明正德六年（1511年）进士，改翰林院庶吉士，授编修。宦官数次乱政，孙承恩归卧于家七年。

明世宗即位，孙承恩拂拭其衣冠，告诉周围的人说：“吾可以出矣。”还朝，被选出使安南。以纂修《明伦大典》，迁左春坊左中允，充经筵讲官，兼讲《大学衍义》，连续主考南北畿乡试，迁南京翰林院侍读学士。皇太子出生，召为詹事府少詹事兼侍读学士。礼部右侍郎空缺，铨司举荐陆深和孙承恩，特用孙承恩任礼部右侍郎，仍兼少詹事、侍读学士，充经筵日讲官，数遣视牲南郊，陪祀社稷，代祭先师于太学。转任左侍郎，改任吏部左侍郎，掌詹事府事，同修玉牒，充会典副总裁，主考会试。迁礼部尚书，仍掌府事，改掌部事，兼掌府事。引疾以归，但明世宗认为孙承恩可信任而留任。一年以后，召掌府，加太子少保。疏请皇子讲读，不报，遂以疾再疏，乞致仕，诏赐驰驿并允许孙克弘侍行。居家十年而卒，赐祭四坛，遣中书舍人梁孜治葬事，赠太子太保，谥文简。