2015年4月，巴希尔在大选中获胜，连任苏丹总统。

2018年8月10日，巴希尔作为苏丹执政党候选人，参加2020年总统竞选。

2019年4月11日，苏丹发生军事政变，总统巴希尔被逮捕。苏丹武装部队发布声明，宣布解除总统奥马尔·巴希尔的一切职务；4月17日，巴希尔已经被转往监狱。

2019年12月14日，苏丹司法机关上以其涉嫌贪腐为由判处巴希尔两年监禁，但考虑到其75岁高龄，因此巴希尔将在一所老年囚犯中心服刑。

2020年，苏丹联合主权委员会在与反对派的谈判中，同意将包括巴希尔在内的部分前政府高官交由国际刑事法院审判。

2023年4月26日，苏丹军方证实，在军方同准军事组织快速支援部队爆发冲突前，4年前遭推翻的前总统奥马尔·巴希尔已被转移到首都喀土穆一家军方运营的医院。

1989年6月，苏丹伊斯兰政权建立，宣布解散一切政党和工会组织，并对实际上是执政党的伊阵以外的所有政党实行镇压。

1991年1月，巴希尔政府宣布，在苏丹全国范围内（除南方三省外）实行伊斯兰法，以《古兰经》和圣训作为制定政治、经济、文化，以及社会生活方针政策的依据，并对苏丹法律和司法进行改革。

巴希尔政权在宣布实行伊斯兰法的同时，宣布废除宪法，以伊斯兰法作为国家的法律，并采取种种措施，在经济、文化、社会生活等领域全面推行伊斯兰化。如：加强宣传伊斯兰教道德价值观，严禁进口、传播、发行和经营违背伊斯兰教义及有淫秽内容的书刊、音像制品；在广播电视节目中增加宗教节目的比重，恢复中断多年的《古兰经》台每天2小时的播音；北部各州禁止举办男女混合参加的舞会；政府部门的女职员、大专院校和女子学校的女教师、女学生必须着伊斯兰服装，否则不允许进入工作或学习地点，等等。

至此，苏丹成为继伊朗之后又一个建立了伊斯兰政权的国家。苏丹新政权的现代伊斯兰主义性质，得到了第一个现代伊斯兰主义国家伊朗的充分肯定，而且认为苏丹新政权是“伊斯兰制度的典范”。

1998年6月，巴希尔政府颁布新宪法，明确规定言论、结社自由和政治协商等原则，承认宗教平等、信仰自由，确立了独立、开放和不干涉别国内政的外交政策。同年底，巴希尔政府制定并通过《政治结社组织法》，约30个党派注册成为合法政党。

2002年4月，全国大会党协商会议就修宪问题作出决定，取消总统任期两届的规定，可连选连任。2005年7月，巴希尔总统签署了成立苏丹民族团结政府的过渡期宪法。过渡期为6年，过渡期内苏丹保持统一，实行“一国两制”，建立南北两套立法系统。南方成立自治政府，北方保持建立在伊斯兰法基础上的政府机构，过渡期后南方可行使民族自决权。2011年南苏丹独立建国后，苏丹沿用过渡期宪法，并研究制定新宪法。

巴希尔政府一开始就极其重视恢复和发展经济，制订三年拯救经济计划、十年全面战略规划，实行经济改革，大抓工农业生产，优先发展农业，号召自力更生，提倡“吃我所种，穿我所织”，努力想把经济搞上去。

但是，经济发展计划由于资金严重短缺，无法顺利执行，困难重重。工业生产也由于资金不足而呈萎缩之势。

苏丹政府自1992年起实行经济改革，取消外汇管制和放开物价后，通货膨胀率一直很高，1994年约95%，1996年11月为166%。据苏丹国家统计中心的报告讲，在苏丹，一个中等水平收入者的月工资，还不够个人的交通费和早餐费。

