林丹汗迟迟没有东征嫩科尔沁，奥巴对后金的态度也有所冷淡。天命十年（1625年）三月初八日，奥巴和阿都齐达尔汉台吉向后金遣党阿赖等四名使者，带一条狗作礼物，说要约定努尔哈赤和奥巴会面的地点。努尔哈赤则在五月初一日遣回奥巴的使者党阿赖，并赏给党阿赖和奥巴之弟布达齐的使者每人十两银子，给三位侍从每人三两银子，并派遣了易沙穆等四人和党阿赖一同前往奥巴驻地，向奥巴传话：“我们两国和好，不是为了取他人或得到他人的东西。他们把自己当作天子，视我们如牛马，加以欺凌，令我等憎恨不已。为此，当为一计，以谋生计而会盟矣！”六月十九日，努尔哈赤听说奥巴来到了所约之地开原，亲率众贝勒、台吉出城。二十四日，当努尔哈赤等到达开原时，仅奥巴的使者党阿赖一人到达。党阿赖表示奥巴刚娶了察哈尔某台吉之女，害怕努尔哈赤责怪，所以不敢来。八月，奥巴又一次听到林丹汗即将东征的消息，致书求救于努尔哈赤。八月初九日，努尔哈赤收到求救信，于翌日派阿尔津等四人为使者，配备八名汉人炮手遣往科尔沁，并致书要求奥巴据城死守。此后，林丹汗派绰尔济喇嘛来同奥巴交涉，但可能是因为奥巴难以接受林丹汗的条件，双方谈判破裂。到了十月底，从奥巴在内喀尔喀乌济叶特部的舅家又传来了林丹汗征讨嫩科尔沁的急信，然后又向努尔哈赤求救。十一月，林丹汗果然出兵，包围奥巴所居的格勒珠尔根城。努尔哈赤率众贝勒、大臣出兵援嫩科尔沁。至开原镇北堡，努尔哈赤返回，令贝勒莽古尔泰、贝勒皇太极以及阿巴泰、济尔哈朗、阿济格、硕讬、萨哈廉等诸台吉率兵五千继续挺进。后金援军到达农安塔时，察哈尔兵担心腹背受敌，连夜不战而退。

天命十一年（1626年）五月，奥巴亲自来沈阳见努尔哈赤，努尔哈赤派三贝勒莽古尔泰四贝勒皇太极率众台吉等出城远迎奥巴，在开原中固城遇见奥巴，行接见礼，大宴毕，至汎河郊外。奥巴也宰牛羊以宴诸贝勒。次日，诸贝勒又设宴答礼。二十一日，奥巴将至沈阳城，努尔哈赤先是谒堂子，然后出城十里迎接了奥巴。奥巴率部属列于帐前，率两名台吉叩首，又到努尔哈赤膝下再拜，行抱见礼。努尔哈赤离座答话，以示尊重。奥巴等向努尔哈赤献貂皮、貂裘、驼马，然后进行大宴，努尔哈赤给奥巴等赠送了雕鞍马匹、金顶帽、锦衣、金带等，遂偕奥巴等入城，每日设宴款待，将奥巴视为自己八个嫡子之外的第九子，奥巴也趁机提出“汗曾许我以女，若果允之，吾可娶也。”于是努尔哈赤将自己的侄孙女（舒尔哈齐的孙女）肫哲公主嫁给奥巴。六月六日，努尔哈赤与奥巴率各自贵族与嫩科尔沁贵族在沈阳浑河畔杀白马乌牛，焚香告天，举行了隆重的结盟仪式，再次确认了双方针对察哈尔及内喀尔喀的攻守同盟。奥巴在誓词中称努尔哈赤为“应长生天之命获得因天地播种所成的无比汗王身世的公正英明汗”，努尔哈赤则于翌日以奥巴在察哈尔大兵压境时不顾兄弟、属下纷纷逃走而独自守城为由，授予奥巴“土谢图汗（可靠之汗）之号，又初十日，奥巴留下肫哲公主而北返，努尔哈赤率诸贝勒大臣送往，路经一宿，设大宴，至蒲河南岗才停止，又令大贝勒代善、二贝勒阿敏继续送至铁岭。

