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壬子年正月初六（公元1912年2月23日）生于奉天府复州（今辽宁省瓦房店市）西海村。1918年2月（7岁）就读本村小学，1924年12月小学毕业。翌年春，考入复州城内复县初级中学。1927年11月间，孙作云对学校处分学生不满，参与学生罢课，遂被除名。经过自修和补习之后，1928年（16岁）考入沈阳东北大学附属高级中学。他冬夏不辍，如饥似渴地阅读大量的文学作品和理论方面的著作，受到新思想的熏陶，对左翼新文学发生了浓厚的兴趣，粗浅地认识到文学在社会生活中所占的地位。孙作云曾担任附中校刊的编辑。
1931年7月（19岁），孙作云以优异成绩毕业于东北大学附中，学校特准免试升入东北大学。但是，孙作云孑然一身来到左翼作家的诞生地上海，考入复旦大学中国文学系。不久，爆发了震撼中外的“九一八”事变，白山黑水沦陷在日本帝国主义铁蹄之下。孙作云热血沸腾，参加罢课示威，抬棺游行，走出课堂，到街头宣传，四方募捐，赴南京向国民政府请愿。1932年1月28日，日寇武装进攻上海，激起爱国将领蔡廷锴、蒋光鼐抗日的壮举。复旦大学学生组织义勇军，孙作云毅然投笔从戎，加入十九路军，在翁照垣将军率领的138旅担任组织民众、为前线杀敌的将士运送弹药给养的任务。战局的急剧变化，“学生军”解散了。孙作云乘船回到老家，1932年4月与徐桂芳女士订婚。是年金秋，考入北京清华大学中国文学系。
孙作云跟随闻一多楚辞》。师生三人相对而坐，上课如同座谈。半年之后，读完《天问》，它为孙作云治学奠定了一块基石。在连续听了闻先生两年的《楚辞》课，又读到闻先生的《高唐神女传说之分析》后，有所触发，认为《九歌》的《山鬼》也是高唐神女，山就是巫山，鬼就是神女。《九歌·山鬼篇》就是楚国宫廷祭祀先妣或高媒的乐章。闻先生听了这个意见之后非常高兴，在1936年4月3日致游国恩
1936年（24岁）毕业，获文学学士学位，同年秋天考入清华大学研究院文科研究所，导师是闻一多先生。这一时期，孙作云主要致力于《九歌》研究。发表的论文有《〈九歌〉司命神考》《〈九歌〉湘神考》（此文为大学毕业论文）、《〈九歌〉非民歌说》，译有青木正儿《〈楚辞·九歌〉之舞曲的结构》。孙作云的学术研究是从《九歌》发轫的，古代的祭祀，与其阶级地位相适应，《九歌》中的天神、地祇不是普通百姓所能祭祀的。于是，提出《九歌》是楚国国家祀典的乐章，这种学说成为《九歌》研究中影响很大的流派。孙先生沿着闻氏的治学途径，把《九歌》的研究向前推进了一步。
卢沟桥事变爆发，战争的阴云笼罩着清华校园，炮声、飞机声隆隆震耳。7月19日,孙作云送闻先生回湖北浠水老家后，闻讯祖母病故，于9月29日奔丧故里，终止学业。1938年7月重回北京四库全书总目提要的工作，历时三年有余。编成《经类·诗经类目录》《史部·金石类目录》各一本，助编《子部·艺术类目录》一本，补写《史部·地理类·方志之属》东北县数篇及《子部·艺术类·食谱之属及游戏之属》提要10余篇。
1941年秋，孙作云受聘于北京大学文学院，任讲师、副教授，讲授“中国古代神话研究”、“民俗学”、《楚辞》、“中国古代史”诸课。此时，除撰写《〈九歌·东君〉考》（1941年）外，全部精力集中于史前史的研究。主要著述有：《蚩尤考——中国古代蛇氏族研究》（1941年）、《夸父盘瓠犬戎考》（1942年）、《飞廉考——中国古代鸟族之研究》（1943年）、《鸟官考——由图腾崇拜到求子礼俗》（1943年）、《饕餮考——中国铜器花纹之图腾遗痕之研究》（1944年）、《后弈传说丛考——夏初蛇、鸟、猪、鳖四族之斗争》（1944年）、《中国古代鸟氏族诸酋长考》（1945年）、《说鸱尾——中国建筑装饰上图腾遗痕之研究》（1945年）、《释姬——周先祖以熊为图腾考》（1945年）。
此间，孙作云还在北京师范大学兼课，在中国留日同学会出版的杂志任编辑。有一次孙作云请齐白石画一幅螃蟹，暗喻日本帝国主义在我国横行霸道，用做目录插图，因此招致祸端，与上司吵架，愤然离职。为度日糊口，曾在中学兼教国文，略补生活的艰窘。
