更新时间：2024-11-02 00:14
鸣人接下纲手下达的任务，和小樱一起追踪拔忍蜈蚣。他们追着蜈蚣来到了沙漠中的废墟“楼兰”，而蜈蚣的目标正是沉眠于楼兰地底的龙脉。龙脉拥有巨大的能量，蜈蚣将龙脉解封，能量的漩涡把进入废墟探查的鸣人吸了进去。
鸣人从昏迷中醒来，发觉自己身在一个陌生的地方：这是一个繁华热闹的市镇，市镇中心有一座高耸入云的巨塔。鸣人虽然不清楚究竟发生了什么，但他还是继续寻找蜈蚣。鸣人在市镇里遇到了女王莎拉。
原来鸣人穿越时空，回到了过去，而此处正是极盛时代的楼兰。年轻的女王莎拉广受民众爱戴，人们安居乐业，过着太平日子。然而传言诡秘的大臣安禄山赞正在制造可怕的武器。
六年前，有一个来自未来的忍者像鸣人一样突然出现在楼兰。而安禄山赞其实是蜈蚣伪装的，他意欲在这个时代二度夺取龙脉的能量。
三代火影猿飞日斩得知蜈蚣的阴谋后，向波风水门、志尾、丁座、卡卡西四人组发出了命令，木叶村的忍者们跃入千之塔，与蜈蚣操控的傀儡军团展开了激战。
（参考资料来源）
(参考资料来源)
（参考资料来源）
动画短片《清风传~鸣人和魔神和三个愿望》与《失落之塔》一同上映。2004年，《火影忍者》系列第一部剧场版作品《火影忍者：大活剧！雪姬忍法帖》问世时曾连带播放动画短片《木叶村大运动会》，然而接下来的几部却一直没有继续同步发行短片，直到该片上映。
《火影忍者疾风传剧场版：失落之塔》讲述了鸣人穿越时空与已故父亲完成不可能相会的精彩内容，包括鸣人回到过去与波风水门首次见面的珍贵场景，卡卡西老师年幼时的可爱扮相，电影银幕上期待已久的第七班小队等。（巴姆哈特评）
在经历了各种各样的剧场版题材后，火影的官方终于起用了有如定番一样的主题——“穿越时空”。除了这让人感觉相当微妙的题材，海报上那个酷似四代目的角色也实在是让人非常在意。这种题材虽然是相当老套，但若是运用得当，还是能够博得观众的好感。（东北网评）