奥巴离开后金两个月后，努尔哈赤就去世了，皇太极被推举为新汗。奥巴不遣子侄亲人或大臣吊唁，过两个月后仅遣一个低级和尚（班第）来吊唁。皇太极催他来接走肫哲公主，奥巴借口自己需要看家为由不愿前来，在十月二十三日才派代苏喀、喀木、金台三使者来迎肫哲公主。当肫哲公主到达嫩科尔沁后，奥巴仅以八匹有鼻疽之马作回礼，又把取自察哈尔亲族的夫人作大福晋，称其为“大人之女”，而将肫哲公主作为侧室福晋，把大福晋之居室置于前，将侧室福晋之居室置于后。而在天聪元年（1627年）前后，内喀尔喀五部在后金与林丹汗的先后攻击下解体，林丹汗也率部西迁，其中不少巴林、扎鲁特部民投靠嫩科尔沁，皇太极此后屡派人来索要，但奥巴未予理睬，而且，奥巴还两次遣使明朝通商。这些迹象都反映出努尔哈赤死去及林丹汗西迁等事态导致奥巴不再对后金保持低姿态，双方关系日益紧张。

天聪二年（1628年）春，皇太极欲出兵攻打阻碍喀喇沁部与后金结盟的察哈尔多罗特部，皇太极致信奥巴，要求他带领嫩科尔沁贵族出兵助征，攻打察哈尔汗之城，以分散察哈尔兵力，但奥巴没有出兵。同年九月，皇太极亲征察哈尔，通报嫩科尔沁，奥巴并未到达约定地点，而是从其他道路出兵，又没等后金军而径自先回。事后解释称是后金派往嫩科尔沁的使臣希福未按期赴约，自己没有听到后金军队的音信，又因后金未求奥巴出兵相助，加上自己也有伤，所以撤军疗伤，但自己先前也派兵掠夺了察哈尔的边界。据嫩科尔沁的杜尔伯特首领阿都齐达尔汉台吉所言，奥巴根本没有通知阿都齐达尔汉台吉出兵的具体时间和地点。奥巴出发五天后，阿都齐达尔汉台吉才从行人口中得知，仓促启程，七天后因未找到奥巴，不得已返回。皇太极还称奥巴不仅没有参加远征，而且暗中与察哈尔通好，欺骗皇太极。皇太极因未得嫩科尔沁之助，出兵一个月，未遇察哈尔部交战就班师了。在此过程中，皇太极对奥巴的行为感到愤怒，在与诸贝勒会议后决定与奥巴断交。肫哲公主的伯父阿敏暗中派人将此消息透露给奥巴，奥巴大惊，急忙致书遣使，皇太极拒绝接见。十二月初一日，皇太极写信历数奥巴十二条罪状，其中不仅有自古勒山之战以来围绕政治、外交的重大矛盾，还包括一些属下的纠纷琐事（如送亲到科尔沁的后金使团成员克里被杀、奥巴夺取克西克图的人的妻子以及在奥巴赎回在后金犯罪的嫩科尔沁贵族子弟额古后拖欠赎金牲畜五百头），然后派索尼和阿朱户送往奥巴处，皇太极嘱咐他们见到奥巴以后不要加以礼拜，不要吃他们的东西，要声色俱厉，送信后当天就返回。两人于十天后到达嫩科尔沁，按皇太极吩咐行事，奥巴读信后大惊，极力挽留索尼等，请求谢罪，索尼便留了下来。翌日，奥巴表示自己要亲自谢罪，但借口足疾而派弟前往，被索尼斥责，经过三次往复，才透露自己是害怕见不到皇太极。索尼承诺皇太极会见他，奥巴大喜，遂留索尼等十日，然后出发前往沈阳。

