1994年12月至1998年12月，任国家海洋局海洋出版社社长。

1998年12月至2005年11月，任国家海洋局副局长、党组成员，

2002年9月至2002年11月，在中央党校省部级干部进修班学习。

2005年11月，任国土资源部党组成员，国家海洋局局长、党组书记。

2011年2月12日， 孙志辉由于年龄原因卸任国家海洋局局长职务。

“中国大洋事业发展任重道远，维护国际海域权益的基础能力明显不足。”全国政协委员、国家海洋局局长孙志辉11日表示。

孙志辉说，目前，中国已具备全面走向大洋的工作基础和能力，但面对围绕国际海域战略空间、资源分享和科学技术愈演愈烈的竞争态势，仍然存在不足。

当前国际海域竞争形势严峻，突出表现在：第一，个别国家过度扩展外大陆架，人类共同继承财产面临被压缩；第二，国际海底矿产资源勘探新规章即将出台，以富钴结壳和多金属硫化物资源为主的新一轮矿区申请登记在即；第三，大型公海生物保护区、海上识别区制度等的建立，加大了公海自由的限制；第四，国际法律制度的制定受到高度关注，依法争夺国际海域话语权呈加强之势；第五，深海科技决定走向深海大洋的深度和广度，深海科技研究活跃，深海技术成为大国投巨资争占的制高点。

“中国在国际海域具有广泛的战略需求，迫切需要加强国际海域资源调查和研究工作。”孙志辉分析说，中国是依赖海洋通道的外向型经济大国，保障海洋安全利益的需求日益紧迫，大洋环境信息成为重要战略信息资源；中国已进入以重工业快速发展为特征的工业化中期阶段，战略资源进口依存度不断增大；大洋科学和深海地球科学研究在揭示全球气候变化影响和人类生命活动现象等重大问题上正孕育着新的理论突破；充分利用和享受公海自由权益，迫切要求扩大和深化大洋调查，提高中国对深海大洋的科学认知水平；国际海域活动以其空间的广阔性和时间的长期性向人类展示了一个全新的高新技术发展与应用领域，深海高技术装备正在支撑培育与发展海洋战略性新兴产业，并日益成为海洋强国的标志。

孙志辉建议，应当立足于全球战略、发展战略、强国战略，全面提升中国参与国际海域事务的综合能力，不断拓展战略利益和战略空间，推进大洋工作不断向纵深发展。

“具体而言，要立足国际海底区域资源勘探，通过持续开展深海勘查，谋划全球大洋战略，构建进军三大洋的战略布局，实现增加国家战略资源储备、拓展战略活动空间、推动深海科技达到国际领先水平和确立国际海域事务强国地位的战略目标。”他说。

孙志辉认为，海洋是维护经济发展的“蓝色大动脉”，上升到国家层面，是一个国家海洋发展的“蓝色战略”，发展“海洋经济”的呼声迫使我们再一次直面这熟悉而陌生的“蓝色疆土”。

孙志辉表示，党中央、国务院对海洋经济工作的高度重视，有力地扶持了新型海洋产业的形成，促进了海洋经济的发展。那么，发展海洋经济究竟有什么重要意义呢？他概括了三个方面：

发展海洋经济，是解决人类共同面临的人口剧增、资源匮乏、环境恶化矛盾的重要途径。

孙志辉认为，当今世界，海洋经济作为世界经济的新领域已是不争的事实。

发展海洋经济，是增强我国综合国力与国际竞争力的重要体现。

据了解，自上世纪90年代以来，随着《联合国海洋法公约》的生效和《21 世纪议程》的实施，沿海各国管辖的海域范围大大扩展，海洋在全球的战略地位日趋突出。在联合国的倡导下，世界沿海国家都纷纷加大了对海洋的投入，采取各种有力措施，维护本国的海洋权益。

孙志辉认为，我国与世界经济的联系和影响日益加深，海洋的战略地位和重要作用更加突出；国民经济和社会的发展对开发利用海洋，积极发展海洋经济，提出了更高要求；综合国力的提高使国家对海洋事业支持能力进一步加大；国民经济的战略性结构调整将加速海洋经济的发展；科学技术在海洋领域实现突破将带动海洋高新技术产业的形成和发展；加快海洋事业发展的条件日趋成熟。

孙志辉表示，我们要以现代海洋观来重新认识海洋对社会进步、经济发展的重大意义。海洋是国土、是资源、是通道、是战略要地，海洋是新的经济领域、新的生产和生活空间，开发海洋必然推动社会进步，海洋经济发展必然带动社会经济发生革命性变化，并对增强国家综合国力与国际竞争力具有重大意义。

发展海洋经济，是实现东部率先发展与区域协调发展目标的重要助力。

“十一五”期间，国家确立了推进西部大开发，振兴东部老工业基地，促进中部地区崛起，鼓励东部地区率先发展的区域协调发展布局。孙志辉认为，东部地区率先发展，最重要的是要依靠海洋区位优势。

孙志辉表示，随着国家对海洋经济重视程度的日益提升，海洋经济对于东部沿海地区长期保持在我国经济发展中的龙头地位、实现东部率先发展战略，必将起到不可替代的促进作用。

中国是世界上人口、资源和环境形势最为严峻的国家之一，为了解决土地资源不足的问题,围海造地成为中国发展的又一个增长点，极大缓解城镇用地紧张和招商引资发展用地不足的矛盾。

目前，围填海每年新增的建设用地约占全国每年新增建设用地总面积的3－4%，占沿海省（区、市）每年新增建设用地面积的13－15%。

“但是，由于围填海新建设用地游离于全国宏观调控体系之外，尚未纳入国民经济和社会发展计划，在客观上助长了沿海地方政府的围填海冲动，不仅造成了海域资源的浪费，而且不利于国家宏观调控政策的实施，”国家海洋局局长孙志辉说。

他认为只有对围填海实施计划管理，才能真正把住土地宏观调控这一重要“闸门”。

根据海域使用管理统计数据，自2002年《海域使用管理法》实施以来至2009年底，国务院和地方各级政府共批准实施的填海面积为741平方公里，主要用于建设临海工业、滨海旅游区、新城镇和大型港口基础设施等。

孙局长说新围填的土地目前都已成为当前改革开放的前沿地带，为社会经济的发展发挥了重要的作用。

每平方米围海造地的成本为220元到520元之间，而陆上建筑用地的成本则高至上千元每平方米不等，所以越来越多的开发商和政府把目光投向了成本更为低廉的围海造地。

孙局长认为填海造地对缓解人地矛盾、推动社会经济发展发挥重要作用的同时，由于其作为一种严重改变和干扰海域自然属性的人类开发利用海洋资源的行为，缺乏合理规划、过度实施的围填海活动所带来的负面影响也不容忽视。