八年抗日战争胜利，孙作云喜悦异常。1946年至1949年，应聘东北临时大学补习班，任东北大学、长白师范学院中国文学系副教授，讲授“中国古代神话研究”“楚辞”“诗经”“中国新文学研究”等课程。同时还担任沈阳博物院研究员，主编《历史与考古》《国立沈阳博物院汇刊》，编辑出版《辽海引年集》（即《纪念金毓黻先生60寿辰的论文集》）。1948年随博物院迁到北平，兼任中国大学教授。
1946年7月15日，昆明发生闻一多先生被刺的惨案，孙作云在《忆一多师》一文中说，“他认为我是一个可以继承他的衣钵的人”。1938年12月1日闻一多曾从昆明写信给孙作云说：“在学生中没有比你更了解我的，做学问如此，其他一切莫不皆然。”闻一多惨案的发生，是孙作云人生道路的一个大的转折点。
1946～1948年间，孙作云继续从事神话传说、民俗和《楚辞》的研究工作，著有：《说丹朱——中国古代鹤氏族研究、说高跷戏出于图腾跳舞》（1946年）、《说羽人——羽人图、羽人神话、飞仙思想之图腾主义的考察》（1947年），在《东北民报》（沈阳）上连载《年前年后——从民俗学上考察年节》（1947年）、《三月三起源》（1947年）、《〈离骚〉正文的推测——离骚主义与文貌之复原》（1948年）等。
1948年年底，隆隆炮声预报古城的春晓。孙作云兴致勃勃地向学生讲《说秧歌》（未刊稿）。
在鼓楼沙井胡同五号住宅，每天都有许多学生来访。这时孙作云拒绝国民党的“胁迫南迁”，迎来了1949年1月31日北京解放。
不久，孙作云把长子送进革命队伍。5月间，怀着“由新生活来改造旧思想，更以新观点来批判旧学问或创造新学问”的心情投身革命，入华北大学政治研究所学习。1950年3月调进北京历史博物馆（今中国历史博物馆前身）工作，任设计员，承担中国通史展览的设计工作，提出在原始社会的陈列中，应将我国的古代神话传说与图腾信仰列为辅助材料的设想。本年加入中国史学会，与张政烺、李光壁等先生发起与创办《历史教学》杂志，任编委。《历史教学》于1951年正式出版发行，这是我国建国后最早的史学刊物之一。
1952年应聘调至新乡市的平原师范学院（今河南师范大学）任教授，讲授中国古代史、中国文学史两门课程。全国院系调整后，孙作云执教于河南大学历史系，主讲中国古代史、中国文学史、历史文选、《诗经》选读等课程。孙作云还担任古代史教研室副主任、《史学月刊》编委、校学术委员会委员、中国人民政治协商会议河南省第四届委员会委员等职务。
解放后，孙作云经过政治理论学习，掌握了用马克思主义的立场、观点、方法去研究学习，认识上进入了一个新的境界，促进了学术研究水平的提高，发表许多论文，如《从上官大夫夺稿说到屈原因〈离骚〉而得祸》（1952年）、《屈原在楚怀王时被放逐的年代》（1953年）、《在历史教学中怎样处理屈原问题》（1954年）、《论〈国殇〉与〈九歌〉的写作年代》（1956年）、《〈大招〉的作者及其写作年代》（1957年）、《读〈史记·屈原列传〉》（1959年）、《屈原的放逐问题》（1961年）、《〈楚辞·九歌〉之结构及其祀神时神、巫之配置方式》（1961年）、《〈离骚〉的主要错简》（1962年）、《从〈离骚〉的写作年代说到〈惜颂〉、〈抽思〉及宋玉〈九辩〉的相互关系》（1962年）、《汉代司命神像的发现》（1963年）、《〈九歌〉与民歌的关系》（1963年）、《从〈天问〉看夏初建国史》（1978年）、《屈原及其作品编年》（1979年）、《论〈楚辞·天问〉对于我国上古史研究的贡献》（1979年）、《说〈九歌·东皇太一〉为迎神曲〈礼魂〉为送神曲》（1980年）、《屈原和河南》（1982年）、《秦诅楚文释要》（1982年）、《〈楚辞·天问〉与楚国庙壁画》（1983年）等20余篇。
四十多年来，楚文化始终是孙作云研究的主要课题，用力最勤，占全部论文约三分之一，是获得成就最大的一个领域，在国内外学术界产生一定的影响。为了自励，孙作云的书斋取名”楚风堂”，表示自己以《楚辞》和《诗经》为毕身从事研究的志向。
1966年“文化大革命反动学术权威史树青父系氏族社会产翁制的遗俗，揭发众说纷纭的千秋疑案。孙作云撰《屈原传》（未刊稿）之后，决意沿着屈子所走过的道，访古寻幽，考察山川风物，体验屈子的章句，然终未能如意。
