天下之人，被选召为救世主，于是赐他乾坤圈和混天绫两件法宝。太乙真人间接收哪吒为徒，并给哪吒布置任务，告诉他去救回父母。

大魔头石矶为了陷害哪吒，同时又为了增强自己的法力，派出九尾狐去东海尾随哪吒偷走龙珠并嫁祸，哪吒被龙宫冤枉后大闹东海，被四海龙王水淹陈塘关所逼迫，哪吒为救父母和百姓自刎而死后，灵魂升天，这时太乙真人出场，把哪吒的灵魂带走，，并配合女娲娘娘把哪吒的魂魄赋入一朵圣莲之中，太乙真人跟着莲花来到哪吒家中的莲花池，当场展现自己的法力，让哪吒在他的家人面前重生复活，哪吒莲花化身后变得更加成熟，之后太乙真人还把保管好的乾坤圈和混天绫交还给哪吒。

太乙真人带着哪吒和李靖夫妇三人来面见女娲娘娘，教诲哪吒感恩天下人使他复活，并让哪吒发誓，铭记自己造福苍生的使命。后太乙真人在哪吒面前施展法力，把一棵树变成了一座玲珑塔，声称若是哪吒违背了誓言，此塔将会来惩罚他。之后还把开塔的钥匙“塔针”交给殷夫人保管，之后太乙真人提醒哪吒去寻找东海的龙珠。

哪吒为了找回东海龙珠，和小龙女尾随妲己找到了石矶的妖洞，就在哪吒想要破门而入时，此时太乙真人出现，使用长胡子拦住了冲动闯门的哪吒，告诉他不能鲁莽行事，太乙真人劝哪吒先和自己回去商量对策，因为此时的石矶已经吸走了大量龙珠的力量，妖法过于强大，担心哪吒会吃亏。但哪吒还是执意要硬闯。这时石矶娘娘也现身了，与太乙真人互相对峙嘲讽，为了成功夺回龙珠，太乙真人负责打掩护，在与石矶交锋大战时，趁机让哪吒和小龙女去偷家找龙珠，干掉了妖洞中的小妖。太乙真人和石矶娘娘斗法许久，面对石矶的各种石头攻击，太乙真人周旋并回击。石矶见太乙真人难缠，又为了阻止哪吒和小龙女夺走龙珠，于是将太乙真人引入自己所设的碎石阵之中，一时难以脱困。就在哪吒带来四海龙王的途中，太乙真人利用以柔克刚之法给石头精灵瘙痒，成功逃离碎石阵，之后又与石矶娘娘缠斗，最后与大家一起打败了石矶。

虽然暂时打败了石矶，但哪吒还有重任在身，太乙真人决定带哪吒去蓬莱仙岛修炼，于是来到哪吒的家中与李靖夫妇商量，说服了哪吒的父母。小猪熊却从中捣乱与挑拨，误导了哪吒，使他以为这是太乙真人的圈套，不愿去仙岛。就在准备出发去仙岛时，小猪熊带头顶撞叫板，被太乙真人的仙鹤教训，之后怂恿哪吒逃学，飞上天空。面对一再不服管教的哪吒，太乙真人试图使用强力手段去捉住哪吒，拂尘往空一迎，许多触须牢牢困住哪吒，但无奈不敌哪吒的法宝，捕捉失败，拂尘毛虽然被哪吒弄烂，但还能再次复原。傲慢的哪吒戏耍师父后飞走，太乙真人见自己拿哪吒没办法，只好使用之前送给李靖的玲珑塔强行捉住哪吒，纵使哪吒全力反抗与逃避，都无法抗拒玲珑塔的力量，哪吒和小猪熊只能妥协认命，跟随太乙真人一起去仙岛。在仙岛修炼的日子里，哪吒经常戏弄太乙真人，进入洞府偷偷把太乙真人绑住，或泼冷水让太乙真人着凉，让师父百般出丑，也因此被倒吊处罚。太乙真人传授哪吒使用乾坤圈和混天绫的技巧，当哪吒修炼得差不多时，太乙暗示了哪吒离开仙岛的办法，按任务让他搬石头叠成高柱，之后又让哪吒练习攀爬瀑布，好以越过仙岛的结界回家，之后太乙真人便骑仙鹤外出了。

为了解救出被石矶束缚住的太阳“三足金乌”，女娲娘娘便派太乙真人下凡去找来哪吒，哪吒正与小猪熊在野外闲情逸致，之后太乙真人驾鹤到来，哪吒拉着太乙真人的胡子登上仙鹤，来到女娲娘娘之处，给哪吒安排营救太阳的任务。在哪吒与巨人夸父解救出太阳后，太乙真人又来寻找哪吒，再次给哪吒安排任务，告诉他石矶正在吸收大地之脉的力量，并且指点哪吒不要一人独闯石矶的地下魔窟，而哪吒为了救出被俘的小猪熊，不得已踏入地下迷宫遭困。

由于哪吒上次为了救小猪熊大闹纣王的皇宫，纣王便派申公豹去捉拿并软禁李靖夫妇，用大量妖怪以其父母性命威胁哪吒为纣王办事，逼哪吒去地牢杀死姬发。哪吒却将计就计与姬发合谋，想起了太乙真人曾经教给他自己感知能量的心法，也就是用心境观察瀑布力量的流动，之后哪吒假意服从命令并趁机救走被囚禁的姬发，却中途遭李靖用玲珑塔所困。殷夫人放走哪吒去救走了将要落入火刑场的姬发，申公豹因此只能用李靖夫妇代替姬发执行火刑，就在李靖夫妇即将跳入火海时，结果就被及时赶到的太乙真人用长胡子接住并救走，安排二人到了方丈山的小茅屋中安全隐居度日。

