孔毓珣又说：“广西有很多的盗匪，瑶、僮等少数民族杂居，保甲不能在民间广泛设立。诸乡大多有团练，下令各地挑选诚实干练的人出来充当乡勇，能抓住盗匪的人加以赏赐，胆敢有懈怠的加以惩处。”又说：“广西距离内地边远，盐商大多滞运，民众大多为吃不到盐而忧患。播藩库中的六万两白银，官府负责运盐与销售。如果有盈余，本银归还藩库，并可以酌量削减盐价。”柳州僮匪首领莫贵凤纵兵劫掠马平、柳城、永福诸县，孔毓珣派兵前去逮捕，捣毁了他们的寨子，将其首领绳之以法。来宾的僮匪首领覃扶成等纵兵出掠，没有伤人，孔毓珣令将其带枷惩处，日期一到，充当抚标兵，将他的同伙全部遣散。雍正帝看到他的奏疏后，嘉奖孔毓珣宽严两得。

雍正二年（1724年），加授两广总督。雍正帝对他说：“广东武备废弛，盗匪劫掠之事时有发生，考核全省的官吏，一百个里都没有一个真心为国家出力的，你去了广东之后当尽心料理。”孔毓珣到了广东后上疏请求釐定盐政，煮盐工的购盐价格、养船户的水路运输费用增加十分之一，并免埠商羡馀；设置潮州运同、盐运司等官员。

大金、蕉木两山盛产矿砂，向东隶属于开建、连山，向西隶属于贺县、怀集。按照旧制，怀集的驻防事务隶属于浔州协办，孔毓珣上疏请求将其改属为梧州协办，贺县、开建、连山全都增兵设置守备。广东香山澳停驻的西洋商船，孔毓珣请求限制到二十五艘以内。这些建议全都下令实行。潮州地区田少米贵，当地民众大多依赖常平仓的粮食来接济。孔毓珣请提镇各营贮谷借兵，散饷时买还，概免加息，上特允之。雍正三年（1725年），孔毓珣加兵部尚书衔。

雍正四年（1726年），孔毓珣请求进京入觐，雍正帝以孔毓珣熟悉治河事务，令他详细勘察黄河、大运河以及其他河流的水势，协同河道总督齐苏勒商议办理治水事务。孔毓珣上疏说：“江苏宿迁县以西，黄河与中河距离相近，之前还存在汰黄坝。运河水大的时候，引运河内的清水冲淡黄河之水，黄河水大的时候，引黄河之水增加运河的水量。按照前朝的旧例，黄河进入中河的水量不过十之一二，如今黄河南岸泥沙上涨，逼着黄河之水向北流去，水流非常急。齐苏勒建议堵住小汰黄坝口以减小水势。臣详细勘察黄河南岸涨沙的弯曲之处，应当疏浚引导黄河泄流以规避此风险。”

之后，孔毓珣又向雍正帝上陈江南的水利情势：“吴淞、刘河、七浦、白茆诸闸，应当令管闸官役根据涨潮的情势决定开启和关闭。江苏地形四面高中间低，应该召集民众筑坝立圩。临近黄河诸地农民将河坝占为农田，没有损害治水的，当顺从农民的行为，其余的应该严禁。黄河两岸的小港，最好令在农民闲暇的时节深深地疏浚，也就是将疏浚的泥土用来培高堤坝。”雍正帝将孔毓珣的两个意见都交给相关部门商议施行。孔毓珣又上疏说：“路经宿州灵壁的时候，见当地河流水道不通，一遇到大雨就会集聚为涝灾，请下诏安徽巡抚进行疏浚。”雍正帝嘉奖孔毓珣据实上报地方情况。

雍正五年（1727年），孔毓珣又调回了广东，巡抚杨文乾上书弹劾代理巡抚阿克敦、布政使官达。雍正帝命通政使留保等人前去调查。最终证实孔毓珣有失察之罪，应该交有关衙门议罪，雍正帝命对他宽大处理。不久，孔毓珣很快又调任江南河道总督。雍正帝认为天然坝泄露河水，害怕会侵害到民田，命孔毓珣根据地势修筑大堤挡住河水使之流向大湖。孔毓珣上疏说：“天然南、北二坝分泄黄河水势，年年都开放，堤口残缺。当遵循皇上的指示修筑堤坝以抵挡洪水，请在黄河南岸王家庵至赵家庄一带修筑堤坝。旧堤的末尾距离湖尚有二十多里，请在南岸马家圩至应家集、北岸周家圩至李艮桥，各筑新堤一道，并将南北旧堤增加高度和长度，旁边两堤束缚河水，黄河不至于从旁侧溢出。”

