1937年，他初中毕业。不久，芦沟桥事变爆发。当时国难当头，摆在孙干卿面前的有两条路：一是随校流亡，颠沛流漓。二是给日本人当顺民，做亡国奴。这两条路他都不愿意走。何去何从？在傍徨之际，李人凤告诉他：“流亡不是长法，顺民更不能当，只有拿起枪来斗争，才不做亡国奴。”10月，李人凤、陈梅川等组织“志愿军训团”，开展抗日救亡活动。孙干卿参加了这个组织并成为活动积极分子。至岁末，日军占领了济南、张店等地，军训团提前毕业，转入开展游击战争。这支游击队在辛店以西的矮槐树村伏击了由张店东进的一股日军，打死日军小队长吉田以下数10人，缴获了一批武器弹药。这一仗使军训团名声大振。接着又进行了破铁路，炸火车，袭击敌车站等一系列战斗，队伍迅速发展。

1938年7月，这支部队被编入山东人民抗日救国军第五军十团。孙干卿任一营二连副连长。9月，经杜吉甫、吴明仁介绍，他加入了中国共产党。1939年3月，他任三连连长，参加了在广饶南部赵家庄伏击日军的战斗，击毁敌汽车二辆，毙伤日军百余名。5月，十团主力到外线活动，留三连坚持临淄地区的斗争。7月，他利用青纱帐作掩护，伏击伪军一个中队，缴获自行车30余辆。10月，十团整编为八路军山东纵队第三支队基干二营，他改任六连连长。开赴小清河北，开辟广(饶)、博(兴)蒲(台)根据地。1940年9月，三支队改为第三旅，孙干卿调任九团一营营长。不久，他率一营在纪家町全歼了由桑科出动的日军，拔除了这个据点。1941年2月，一营与七团的二、三营合编成立清河军区独立团，遂去胶东，配合胶东的部队开展反投降战役。他带一营参加了牙山战斗。8月，返回清河区。1942年2月，孙干卿调任清河军区清中分区独立团副团长。1944年1月，渤海军区成立后，清中独立团撤销，他改任博兴县独立营营长。7月，他带部队渡过小清河，连续攻下兴和许等七个伪军据点，解放了三个区。后又参加了讨张(景月)战役。

1945年8月，日本政府宣布投降后，渤海军区部队组建第七师。孙干卿任二十团副团长，参加了山东军民大反攻，和兄弟团一起相继解放了博兴、无棣等县城。9月，七师奉命向东北进军。10月下旬到达山海关。为接应新四军三师进入东北，七师进行了山海关保卫战，坚持了半个月之久，胜利完成任务，受中央军委嘉奖。到达东北后，七师被编为东北民主联军二十旅，二十团改称五十九团，他升任该团团长。从1946年3月起，五十九团参加了解放长春和保卫四平的战斗。后五十九团改为第六纵队十七师五十团，他仍任团长。先后参加了三下江南战役和夏、秋、冬季攻势。1948年9月，辽沈战役发起，五十团参加了攻克锦州和辽西歼灭国民党第九兵团的会战。不久，部队奉命入关，参加平津战役。五十团参加了解放天津的战斗。

1949年1月，部队整编，东北野战军六纵队改为第四十三军，十七师改为一二八师，五十团改为三八三团。孙干卿继续担任团长。平津战役胜利结束后，四十三军奉命南下，4月上旬到达湖北河口镇。一二八师在黄冈、浠水地区渡过长江。6月，他调任一二八师参谋长。9月中旬，该师沿湘赣边越大庾岭进军广东。10月，参加解放广州的战役。11月，在粤桂边战役中，该师生俘了国民党兵团司令张滏，在钦州地区歼灭了大量敌人。

1950年1月，四十三军奉命解放海南岛。部队经过三个多月的艰苦海练，克服了种种困难。一二八师组织三八三团一营于3月16日偷渡成功。4月16日，大部队登陆。5月1日解放了全岛。同年8月，他代理一二八师师长。翌年9月，任师长。1952年4月，他调任四十三军参谋长。1955年9月，他被授予大校军衔。曾获中华人民共和国二级独立自由勋章和二级解放勋章。1956年调任广州军区炮兵司令员。1958年参加了“炮击金门”战斗。1963年7月，他调任海南军区司令员。翌年8月，晋升为少将军衔。1969年11月，调任广州军区参谋长。1974年参与组织指挥解放西沙群岛的战斗。1977年12月，他调任昆明军区参谋长。1979年参加对越自卫反击作战。1982年9月，改任昆明军区司令部正兵团职顾问。1984年7月，他参加了老山战斗，后离职休养。

2019年1月5日上午，孙干卿因病医治无效，在南京逝世，享年100岁。