命门为人体生命之本，首见于《难经》，提出了其功用为“诸精神之所舍，元气之所系，男子以藏精，女子以系胞”。该理论至明代有了进一步发展，其中孙一奎作出了重要贡献。

首先，孙一奎认为《难经》之说值得重视，故其对命门的认识，基本与《难经》相一致。他认为：“夫二五之精，妙合而凝，男女未判，而先生两肾，如豆子果实，出土时两办分开，而中间所生之根蒂，内含一点真元，以为生生不息之机，命曰动气，又曰原气，禀于有生之初，从无而有，此原气者，即太极之本体也。名动气者，盖动则生，亦阳之动也，此太极之用所以行也。两肾，静物也，静则化，亦阴之静也，此太极之体所以立也。动静无间；阳变阴合，而生水、火、木、金、土也，其斯命门之谓欤。”这一段论述的中心意思是命门内含原气，与《难经》认为命门为“原气之所系”相一致。不过孙氏对其进行更深入的探讨，其论点为：一、原气来源于先天，由父母之精相合而化生，在胎儿孕育期间即已经存在，所谓“男女未判，而先生两肾”即是此意；二、此原气是人体生命活动的根本动力，所谓“生生不息之机”，孙氏在文中举豆子果实为例，将原气比为豆办中之根蒂，有此根蒂才可以生根发芽、开花结果，有此原气则五脏六腑相继而成，有了人体生长发育之机；三、原气即人体的太极之本体，所谓太极，是从《周易》而来，《系辞》曾说：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”而后周敦颐著有太极图说，认为宇宙自然界，先无极而后太极，太极而后阴阳，太极的哲学概念是指原始混沌之气，指阴阳未分之前的混元一气，是阴阳之根。孙氏以太极来比喻原气，是说明原气乃是人体阴阳之本，是生命之本原。故孙氏总结命门之功用时说： “命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行由此而生，脏腑相继以成。”

孙一奎不同意命门内寄相火。他认为《难经》中仅提出命门藏精系胞、舍精神、系原气的作用，而并未提及命门相火。后世医家有人提出了命门内寄相火、命门属相火的认识，认为心与命门，千主君火，一主相火。孙氏认为此说不妥。盖命门在两肾之间，有如《周易》之坎卦，坎卦的卦象为三，是一阳居于二阴之中，——代表阴爻，——代表阳爻，两肾属坎中之阴，命门属坎中之阳，因此，命门渭之阳则可，谓之火则不当。孙氏说：“如彼谓一阳居于二阴之间，无乃指一阳为火耶?然则，离以一阴居二阳之间，又作何说也。坎中之阳，即两肾中间动气，谓之阳则可，谓之火则不可。”这里，孙氏以离卦来印证坎卦，因为离卦居于南方，火属离卦，而其卦象为三，系一阴陷于二阳之中，既然火的卦象有阴爻又有阳爻，而命门居两肾之间，有如坎卦内的阳爻，故只能称作阳，不能称作火。

关于命门属阳属火、是内寄相火还是为人身动气的问题，是中医学基本理论的一个争论点。对此应有一个正确的认识。盖言命门属阳者，是从命门与两肾之间的关系而言，因为命门与两肾，肾主水属阴，命门内寄相火属阳，可以认为命门属阳者有其理论根据与意义。言命门属火者，是从两个方面来考虑的，其一、以火与水代表阳与阴，因为两肾主水为阴，命门为阳则属火，这个火的含义与阴阳中的阳是相一致的；其二、命门的功用为人体生命活动的动力来源，称之为相火，强调其与君火共同为人体牛命活动的主要根源，与《内经》所称的“少火”是一个含义，从这一角度出发，这种认识亦是为了说明命门的作用与肾命之间的关系，亦有道理。至于命门相火与动气之说，表面看来是从火与气的不同角度来阐发，其实二者之间并无本质上的区别。气是人体生命活动的基本物质与动力来源，而相火的含义亦是人身之动气，朱震亨曾说：“火内阴而外阳，主乎动者也，凡动皆属于火”，亦强凋了其是人体的动力来源，亦含有物质性与功能性两个方面的内涵。故尔，相火的内涵与气是一致的，只不过气是对精血而言，而火是对水而言，从不同的角度提出的不同名词，所以二者均有其根据与道理，并无本质上的区别，应当结合起来认识则更臻于全面。

