任职间勤谨、敏悟、刚正、廉洁，先后整兴办学校，率众开凿润源渠引水灌田，使许多村庄受益，百姓立碑颂扬他的功绩。调任南川县时，适逢大灾欠收，上级救济还未下来，他把自己的俸粮做成粥以救饥民。不久，番人来犯，孙巨鲸整顿兵马备战。他制定了明确的号令和防御作战计划，捉住了头目。开州是军事重地，孙巨鲸镇守在那里，治理得非常安定，番人再也不敢骚扰百姓。大司以赵廷瑞称赞他为政简约、朴实。后升为户部员外郎，管理太仓事务，大司徒梁材慎非常欣赏和器重他。后辽发生兵变，孙巨鲸被推荐为郎中，奉旨总管粮食的贮藏和分类。他到任后即召集人员公布账目和任务，当众交与财会人员，然后招聘粮商镇守。下属巨珰、王永以重贿请求承揽此事，被他严辞拒绝，使二人十分尴尬。辽阳防务戍守，多亏了足够的粮食。回户部后，他办事更为认真。凡上司分文未下达一时急需的粮食，他都先行支取，公文下发后再补办手续，部下和同僚都十分尊重他的务实作风。正当他施展才华担当重任时，却突然去世，人们感到非常遗憾。