1988年3月至1991年任政协全国委员会副主席。是第一、二、三届全国人民代表大会代表；政协第三、四、五、六届全国委员会常务委员；民建第一、二届中央常委、秘书长，第三届中央副主任委员，第四届中央副主席，第五届中央咨议委员会主任。主编有《近代中国工商经济丛书》。

九一八事变后，日本帝国主义侵占东北，国民党对日实行不抵抗政策，对内疯狂反共反人民。在中国共产党的领导下，学生掀起声势浩大的反帝爱国运动，反对投降，要求抗日。学生爱国运动主要集中在南京，他们砸国民党中央党部，围攻外交部。1932年春，国民党政府变本加厉地实行白色恐怖，残酷镇压学生运动。南京的共产党组织也遭到了破坏，所有中共党员或被捕或出走。南京成了白色恐怖的中心。

1933年初，日本侵略者大举侵入华北，蒋介石拒绝共产党的“停止内战，一致抗日”的提议，围剿革命根据地。这一年，孙晓村从上海到南京，他和王昆仑、曹孟君、胡济邦、王枫、勾适生组成南京读书会。以读书会的名义为掩护，从事抗日宣传活动。读书会定期开展活动，结合时事学习马克思主义。他们学习了《辩证唯物主义和历史唯物主义》和《政治经济学基础教程》等书籍。分析研究时事，了解时局动态，这项工作主要由王昆仑和孙晓村主持。王昆仑着重在分析敌情、揭露国民党反动统治的阴谋和内部矛盾；孙晓村则定期去上海了解情况，带回对于国内外形势的分析，然后在读书会上传达。读书会也开展一些公开活动，如由吴茂荪出面，在新民报上办了《时代认识》副刊，宣传进步思想，共出七八期，后被国民党政府勒令停刊。

1935年8月底，南京读书会在无锡太湖边的万方楼召开秘密会议。上海、无锡、南京读书会的部分骨干会员参加了会议，这是三地进步力量的一次联合行动，对沟通情况，加强合作，共同对敌斗争起到了推动作用。这也是南京读书会正式同中共接触的开始。会议开了三天，与会人员约30人。会上曹亮传达了中共中央《八一宣言》的精神，宣言号召全国各党各派，各军各界，团结起来，停止内战，一致抗日，并提出了建立抗日民族统一战线的具体意见。钱俊瑞作了分析世界革命形势和关于建立抗日民族统一战线的报告，指出当前形势的关键是中日之间的民族矛盾超过了国内的阶级矛盾，民族生死存亡是当前最主要的问题，今后工作方向是贯彻共产党的建立抗日统一战线的方针，加强合作，共同抗日。王昆仑陈述了国民党左派宋庆龄、何香凝、冯玉祥、于右任、经享颐等坚持孙中山“联俄、联共、扶助农工”三大政策的情况。曹孟君和孙晓村介绍了南京的情况。会议共商了抗日救国的大计，并决定在读书会的基础上建立救国会，以推动国共合作，一致抗日。

万方楼会议之后，上海、无锡、南京三地抗日救国运动迅速发展。南京读书会举办“冬令讲学会”，向文化界和大学学生进行抗日救国宣传工作；每次都是约请各界知名人士作学术讲演，从不同层面、不同角度宣传救国，立法委员陈长蘅、卫挺生，中央大学教授赵兰坪，以及章乃器、钱俊瑞等都作过讲演，每周一次，持续了大约三个月。“冬令讲学会”为南京的救国运动做了宣传鼓动工作，为救国运动提供了一定的群众基础，团结影响一些人，壮大革命的力量，瓦解反动派的部分力量，在社会上有较大的影响，为南京救国会的成立奠定了基础。

南京读书会的成员分工负责筹备成立南京各界救国会，按照不同界别分工负责做工作。文化界由狄超白和孙晓村负责；妇女界由曹孟君、胡济邦负责；学生界由薛葆鼎负责；职工界由薛宁人负责。1935年夏末秋初妇女界救国会首先成立。负责人是曹孟君、季洪、王枫等。随后文化界救国会成立，负责人有孙晓村和狄超白等。学生界救国会亦随之成立，负责人有后文翰、季宗璞、薛葆鼎等。1936年5月，职工界救国会成立，负责人是汪德彰、赵鹏等。

1936年5月31日至6月1日，全国各界救国联合会在上海召开成立大会。这是中国人民抗日救国史上的一件大事，也是中国抗日民族统一战线史上的一件大事。大会完全接受中国共产党提出的建立抗日救国统一战线的主张。全国18个省市60多个救亡团体的代表参加了成立大会。孙晓村以南京救国会负责人的身份参加了大会，任全国各界救国联合会中央常委。孙晓村当时正式的身份是国民政府行政院农村复兴委员会专员，财政部赋税司科长。1936年8月，南京各界救国会正式成立。成立会是在玄武湖的船上召开的，主要负责人有孙晓村、曹孟君、李庚、薛宁人、狄超白、王枫、千家驹等。