孙氏论命门，不仅对其功用加以阐发，对命门的位置亦提出自己的观点，他认为命门居于两肾之间，但并不是一个具有形质的脏器，所以既无动脉之形诊，又无经络之所指。其次，他认为命门的位置，虽在于两肾之间，即命门穴所在之处，但仅仅是肾间动气之所在，是一种生生不息、造化之枢机而已。对有的医家以《内经》“七节之傍，中有小心”句下，杨上善注称“脊有三七二十一节，肾在下七节之傍，肾神曰志”，后人称此“志心”当为命门，孙氏有不同的看法。他认为《内经》的“七节之下”应当从脊上往下数，故此“志心”当是心包络而不是命门，并认为《内经》有“桴鼓不浮，上控志心”之说，王冰有“心气不足”的解释以为佐证。孙一奎的这一观点，虽与一些医家看法不一，但后世对此并未十分重视，这是因为在中医学里，重视命门的作用，而对其位置因与临床应用关系较小，故忽略而不予重视的缘故。

孙氏治病，首重明证。认为“凡证不拘大小轻重，俱有寒、热、虚、实、表、里、气、血”八个字，且病变多有始同而终异的情况，故治法不可执一而无权变。基于这种指导思想，他指出时医对内伤发热、虚损、血证等滥用苦寒，畏投甘温的偏弊。他十分重视三焦元气的保护和治疗，既反对滥用寒凉，又指出了过用辛热、疏导及渗利之剂的危害，认为不但纯阴苦寒之剂可致脾胃虚弱，元气损耗，而且“若用辛香散气，燥热伤气，真气耗散”，或疏导太过，也可耗损元气。若淡渗过剂，也多致肾气夺伤。由于三焦为原气之别使，又为“相火之用”，故凡命门原气不足，或相火衰弱，可出现三焦元气不足之证，其病变有气上不纳，水谷不化，清浊不分等情况。在三焦病变中，孙氏对下元虚寒尤为重视。其论气虚中满、肾泄等症，认为都属于下焦元气虚寒。又如癃闭、遗溺、小便失禁诸证，亦或与之有关。同时，对于下消及肾不纳气的治疗，孙氏又注意精气同治。

明末年间，在孙一奎行医的一带有户贫苦农民，其妻产后失养，患上“子宫下垂”病症。她坐不成，睡不适，痛苦异常。邻居们非常同情她。一天，大家为她请来一个所谓的女科医生。这医生简单地看了看，开口说：“你这病治起来并不难，不过，要吃一百帖‘补中益气汤’，每帖需人参三钱，服满二斤，病才会痊愈。”农民—听，面露难色，说：“我家日无隔宿之粮，夜无御寒之被，哪有钱吃人参啊!只好听天由命了。”病妇也淌下辛酸的眼泪。

名医孙一奎凑巧从这里路过，他十分同情这位妇女，径直到了病人家——那时请一位医生的出诊费高得吓人。孙一奎仔细地检查病人后，转身批评那位女科医生：“你怎么可以强人所难呢。病人明明穷得连锅都揭不开，哪有钱吃二斤人参?医生应该首先替病人着想。再说，这位妇女的病并不是气虚引起，你为何开出百帖人参处方，难道你认为处方昂贵就能显示出医生的本事么!”他越说越气愤，那人灰溜溜地走了。孙一奎对农民说：“我有一个单方，用不了多少钱，三、五天后就能见效，不妨试试。”

病家久仰孙一奎的大名，见他主动上门治病，分文不取，乃破涕为笑，忙请孙一奎开处方。孙一奎让农民从地里割来二斤韭菜。煎取浓汁倒入盆中，再搞来一块二斤重的生石灰，投入盆中，待石灰溶解时发出的“咝咝”声刚过，便滤去灰渣，让病妇乘热坐到盆上，先熏后洗，并用韭菜揉搽患部。坚持三日，农妇的病便慢慢好起来。随后又留下半个月的阿胶让她每天坚持早晚服用一次。果然一个月后患者痊愈。

乡里人得知农妇恢复得这么快，都非常佩服孙一奎的高明医术和高尚的医德，并把治愈那位病妇的处方叫做“赛百帖人参汤”。

孙一奎是明代著名医家，其兼取众家，对理论研究十分重视，尤其对命门、三焦的论述颇颇有见地，强调命门为肾间动气，有名而无形。命门动气为生生不息的生命之根；三焦亦有名而无形，为原气之别使，主持相火。故其临床注重命门、三焦元气的保护与治疗，对于气虚中满、癃闭、遗尿等病的论治，十分重视三焦的温补，对后世有一定影响，因此，后世学者将其归属于温补派医家。

孙氏学说，以命门为两肾间动气，三焦为原气之别使。动气为生生不息之根，相火有裨助生生不息之功，其论说不仅阐发了祖国医学的有关理论，且能自出机杼，并与临床辨证施治相结合。因此，其学术理论和实践经验对祖国医学作出了一定贡献。不论对于临证治疗，还是对于养生保健，孙氏学说都有不可忽视的研究价值。