哪吒在与石矶打斗的过程中，意外激发出现了传说中大地深处所藏的盘古石，石矶在持剑攻击哪吒时，失误将盘古石一分为二，之后二者各自抢夺了半块。女娲娘娘得知了哪吒得到了一半盘古石后，让太乙真人派仙鹤小白去调查哪吒的下落，并和女娲娘娘一起来到岐山寻找哪吒，正巧遇到申公豹和妲己正在争夺偷来的盘古石，于是太乙真人亲自收妖，用长胡子擒住申公豹和妲己，并抢回盘古石交给哪吒继续保管，便给哪吒介绍了盘古石的来历，后安排任务，让哪吒守护这块盘古石，且交代他要夺回石矶手里的另一半块盘古石，并合二为一。

哪吒为了夺回盘古石，追击石矶来到昆仑山外的弱水河边，哪吒不清楚弱水的危险性，中了石矶的激将法，被引诱飞向弱水河的上空，结果被弱水的吸力影响，失去飞行能力，掉入了河中昏迷不醒。虽然小猪熊和杨戬用混天绫呼唤太乙真人来唤醒了哪吒，但哪吒已经法力尽失，从而自卑落魄，于是太乙真人以树木的大小用途举例，点醒了哪吒，使他信心焕发，告诉他去寻找神奇山谷之中的风火轮，即可恢复功力。之后在哪吒得到了风火轮后，太乙真人与女娲娘娘特意来到神奇山谷恭贺哪吒重获功力。

哪吒夺回盘古石后，向太乙真人和女娲娘娘交差。之后哪吒去辅佐武王伐纣，保周灭商的过程中，申公豹去请来了不周山的魔家四兄弟帮忙抵挡周军，在青龙关上施展法宝吓走姜子牙。半夜遭逢四兄弟阵法的袭击，虽然西周大军早就已经撤退远离，但哪吒为了证明自己的能力，半夜私自去试图打败魔家四将，结果中计被捉。杨戬和土行孙暗中救走哪吒，但哪吒以为杨戬已死，自责地默默离开周营，满怀愧疚地来到了蓬莱仙岛拜访太乙真人，太乙真人再次点醒哪吒的自信心，并教导他打败魔家四将的办法，也就是领悟心意相通的法门，师徒二人互相配合帮助哪吒练习，后让哪吒与战友们合作练出了天极四星阵，打走了魔家四将。之后申公豹又去搬救兵，在三仙岛怂恿赵公明去攻打周军，并大战哪吒，用刚练好的五色神光阵展开一场混战，五个分身幻影同时迷惑对手，使哪吒等人陷入苦战，太乙真人用造像化身提示哪吒赵公明的弱点，只有找出对方的真身才能将其打败，于是哪吒等人再次使出天极四星阵，破解了五色神光阵。

哪吒和战友们追杀并打死了大魔头石矶，但石矶在临死前吐出了一块诡异的魔石，尾随着窃喜而返回朝歌的哪吒等人，趁机在哪吒不经意的情况下击中了他的左臂。哪吒昏迷后被战友们带回到了卧室，太乙真人用一颗金丹交给殷夫人喂哪吒服下后才醒来，虽然众人皆得知石矶已死，但只有太乙真人心中总是疑虑不止，察觉到事情不简单，于是私下找来杨戬问话，杨戬表示他用天眼发现了紫色石头中的石矶身影，太乙真人再次陷入沉思。一次哪吒在石矶的控制下发疯伤人未遂后昏倒，姜子牙见状立即派人向太乙真人传话，见到哪吒正在胡乱伤人，于是太乙真人在一旁作法，暂时恢复了哪吒的意志并又使其陷入昏迷。哪吒起床后听到了太乙真人和殷夫人的谈话，得知自己已被石矶的魔石控制，于是选择默默地离开了大家，独自闯入黑暗之谷反抗，殷夫人救子心切，请求太乙真人让她进入黑暗之谷挽回哪吒。

哪吒醒来后发现母亲为救自己而身陷黑暗之谷，悲愤不已的他，再次被体内的石矶所折磨，太乙真人在哪吒身边施法，尽力为哪吒抵挡住了石矶的邪术，结果累得满头大汗，太乙真人提议哪吒去仙境森林求助女娲娘娘，但哪吒坚持要与石矶同归于尽，之后哪吒绝望地奔向悬崖，太乙真人也和众人一起追去，哪吒一边注视人间一边请求李靖用玲珑塔封印自己。此刻魔石再次发作，哪吒在黑化后一掌打伤了太乙真人，姜子牙和姬发过去搀扶，后李靖用玲珑塔收走了哪吒，太乙真人和众人仰视宝塔飞走。后太乙真人向女娲娘娘自责自己无能为力保护哪吒，他（她）们驾云来到玲珑塔上空，看到全城百姓的祈求，女娲娘娘洒泪传给哪吒力量，赐他三头六臂的法身潜入黑暗之谷彻底消灭了石矶，并救回自己母亲。最后一次看望如此优秀且大获全胜的哪吒时，太乙真人表示很骄傲，且看到天下的百姓们安居乐业、快乐地庆祝，太乙真人和女娲娘娘最终也放心地默默踏云离去。