《诗经》的研究，是孙作云获取重大成果的一个领域。从五十年代开始，史学界讨论中国古代史的分期问题，孙作云以《诗经》为基础，旁证其他材料，从分析反映土地制度（公田与私田）和剥削形式的诗入手，说明西周如何从封建领主进入地主制的过程，考证周人在原始社会以熊为图腾，从后稷起进入父系氏族公社，到公刘时代已进入阶级社会，文王之世已进入封建社会。先生又用民俗学的方法去分析《诗经》，发现23首恋歌的奥秘，它们都与上巳节（三月三）祭祀高媒、祓禊的民间风俗有关。先生又从《大雅·桑柔篇》的研究中证明了厉王奔彘
1978年3月23日孙作云在“十年研究规划”中说：“两年，整理出夏史研究，写出中国人民从氏族到国家的历史、中国国家出现史，为我国的阶级社会史作出贡献。”谁知正在科学的春天到来之际，孙作云积劳成疾，于1978年5月23日溘然辞世，终年66岁。孙作云一生中为我们留下两本专著、八十余篇论文以及大量的手稿。
《〈九歌·山鬼〉考》（1936年《清华学报》第11卷第4期）
《论现代派诗》（《清华周刊》1935年5月）
《经类·诗经类目录》、《史部·金石类目录》（1938年7月起，参与主编）
《子部·艺术类目录》（1938年7月起，助编）
《史部·地理类·方志之属》东北县数篇、《子部·艺术类·食谱之属及游戏之属》提要10余篇（1938年7月起，补写）
《蚩尤考——中国古代蛇氏族研究》（1941年）
《夸父盘瓠犬戎考》（1942年）
《飞廉考——中国古代鸟族之研究》（1943年）
《鸟官考——由图腾崇拜到求子礼俗》（1943年）
《饕餮考——中国铜器花纹之图腾遗痕之研究》（1944年）
《后弈传说丛考——夏初蛇、鸟、猪、鳖四族之斗争》（1944年）
《中国古代鸟氏族诸酋长考》（1945年）
《说鸱尾——中国建筑装饰上图腾遗痕之研究》（1945年）
《释姬——周先祖以熊为图腾考》（1945年），1957年重写时改名《周先祖以熊为图腾考》
《泰山之礼俗研究》（1942年北京大学铅印讲义本）
主编《历史与考古》、《国立沈阳博物院汇刊》，编辑出版《辽海引年集》（即《纪念金毓黻先生60寿辰的论文集》）
《说丹朱——中国古代鹤氏族研究、说高跷戏出于图腾跳舞》（1946年）
《说羽人——羽人图、羽人神话、飞仙思想之图腾主义的考察》（1947年）
《年前年后——从民俗学上考察年节》（1947年）在《东北民报》〈沈阳〉上连载
《三月三起源》（1947年）
《〈离骚〉正文的推测——离骚主义与文貌之复原》（1948年）
《从上官大夫夺稿说到屈原因〈离骚〉而得祸》（1952年）
《屈原在楚怀王时被放逐的年代》（1953年）
《在历史教学中怎样处理屈原问题》（1954年）
《论〈国殇〉与〈九歌〉的写作年代》（1956年）
《〈诗经〉的史料价值》（1956年）
《从读史方面谈谈〈诗经〉的时代性地域性》（1957年）
《〈大招〉的作者及其写作年代》（1957年）
《读〈史记·屈原列传〉》（1959年）
《屈原的放逐问题》（1961年）
《楚辞〈九歌〉之结构及其祀神时神、巫之配置方式》（1961年）
《〈离骚〉的主要错简》（1962年）
《从〈离骚〉的写作年代说到〈惜颂〉、〈抽思〉及宋玉〈九辩〉的相互关系》（1962年）
《汉代司命神像的发现》（1963年）
《〈九歌〉与民歌的关系》（1963年）
《〈诗经〉与周代社会研究》中华书局 1966
《长沙马王堆一号墓出土画幡考释》（1973年）
《长沙出土的汉墓帛画试释》（1973年）
《马王堆一号墓漆棺画考释》（1973年）
《〈天问〉研究》（1974年）
《洛阳西汉壁画墓中的傩仪图》（1977年）
《洛阳卜千秋墓壁画考释》（1977年）
《河南密县打虎亭东汉画像石墓雕像考释》（1978年）
《从〈天问〉看夏初建国史》（1978年）
《屈原及其作品编年》（1979年）
《论〈楚辞·天问〉对于我国上古史研究的贡献》（1979年）
《说〈九歌·东皇太一〉为迎神曲〈礼魂〉为送神曲》（1980年）
《中国古代器物纹饰中所见的动植物》（1980年）
《屈原和河南》（1982年）
《秦诅楚文释要》（1982年）
《〈楚辞·天问〉与楚国庙壁画》（1983年）
《说豳在西周时代为北方军事重镇〈兼论军监〉》（1983年）
《洛阳西汉壁画考释》（1987年）