雍正帝又认为高家堰为蓄黄的关键，为了使黄河不再决堤，于是下发皇帑内库一百余万两，名孔毓珣等人商议修筑堤坝事宜。孔毓珣接到任命立即上疏雍正帝：“高家堰的石堤，自武家墩至黄庄，地势高而且工程坚固，唯独侯二门等四处堤坝，及小黄庄至山盱古沟东坝，当一律加高。”又上疏说：“各堤的加高和加长，应当视地势的缓急、旧堤的厚薄，分年修增，预计三年会竣工。此后，仍按年以顺序加固增高。”孔毓珣又请求修筑宿迁钞关前、桃源沈家庄河堤，瓜洲由闸上游濬越河一道，并建草坝束水。各个上疏都到了之后，雍正帝认为都可以实行。

孔毓珣多年劳心河道事宜，积劳成疾。雍正帝赐给他药，命其子刑部郎中孔传熹偕御医去住处查看病情。不久，孔毓珣去世，雍正帝御赐谥号温僖。

孔毓珣早年长期任职广西。康熙五十六年（1717年），孔毓珣为广西按察使。广西地区土地贫瘠、民风剽悍，当地少数民族不尊王化，常常产生兵祸。孔毓珣将此事上报广西巡抚陈元龙，派遣兵马平定当地诸酋的祸乱，诸苗也都服从当地管辖。雍正帝上台后，孔毓珣任总督，对广西的基层制度也有改制。他认为保甲不能在民间广泛设立，于是在各地挑选团练，起到了维护当地治安的作用。

孔毓珣又综合核查全广东的山海形势，达到对其了如指掌的地步，对广东的兵防形势进行有条理的谋划：将香协都司转移到潭洲，在从化设置专营守备，在增城驻扎镇标游击，又在海口将琼山县丞调任，修改碣石卫为同知，将连州升为省直接管辖的州县。各条举措都井井有条。

粤东的春夏时节，兵马征收粮饷十分繁重，仓中谷不断积蓄，然后又进入新的粮食，导致很多陈粮积、积压，没有敢擅自调出粮食的。孔毓珣请求现将仓内的粮食发给兵士，秋天收获之后再还给仓里。尤其以肇庆、惠州为督臣、提臣驻扎的地区，潮州、南澳、碣石各镇协营，统计兵士一共两万四千四百六十人，不是沉积旧谷的有二万八千七百余石，在种植上不能用的谷物，就新建谷仓。孔毓珣上疏说：“臣署有无碍银协此数，希望能用皇上赏赐的银两，赡养皇上的军队。”雍正帝下诏嘉奖。最终得到七千金，孔毓珣用来增制各营的兜鍪、组练、干卤、殳铤、弓矢、飞炮等军备。广东军容整肃，军营景象为之一新。

同时，孔毓珣还留心海防的情况，上疏请求沿海各省训练舟师、添置火器、增加炮台数量。并亲自赴厦门、虎门诸海口巡察海防情况。

雍正四年（1726年），孔毓珣勘察黄河、大运河以及其他河流的水势，协同河道总督齐苏勒商议办理治水事务。向雍正帝进上“运河水大，引清水刷黄，黄河水大，引黄水济运”的建议。之后，孔毓珣又向雍正帝上陈江南的水利情势，根据江苏地形四高中低的特点，召集民众筑坝立圩，严禁河岸农民占坝为田。重视水利设施和拦河大坝的建设。雍正五年（1727年），孔毓珣又向雍正帝建议在黄河南岸王家庵至赵家庄一带修筑堤坝，在南岸马家圩至应家集、北岸周家圩至李艮桥，各筑新堤，并重视旁支河坝的建设，全面挡住黄河水的溢出。

孔毓珣墓位于孔林中部偏北，距孔林北墙约200米，系合葬墓。封土东西13.00米，南北15.00米，高2.80米，为中型坟冢。墓前石碑正书“诰授光禄大夫兵部尚书兼都察院右副都御史总督江南河道提督军务加八级谥温僖孔公封一品夫人孔母徐氏之墓”。光禄大夫、文渊阁大学士兼礼部尚书、年家眷世弟陈元龙题。清雍正九年（1731年）十月，男候选同知传彭、刑部江南清吏司郎中传熹，直隶正定府知府传焯等立石。墓前有石供案、石鼎、石瓶各一，石仪1组，石门坊1座。在神道南端两旁建双御碑楼，石刻清世宗表彰孔毓珣圣旨，碑额雕滚龙。碑亭已倒塌，石碑于1986年修复。

《清史稿·卷二百九十二·列传七十九》