1985年，孙九林组织建成中国第一个国土资源数据库。

1991年1月，孙九林晋升为中国科学院综合考察委员会研究员、博士生导师。

1992年3月，孙九林担任中国科学院－全国农业区划委农研中心副主任（至1997年8月）。

1997年，任中国科学院自然资源综合考察委员会研究员。

1999年9月，经中国科学院批准，中国科学院自然资源综合考察委员会和中国科学院地理研究所整合而成中国科学院地理科学与资源研究所，孙九林也随所调整，继续担任研究员博士生导师。

2001年，孙九林当选为中国工程院院士。

2002年5月，孙九林受聘担任河南大学教授、环境与规划学院名誉院长、人文地理学专业博士生导师。

2014年12月，孙九林担任中国科学院大学大数据及分析技术中心首席科学家。

2023年5月10日，孙九林同志逝世。

长期从亊信息科学在地理资源生态及农业领域的应用研究。20世纪80年代主持国土资源信息系统研究。首次提出国土资源信息科学管理体系、统计型国土资源信息系统建设的理论和技术、区域开发模型体系、国土资源信息分类和编码体系；率先建成多层次适合国土规划和宏观管理的信息系统并推广到全国使用。1985年，建成中国第一个国土资源数据库。试点经验和技术被当时的国家计委向全国推广，推动了国土行业的数据库建设，孙九林成为国土资源数据库的知名专家和学科带头人。

20世纪90年代率先建成突破多项关键技术的多品种大面积遥感估产实用系统，为全国遥感估产系统的建立做出了开拓性贡献；主持国家自然资源综合开发决策信息系统和中国生态系统研究网络分布式信息系统设计与建设。本世纪进入国家科学数据开放共享和四化融合研究。为我国科学数据开放共享做出了突出贡献，主持完成国家科学数据共享工程规划、率先建立国家地球系统科学数据共享服务平台、提出构建虚拟科研信息化环境的原理和方法并建了原型。开创了新时期国际综合科学考察的新模式等。

20世纪90年代后期，孙九林带领团队进军农业信息化领域。建立全国农业资源信息系统，并出版了“信息化农业总论”专著。

21世纪初，孙九林参与国家科学数据共享工程的规划，并负责组织国家地球系统科学数据共享网的建设。他建立了国家地球系统科学数据共享服务平台，并为构建虚拟科研信息化环境提出了原理和方法，并成功建立了原型。

截至2017年4月，孙九林出版专著11部，论文80余篇。

承担项目

截至2017年4月，孙九林主持完成多项国家级攻关项目并解决了一系列关键技术，在取得的15项重大成果中，有11项获省部级以上18种奖励。

孙九林认为：在人才引进培养方面，更要加大数据信息人才引进培养，让数据发挥更大的作用，可以对现代服务进行梳理，包括精准化预测模式，以大数据为平台，通过大数据采集和分析，提高监测预警服务，解决线上线下的技术服务。

孙九林主编的《信息化农业总论》《地球系统研究与科学数据》成为农业信息化、地球信息科学领域经典、权威著作及教材，培养了大批专业优秀人才。

孙九林在20世纪80年代任河南大学环境与规划学院（原地理系）兼职教授，为学校培养了多位中青年学者。

1.孙九林是中国资源环境信息科学与技术、农业信息科学、旅游信息科学的开拓者和奠基人，为中国科学数据开放共享做出了突出贡献。（中国工程院评）

2.孙九林提出了中国资源信息管理体系结构、资源信息分类编码、区域开发模型体系、统计型空间信息系统模式等，为信息科学在资源环境中的应用做出了开拓性贡献。（山西师范大学地理科学学院评）

3.孙九林是著名的“国土资源及农业信息”工程研究与应用的学科带头人，他长期站在开拓者的位置从事信息科学与资源及农业科学交叉领域的研究和实践，取得多项开拓性的理论与应用成果，为创立“国土资源及农业信息”工程科学和国家建设做出了突出的贡献。（中国科学院地理科学与资源研究所评）