2009年4月17日，奈拉蒂考开始担任副总统。7月28日，斐济过渡政府总理弗兰克·姆拜尼马拉马宣布，现年88岁的总统约瑟法·伊洛伊洛将于7月30日退休。姆拜尼马拉马当天前往总统府拜会伊洛伊洛后在新闻发布会上宣布，副总统埃佩利·奈拉蒂考将暂时接替伊洛伊洛的总统职务，斐济内阁将开会讨论新总统人选问题。

10月30日，据斐济媒体报道，斐济前副总统、众议院前议长埃佩利·奈拉蒂考将担任新总统。11月3日，斐济过渡政府总理姆拜尼马拉马在新闻发布会上确认了对奈拉蒂考的正式总统任命。

11月5日，斐济新总统埃佩利·奈拉蒂考宣誓就职，他在就职讲话中强调斐济需要团结、爱与希望。斐济首席大法官安东尼·盖茨在政府大厦主持了当天的就职仪式。斐济军方人士、政府官员和一些国家驻斐济外交官出席了就职典礼。奈拉蒂考的总统任期为3年。