巴希尔政府的外交基本原则是：在相互尊重。对等、合作、不干涉内政和睦邻友好的基础上与世界各国及国际组织发展双边及多边关系，遵守联合国宪章，以和平方式解决国际争端。坚持伊斯兰方向，积极发展与阿拉伯、非洲和亚洲国家的政治、经济、文化关系，通过对话争取实现与美国等西方国家关系的正常化，同时坚决反对一切霸权主义行径。主张国际新秩序的建立不应是几个大国或少数国家集团的责任，而应在国际大家庭广泛参与的基础上产生。应该维护世界的安全和稳定，根除不平等的政治与经济关系等威胁和平的因素。呼吁联合国召开由发展中国家和发达国家一起参加的专门会议，要求发达国家采取有效措施，实现经济问题包括债务问题的公正解决。呼吁重新审议联合国作为多边论坛组织的职能及安理会的作用，赞成取消安理会常任理事国否决权。

但是，巴希尔政府在外交方面似乎是高于其他方面的外交基本原则，因此招致许多麻烦和困难。首先在国际上受到美国等西方国家的孤立，原因是它们认为苏丹政府是由伊阵领导的伊斯兰政府，美国甚至把它列入支持国际恐怖主义活动的国家而对其实行经贸制裁。

其次，苏丹与邻国的关系或者时好时坏，或者双方发生龃龉，或者断绝外交关系，或者到了双方诉诸武力的边缘。

巴希尔上台后，一直奉行全国和解政策，并寻求与北方反对派和解与对话、与南方反政府武装和谈，同时采取较为灵活的政策，对南部、西部、东部等反政府武装组织既分而治之，又根据不同情况施以怀柔和强硬相结合的政策。

2005年1月9日，苏政府与加朗领导的南方反政府武装“苏丹人民解放运动”在内罗毕签署《全面和平协议》。至此，长达21年之久的大规模内战结束。在此基础上，苏丹政府6月18日在开罗与北部主要反对派组织全国民主联盟签署了《民族和解与全面和平开罗协议》，正式宣告巴希尔政府与全国民主联盟长达近16年的政治斗争结束。

2006年5月5日，经过7轮谈判后，苏丹政府代表团与“苏丹解放军”主要派别米纳维派在尼日利亚首都阿布贾签署了《达尔富尔和平协议》。达尔富尔和平进程取得重大进展。根据这项和平协议，反政府武装将被解散，支持政府的民兵亦将被解除武装。

2006年10月14日，苏丹政府和苏丹东部反政府武装组织“东部阵线”在厄立特里亚首都阿斯马拉签署《阿斯马拉和平协议》，从而宣告双方结束长达12年的武装冲突。

巴希尔膝下无子女，他50岁的时候娶了自己的第二个妻子——易卜拉欣·沙姆斯·阿丁，一个苏丹北部的战斗英雄，她的前任丈夫在内战中战死。

当地时间2019年12月14日，苏丹前总统巴希尔因贪污罪被判2年监禁。

他是一个对细节有惊人洞察力的人，远比人们想象的要机智，而且对自己的文化程度有着清醒的认识。（苏丹分析人士亚历克斯·德瓦尔评）

在外人看来，爱穿军装，一激动就挥舞拐杖的巴希尔是“铁腕强人”，然而私下面对媒体，巴希尔却显得“十分羞涩”，他很少接受一对一的专访。（新民晚报评）

2003年，苏丹西部达尔富尔地区爆发冲突，交战双方分别为游牧的巴加拉族和巴加拉族之外的定居民族。苏丹政府否认支援牧民武装部队，也否认对富尔人等少数民族的杀害。但国际刑事法院指控巴希尔犯有战争罪和危害人类罪，并首次对一个国家的现任元首发出逮捕令。一直以来，巴希尔拒绝联合国向达尔富尔地区部署维和部队，招致西方批评。

2020年2月11日，苏丹前总统奥马尔·巴希尔将被移交国际刑事法院审判，巴希尔是第一位受到国际刑事法院起诉的国家元首。2003年至2009年，苏丹达尔富尔地区冲突不断，巴希尔被指迫害当地非阿拉伯族群，造成数百万人流离失所，并犯下10项灭绝种族罪、危害人类罪和战争罪。2009年3月，国际刑事法院对巴希尔签发逮捕令。