天聪三年（1629年）正月初四日，奥巴来到沈阳。皇太极率其他三大贝勒及诸小贝勒到城郊十里外迎接。皇太极上殿，奥巴朝见，遥拜一次，近前复跪行抱见礼，皇太极答以半礼，与之抱见，又与三大贝勒一跪而抱见。初六日，皇太极令库尔缠、希福等二巴克什及国舅阿什达尔汉重申此前带给奥巴的问罪文书，奥巴一一服罪，答应马上缴纳额古德赎金，克西克图事与杀克里事也等皇太极遣使议结，私与明朝交市之罪，愿以十驼百马为谢，征察哈尔违约之罪，愿以十驼百马以谢。初十日，奥巴因获罪之故，献马一匹、驼甲一副，又给三大贝勒马各一匹以谢。皇太极宣布原谅他，赐御用貂裘、靴、帽、金带及朝鲜国王所进贡之皮币、财物。次日，奥巴北返，皇太极赐甲胄、缎布、猞狸狲裘、雕鞍、金银、器皿等物，率诸贝勒大臣饯行。同年冬，奥巴就率部众随皇太极入塞犯明，并于十二月二十日先行遣还。

天聪四年（1630年）八月，察哈尔林丹汗征讨兴安岭以北的阿鲁科尔沁，与之相邻的嫩科尔沁向后金紧急求援。但后金并未派兵去攻打察哈尔，而要求嫩科尔沁迁徙到西拉木伦河流域的原内喀尔喀五部的牧地。奥巴等嫩科尔沁首领听命南迁，也就是清代哲里木盟所在之地。

天聪五年（1631年）四月，皇太极又一次动员蒙古诸部远征察哈尔，奥巴赶来会合后，与皇太极商量了两天，以“我蒙古马匹皆不堪用，且所发兵甚少，此行不如中止，宜定为盟书，上与诸国各执其一，俟秣马肥壮，然后大举，方克有济，今（林丹汗）无所迫胁，不必汲汲为此举也”来劝皇太极收兵，皇太极赞成，班师回朝。七月初五日，皇太极致信奥巴，要求嫩科尔沁每旗出兵五十人，协助征明大凌河，同时约定来年春征察哈尔。等十一月皇太极从大凌河凯旋后，又致信奥巴，要求他禁止嫩科尔沁诸台吉向自己问安，因为这样会让马掉膘，不利于来年对察哈尔的征伐。

天聪六年（1632年）四月十二日，皇太极在昭乌达（今内蒙古阿鲁科尔沁旗南境）地方集结征讨察哈尔的大军。奥巴如期至昭乌达，率来军士甚多。五月，他们抵达宣大边外时，林丹汗早已逃走，只掠夺了一些察哈尔部民，同时与明朝宣大边臣修好，在张家口进行交易。六月二十九日，皇太极将张家口所得财币分成五份，单独拎出一份赐土谢图额驸奥巴，其余四份加上阿济格所俘及沙河堡所得财币分给其他诸将。在此次出证过程中，大多数蒙古贵族都采取消极应付的态度，事后受到皇太极的责罚，唯独奥巴的表现最为积极，“不惜所蓄马匹，散给部众，其率来军士甚多”。据分析，很大程度上是由于他获悉林丹汗准备攻打他在北边的亲族茂明安等部、为了解救亲族而积极行动。

奥巴在随皇太极远征察哈尔不久后即病重，于天聪六年九月五日（1632年10月18日）去世，据说他临终前拿着皇太极赐给他的金鞓带流泪道：“昔从征察哈尔时，我于上前欲冲阵先入，令人称羡。今不幸至此，其如上养育之恩未报何？”皇太极听说他死讯，为之哭泣，并派宗室篇古和额驸扬古利等前去以太牢之礼祭奠。

关于天命十年（1625年）奥巴在格勒珠尔根城抵抗察哈尔的战事，传统说法是奥巴固守待援，后金出兵救援，林丹汗不战而退。但也有观点认为战争起因是奥巴收留了叛逃而来的林丹汗的堂叔扎尔布，引发林丹汗兴师问罪，后金也只是虚张声势，无意力保奥巴，因此努尔哈赤中途撤离，莽古尔泰等前进也只是为了探听消息。在此情况下，奥巴交出扎尔布等人，才让林丹汗退兵，而非林丹汗慑于后金兵威才连夜退兵。也有观点认为，格勒珠尔根城是嫩科尔沁领地内的一座废弃的辽金古城，根本无法应战，林丹汗来此也不是为了交战，而是与奥巴谈判“合政”事宜，努尔哈赤赶来打乱了林丹汗的意图，不愿“合政”的奥巴也交出扎尔布来换取退兵，林丹汗撤离前抢了一些嫩科尔沁的人畜而已。