咸丰四年，擢台湾府知府，督捕馀孽，次第荡平。进道员，备兵台、澎，加按察使衔，兼督学政，以助饷加二品衔。在台五年，威信大著，外裔内番悉畏服。同治元年，彰化乱民戴万生等纠众结会谋乱。昭慈侦知，督兵驰抵彰化，部署未定，变起仓卒，城陷，巷战，力竭不支，殉节文庙先圣前。

昭慈为政，兴利剔弊，不遗馀力。莆田俗好斗，推诚谕禁，劝以惩忿保身，治正凶不少贷，民惮法罢斗。邑多孔氏寄籍，为创立义学。沙县土利艺茶，少耕植，游民竞逐末，暇则事攘夺。为拔茶禁之，而农桑始兴，至今利赖。所至停采买，革津贴，捐粟平粜，多损己益民。尤爱才，重林文察材略，白其复父仇可宥而荐之，杀贼立功，官至提督。治盗严明，诛止其魁，盗之良者，或重其贤而避之。殁后，匪为敛殡归丧，愧叹曰：“吾辈负孔使君矣！”卒，年六十八，恤世职，谥刚介，於立功地方建祠。