独著

《魏晋玄学和文学》，中国社会科学出版社，1987；

《魏晋玄谈》，辽宁教育出版社，1991；

《荀子评传》，南京大学出版社1997；

《孔繁哲学文集》，国际文化出版公司2000。

合著

《中国哲学史》，人民出版社，1964；

《中国哲学发展史》，人民出版社，1988；

《儒学通论》；等。

“要恢复中国哲学史的科学研究”(刊于《文史哲》1980年第一期)；

“中国哲学史研究与唯物史观”(刊于《学习与研究》1982年第二期)；

“论封建主义的哲学基础”(刊于《学术月刊》1980年第八期)；

儒学的历史地位和未来价值”(本文是为中国《人民日报》和韩国《东亚日报》于1994年8月于山东曲阜召开的“孔子思想与21世纪国际学术研讨会”所作。会后于1994年9月19日《人民日报》学术版摘要发表。并于1994年10月由韩国《东亚日报》译成韩文编入《孔子思想与21世纪》论文集出版)；

“孔子的平等思想与儒家的传统”(刊载于1989年4月齐鲁书社出版《儒学国际学术讨论会论文集》，中国孔子基金会，新加坡东亚哲学研究所编辑)；

“孔、孟的德政、仁政思想及其对后儒的影响”(刊于《孔子诞辰2540周年纪念与学术讨论会论文集》，上海三联书店1992年出版)；

“孔、孟之间的儒家传承”(刊载于人民出版社之《中国哲学发展史》先秦卷，任继愈主编，孔繁等撰写，1983年10月出版，1998年5月再版)；

“孟子对孔子思想的继承与发展”(刊载于人民出版社出版之《中国哲学发展史》先秦卷，任继愈主编，孔繁等撰写，于1983年10月初版，1998年5月再版)；

“孙武评传”(刊载于1984年齐鲁书社出版之《中国古代哲学家评传》第一卷)；

“韩非的法制和哲学思想”(刊载于人民出版社出版之《中国哲学发展史》先秦卷，任继愈主编，孔繁等撰写，于1983年10月出版，1998年5月再版)；

“《人物志》初探”(刊载于《人文杂志》1982年第二期)；

“东晋南朝文人之调和佛、儒思想”(刊载于《中原文物》，《魏晋南北朝佛教史及佛教艺术讨论会论文选集》，1985年出版)；

“魏晋玄学言、意之辨与文学创作”(刊于《孔子研究》1986年第10期)；

“玄学对音乐、美术思想的影响”(刊于《文史哲》1987年第五期)；

“从《世说新语》看清谈”(刊于《文史哲》1981年第六期)；

“刘勰与佛学”(刊于《中国社会科学》1983年第四期)；

“《文心雕龙》的唯物主义认识论”(刊于《东岳丛书》1981年第五期)；

“李白和道教”(刊载于《世界宗教研究》1991年第四期)；

“慧能“顿悟”说之评价”(刊载于《世界宗教研究》1996年第一期)；

“苏轼和道家(道教)”(刊载于《世界宗教研究》1993年第一期)；

“苏辙和道家”(刊载于《道家文化研究》第四辑，陈鼓应主编1994年3月上海古籍出版社出版)；

“理本体之建构”(刊载于《国际儒学研究》第七辑，1999年出版)；

“辛亥革命准备时期章炳麟的哲学思想”(本文写于1963年，刊登于《中国哲学史》第四册，任继愈主编，高校文科教材，人民出版社1979年3月出版)；

“孙中山的知难行易学说和它在中国哲学史上的地位”(刊于《北京大学学报》(人文科学)1963年第12期)；

“章太炎对中国古代学术思想变迁之评价”(刊于《中国哲学史研究》1989年第二期)；

“胡适对清代“朴学”方法的总结和评价”(刊于《文史哲》1989年第三期)；

“读《中国思想通史》第五卷—侯外庐同志逝世周年祭”(刊于《纪念侯外庐文集》，陕西人民教育出版社1991年出版)；

“本体论玄学之发现—《魏晋玄学论稿》”(刊于汤用彤先生百年诞辰纪念文集《国故新知》，北京大学出版社1993年出版)；

“读冯友兰先生《中国哲学史新编—自序》”(刊于《孔子研究》1992年第三期)；

“为“抽象继承法”正名”(本文为1997年于河南召开的“冯友兰与中国传统文化国际学术研讨会”而作)；

“论儒教伦理与现代经济伦理”(为中国《人民日报》社和韩国《东亚日报》社于汉城召开的“九六国际学术会议”而作。会后收录于人民日报出版社出版之《东方思想与社会发展》论文集)；

“王夫之的哲学思想”(本文写作于1973年，刊载于人民出版社1979年3月出版之《中国哲学史》第四册，任继愈主编，高等学校文科教材)；

“王阳明的主观唯心主义哲学思想”(刊于《教学与研究》1962年第五期)；

“龚自珍的社会批判思想和反侵略思想”(收录于《孔繁哲学文集》，国际文化出版公司，2000年出版)；

“龚自珍的社会改革思想”(本文收录于《张岱年先生九十寿辰纪念文集》)；

“龚自珍的今文经学思想”(刊于《国际儒学研究》第四辑)；

“龚自珍的佛学思想”(刊于《世界宗教研究》1999年第三期)；

“魏源的社会改革思想和哲学思想”(刊于《中国哲学》第二辑1980年3月出版)；

“魏源的今文经学思想及其对汉代今、古文经学之辨析”(刊于《河北学刊》1998年第六期)；

“中国近代早期变法思想简论”(刊于《中国近现代哲学史研究文集》，《吉林大学社会科学丛刊》1982年第三集)；

“读康有为的《春秋董氏学》”(刊于《董仲舒与儒学论丛》，1996年河北人民出版社出版)；

“谭嗣同与佛学”(刊于《中日佛教学术会议论文集》，中国社会科学出版社1997年出版)；

“论《仁学》”(刊于《儒家思想与未来社会》，上海人民出版社1991年出版)；

“初期儒家人论及儒家人论与近代史上之演变”(刊于《国际儒学研究》第六辑，1999年出版)；

2019年10月16日17时26分，孔繁因病逝世于北京，享年90岁。10月20日，孔繁遗体告别仪式在北京八宝山举行。

中央政治局委员、中央书记处书记，中央组织部部长陈希送花圈悼念。中国社会科学院院长谢伏瞻、副院长王景清，世界宗教研究所所长郑筱筠、书记赵文洪，著名宗教学家和印度学家黄心川等送来花圈或亲临追悼会场表示悼念。中央组织部，中国社会科学院学部主席团，中国社会科学院科研局、人事教育局、离退休干部局、世界宗教研究所，中国哲学史学会等均送花圈或派代表亲临追悼会场表示悼念。著名学者吴云贵、杨曾文、卓新平等，以及孔繁先生的子女和亲属，生前故友、同事和学生等专程赶来送别。