太田城是天仁年间（1108前后）由太田氏所筑之城，当佐竹氏势力抬头后，太田城成为初代隆义的领地并被支配。应仁十四年（1407年），由于第十二代义盛无嫡子，因此佐竹氏由关东管领上杉宪定的次男龙保丸继承，龙保丸成为佐竹氏第十三代当主。在此同时，佐竹一族的山入氏开始反叛龙保丸，之后在百年后的永正元年（1504年），佐竹氏第十六代当主义舜才将山入氏攻灭，结束了宗家佐竹氏与山入氏的纷争。到了第十八代当主义昭时，佐竹氏与宇都宫氏结盟，并与北关东的大名连合，组成反北条体制。到了十九代义重时，先后与白河、卢名、那须、北条敌对。当小田原之役结束后，在第二十代当主代义宜时，佐竹氏成为领有五十四万石领地的近代大名，而太田城则成为义宜之父义重的居城，当主义宜并以水户城当做统治的据点。后来由于义宜在关原合战的前哨战讨伐会津上杉之际反抗幕府，因此在庆长七年（1602年）被移封至出羽秋田。