青莲木科的学名Setchellanthaceae由模式属青莲木属学名Setchellanthus的复合形式Setchellanth-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“青莲木属”中的专名“青莲木”加上“科”字构成。其单纯的中文别名有夷白花菜科，详见青莲木属条目的“词源”一节。