“日章旗”（hinomaru）作为整个国家象征的历史可追溯到16世纪后期的丰臣秀吉和17世纪的德川家康，其派往国外的商船所悬挂的旗帜上就有这类图案。

1639—1854年，日本“锁国”时期，与中国、朝鲜和荷兰以外的对外贸易和其它关系被禁止。

1810年，日本在迎接朝鲜国使节团的船上悬挂了太阳旗。

1854年，德川幕府与其它国家开始贸易（包括美国和俄国）时，接受萨摩藩的岛津齐彬的建议，决定日本船只应使用“配以白色背景的‘日章旗’（hinomaru）”，以便与其他外国船只相区别。

1859年，德川幕府将“日之丸”的“旗”定为日本“御国总标”，即象征日本的总的标志。

1860年，运送日本官员前往美国的官船“咸临丸号”（kanrin maru）上悬挂“日章旗”（hinomaru）。

1870年1月27日，大政官（Dajokan）布告第57号令，正式确定商用船只使用“日章旗”作为日本国旗。

1871年，日本驻美国华盛顿的使馆开始升悬国旗。

1872年，“日章旗”首次飘扬在政府大厦的场地上空。那时，许多普通家庭和非政府机构也纷纷表示在节假日悬挂“日章旗”的愿望。在随后的几年中，政府发布了一系列通知和文件，增强了“日章旗”作为日本国象征旗的地位。

1876年，明治天皇视察东北地区，政府半强制性地让国民悬挂太阳旗。

20世纪20年代，日本政府发出通知，要政府机关首先带头升挂国旗，接着，又规定学校必须升挂国旗。

1931年，曾有人向帝国议会提出“大日本帝国国旗法（草案）”，但是未被通过。

第二次世界大战时，日之丸旗曾经以红太阳加16道红光芒的形式出现，作为日本的陆海军旗。

1945年，日本被美国等联合国军打败，处于美国的占领之下。联合国军司令部规定，必要时，需要申请，得到许可后方可悬挂国旗。

1947年5月3日新宪法颁布之日起，日本被允许在皇宫、国会议事堂、最高法院和首相官邸悬挂国旗。

1949年1月6日，美国占领当局发表新年讲话，允许日本自由地升挂国旗。

1954年起，日之丸旗成为日本的海军旗。

1958年6月，文部省在修改小学的“学习指导纲要”时明确地提出，“希望在典礼仪式上升国旗，唱《君之代》”。

1962年3月，内阁的政务次官会议决定，从4月起，各政府机关都要升国旗。同年7月，在日本国国旗会的基础上，成立了推进升挂国旗协议会（现在的社团法人国旗协会的前身）。

1964年7月，日本的五大经济团体（日本经营者团体联盟、经济团体联合会、经济同友会、日本商工会议所、日本工业俱乐部）为配合推进升挂国旗的运动，商定在各企业要在总公司和工厂升挂国旗。

1999年7月22日，日本众议院通过《日本国旗、国歌法》；8月9日参议院又对该法案进行表决，并与14日开始生效。

日本国国旗呈长方形，旗帜中间为圆形图案，圆形上下间隙相同，圆形的直径为旗帜长度的五分之三，圆形的中心点与旗面的中心点重合。日本国国旗颜色由白色底色和红色圆构成；白色背景配红色太阳图案最为普遍，但也有采用深蓝色为背景配以金色太阳图案的。1870年—1945年：大日本帝国国旗长宽比例：10:7。1945年—1999年：日本国旗长宽比例：10:7。1999年7月22日—，长宽比例为3:2。

红白两色贯穿了日本国的发展历史，红白两色在不同时期的历史背景下蕴含了不同的意义。纵观整日本国史，红白两色可以说是完美地诠释了日本国人的品质与性格。他们既像红色一样勤劳奋进，充满活力与朝气，又像白色一样低调内敛，谦逊有礼。

日本国国旗的旗面是白色的，正中央有一轮红日。白色象征正直和纯洁，红色象征真诚和热忱。

日本国天皇驾崩后至葬礼前的哀悼期间要在国旗上方悬挂黑色丝带。

《日本国旗、国歌法》正文第1条将日之丸规定为日本国旗；附录第1条规定了日本国旗的样式。《日本国旗、国歌法》没有有关罚则的条款，日本其他法律也没有相应的惩罚性条款。

17世纪，屏风画描绘江户（东京）的情景，船上的“日章旗”（hinomaru）成为该船载有幕府将军的象征；描绘关原之战的屏风画，画中军队的许多旗帜上都绘有“日之丸”（hinomaru）的图案。

2019年9月3日，东京奥运会、残奥会组委会宣布，日本将允许“旭日旗”（旭日旗”又称日本军旗，带有红日和旭日光芒图案）进入2020年奥运会赛场。此举引发了在二战期间曾遭受日本侵略的邻国各界的抗议。

1999年8月9日上午始，日本几百名教师和学生在日本国会前举行了反对《国旗国歌法》的静坐示威。