姬矢准篇

奈克斯特·奥特曼消灭了异生兽THEONE的5年后。THE ONE的碎片散落到世界各地，化成不同的异生兽。

为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条凪副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到说明者CIC的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失。

随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色青年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯把异生兽消灭。在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。

这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但能力与奈克赛斯相同，更可化解“美塔领域”，变成“黑暗领域”，令奈克赛斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友。

一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况不对。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。两人展开最后的战斗，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡下这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死状态，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。

浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合，得到了黑暗巨人的力量，展开多场残酷的死亡游戏折磨着姬矢准和夜袭队。奈克赛斯和黑暗梅菲斯特两人展开过多次死斗，但因为实力不相上下，始终没有结果。

黑暗梅菲斯特召唤被姬矢准消灭的第一头异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，被压制而陷入苦战，最终在夜袭队的援助下险胜。虽然战胜了地狱三头犬，但因为经过多番战斗，姬矢准的身体已破损不堪，在击败格鲁格来姆后又被TLT捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯到终焉之地决战。被奈克赛斯多次救回的夜袭队也终于对奈克赛斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯。奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，他便预言光会被某人继承，当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。

千树怜篇

姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。 战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。

在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再次出现，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。后来沟吕木被TLT捉住，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决定在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。在同一时间，未知之手将黑暗梅菲斯特的力量与MP的三泽广之融合，诞生了黑暗梅菲斯特第二代，向众人袭来。

孤门和西条在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯特第二代攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯特II，不过却陷入苦战。恢复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯特，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特II抓住，奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条的怀里。

大结局篇

作为“普罗米修斯之子计划”的失败作，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力，使奈克赛斯不能展开“美塔领域”，也阻碍黑暗领域的展开。迫于无奈在真实世界作战。打退梅嘎福拉什后因千树怜体力不支加上被TAT捉拿进行实验，在千树怜体力迅速下降时，随后被夜袭队救下。梅嘎福拉什及伽汝布斯都被打败后，“未知之手”只好利用过去所有异生兽合成强力异生兽伊兹麦鲁，怜亦只好冒死出战。奈克赛斯一直陷入苦战，在危急关头下，幸得说明者鼓励，令奈克赛斯再次站起来并打败依组麦儒。事后怜已疲倦得倒在地上，幸好补完药物“拉斐尔”及时完成，怜才得以续命。

怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，同时石堀队员亦露出了真面目。原来石堀队员正是黑暗扎基，而杀死西条的父母、沟吕木变成黑暗梅菲斯特都是他一手安排，目的是令西条心中充满仇恨。当西条变成奈克赛斯时，立即被忘川侵蚀，黑暗扎基因此得到解放，而且因为西条心中充满仇恨变得更强。

孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。孤门联想起姬矢和怜的变身，大喊一声奈克赛斯便立即变身。不过孤门仍不是扎基的对手，完全被对手碾压。这时突然姬矢、怜出现于孤门的脑海中，奈克赛斯立即变成了红色青年形态反击，之后孤门又变成了蓝色青年形态战斗，就在那时，人群突然想起当年的THE NEXT的事件，他们都纷纷为奈克赛斯打气。在人们的鼓励下，孤门终于解放出「第一来访者」的力量，变成了诺亚·奥特曼。诺亚以压倒性的力量把扎基轰到太空，更以闪电·诺亚把扎基消灭。 事后，奈克赛斯离开了地球，虽然异生兽仍继续出现，但是TLT已把灾害降至最低，并且放弃替目击者洗脑的做法，每人都怀着希望为明天而战。

十勇士篇

数年后，奈克赛斯被超时空魔神艾塔尔加击败，并与其他7位平成系奥特曼一起被封印在时空城·镜之间。后来，在银河与维克特利的宇宙中的UPG队员们的帮助下，奈克赛斯脱离囚禁，和迪迦、戴拿、盖亚、高斯、麦克斯、梦比优斯、赛罗以及银河维克特利·奥特曼等奥特十勇士集结，对艾塔尔加展开反攻。

面对奥特十勇士，艾塔尔加以傀儡能力变化出数名强大的敌人，分批拦截奥特战士们。其中，奈克赛斯在时空城的第一层，与拦截的黑暗梅菲斯特（艾塔尔傀儡）交战，最后使用层叠光线·风暴将敌人消灭。战役终了，奈克赛斯等十勇士们进入闪耀状态，各自施展自己的光线绝招，一起摧毁了艾塔尔加的时空城。

艾克斯篇

在艾克斯所处的宇宙中，出现了异生兽拜格巴尊（布鲁德），奈克赛斯来到艾克斯所处宇宙的地球，将进化信赖者赋予了当时陷入困境的XIO副队长--橘小百合，让她成为新的适能者。橘变身为奈克赛斯，在消灭异生兽后，火速赶往北美大陆迎战怪兽百慕拉，救了自己的两个女儿。

不久，残存的拜格巴尊·布鲁德被暗黑雷暴能量强化，战力压制了艾克斯奥特曼。面对危机形势，处于自我禁闭中的橘副队长再次变身为奈克赛斯，帮助艾克斯脱险，在美塔领域中和超越艾克斯联手消灭了异生兽。战斗结束后，奈克赛斯与橘副队长分离，临走前通过橘副队长的口中，向艾克斯和大地传达了鼓励的话语。

后来，奈克赛斯受到跨越宇宙的召唤，再次穿越到艾克斯所在的地球，并赶往埃及开罗，消灭了阎魔分身兽·暗剑迪玛迦。在艾克斯等人消灭了赛格古后，奈克赛斯与各位奥特战士短暂聚首后离开，继续自己的旅程。

奥特银河格斗：命运的冲突

作为宇宙传说中的超人，诺亚奥特曼在各个宇宙的星球上都留有自己的传说和遗迹，巴贝鲁行星就是其中之一。时值阿布索留特一族即将挑起和奥特一族的战争，阿布索留特·塔尔塔洛斯为了消除一切的威胁，派遣阿布索留特·泰坦前往巴贝鲁行星探查诺亚的情况，并和随后赶来的奥特武装队（史考特、察克、贝斯）以及利布特奥特曼交战。五人的激烈战斗触发了诺亚遗迹的防御机制，诺亚寄存在遗迹中的一部分力量化身为奈克赛斯奥特曼，为护卫遗迹而突入战斗。

作为遗迹的防卫力量，也作为一种试炼，奈克赛斯对利布特和泰坦进行无差别攻击。通过美塔领域困住泰坦和利布特二人并吸收其能量，同时还以强大的战斗力进行压制，逼迫泰坦和利布特联手作战。在得到索拉的分析情报后，利布特和泰坦联手破坏了奈克赛斯青年形态的【武装奈克赛斯】，破解美塔领域，奈克赛斯肯定了二人的表现后短暂消失。

此时，塔尔塔洛斯也来到巴贝鲁行星参战，还带来了被百特星人改造过的奥特人造机甲赛罗，攻击利布特。关键时刻，奈克赛斯以蓝色青年形态再度登场，迎战奥特人造机甲赛罗。在以连环攻势压制敌人之后，奈克赛斯化身为最终形态-诺亚奥特曼，施展【闪电·诺亚】消灭奥特人造机甲赛罗，最终再度化为光芒消散。