全国各界救国联合会成立以后，救国运动在全国如火如荼地开展起来。南京救国会兴起援绥运动，事情的缘起是这样的。

1936年初，在日本帝国主义的策划下，成立了伪“蒙古军总司令部”。由德穆楚克栋鲁普任总司令，李守信任副司令。5月又正式成立了伪“蒙古军政府”。伪蒙古军政府成立后，即招兵买马，扩充军队，组织伪蒙古军。同时，日本帝国主义又策划王英组织“西北蒙汉防共自卫军”(后改称“大汉义军”)。8月，在日本帝国主义支持和协助下，李守信和王英等伪匪军开始侵扰绥远。11月，在日军配合下，李守信、王英等部向绥远大举进攻。驻绥远的爱国将领傅作义部奋起抵抗，全救会随即发表宣言，呼吁“全国不愿做亡国奴的同胞，立刻自动组织起来，参加救国阵线，以全力援助绥远抗战军队。”(周天度:《救国会》第150 页)。绥远战争爆发后，全国人民进行援绥运动，从城市到乡村，各抗日阶级、阶层和团体都尽其所能声援绥远抗战。1936年冬形成援绥热潮。北平学生募集万件皮衣，各地女校赶制丝棉背心，上海学童捐助买早点的费用，穷苦大众也用微薄之资援助绥远抗战，据统计全国捐款达120余万元。绥远抗战和援绥运动是抗战形势高涨的一种表现。

在救国会领导下，南京救国会并通过冯玉祥，推动国民党上层人士张继、居正、覃振等发起援绥抗日运动，11月上旬南京举行各界支援绥远军民抗日大会，“这次大会是南京救国会与国民党上层人士中进步分子如王昆仑、张西曼、许宝驹等同志共同筹备的，还得到冯玉祥、孙科、梁寒操、居正、覃振的支持，大会在南京中央饭店大厅举行，推国民党元老张继为主席并讲话，许多国民党政府的立法委员、监察委员都来参加。大会通过了支援绥远的电文，并在会后进行募捐”(孙晓村:《关于救国会的一些回忆与认识》，(《孙晓村纪念文集》，中国文史出版社1993年版，第51页)。因为国民党元老张继做大会主席，国民党特务就不敢破坏会场。在白色恐怖笼罩的南京召开这样的大会，公开宣传支援绥远抗日的军民，这是空前的，可以说在一定程度上冲破了白色恐怖。会后，援绥的衣物钱款由许宝驹等代收。会中孙晓村与曹孟君奔走联系，身份更加暴露。援绥运动有力地支援了绥远抗战。

援绥大会几天后，国民党政府就下了毒手，11月22日逮捕了上海沈钧儒等七位救国会领导人。28日那天，孙晓村与王昆仑、张西曼等在讨论如何营救上海七君子时，得知同日上午曹孟君被捕了，罪名是“赤匪嫌疑”。他们立即研究两个问题，一是孙晓村是否躲避，二是如何营救曹孟君。大家认为孙晓村最好不走，因为他在财政部是科长，又是筹备直接税的专门委员，地位比曹孟君高，敌人可能不致下手。营救曹孟君，主要想找冯玉祥夫人李德全，通过冯玉祥去想办法。随后，孙晓村去通知千家驹和狄超白以防意外。下午4时左右，孙晓村正在内政部开会。有人进会议室通知他:“洛阳来人要与你谈话。”他暗想凶多吉少，因为蒋介石正在洛阳。果然一出去，就有两个带着手枪的特务，向他出示一张逮捕状，罪名是“赤匪嫌疑，危害民国”，孙晓村就这样被捕了。

孙晓村被捕后，被关在宪兵司令部的一个会客室里。第二天，宪兵司令部的一名低级刑审员来审问他，第一句话说:“你要知道阶级斗争是残酷的。”是啊，受剥削、受压迫是惨的、被奴役、做亡国奴是惨的。孙晓村冷冷地回答:“做亡国奴更惨。”刑审员没有想到他还敢对抗。

孙晓村进一步反击，质问道:“我是财政部的一个科长，抓我什么理由？”

刑审员心虚了，没有底气地说:“是洛阳的命令，你是赤匪嫌疑。”

孙晓村追问道:“有何证据？”刑审员被问住了，理屈词穷地说:“这你不能问，我们有根据，你与赤匪有关。”

审判僵住了，不知道是谁在审判谁，这次审判没法进行下去了。随后，孙晓村被关押到宪兵司令部的看守所。里面关押了各式各样的人，两人关在一间牢房里。在看守所里，三天两头要被拉出去提审，审问的内容主要是中共南京地下党组织的情况，以及有哪些党员。敌人想从他口中得到党组织的情况，这等于枉费心机，他怎么能出卖自己的同志和战友，怎么能把自己的战友推到敌人的屠刀下呢？他说，我不是中共党员，我不知道，我只为抗日救国干救国会的事。其实，四一二政变后，孙晓村就参加了中国共产党，入党介绍人是胡曲园和王兰生，在北京大学支部下的一个小组活动，同组的有千家驹、陈洪进、吴羹梅等人。由于1929年初夏，中共河北省委被叛徒出卖，党员名单被抄去，组织让他立即从中法大学撤离，不能延误，他只得放弃即将完成的大学学业，躲到了杭州。同他共事多年的王昆仑本身也是共产党员，还有其他的一些人是共产党员他应该也是知道的，但他不能卖友求荣，不能丧失气节。审问了很多次，总是这个问题，总是没有结果。

审问不出什么东西，敌人又想出了新的招数，在这牢房里关了两个多星期后，他又被转送到另一间牢房。同牢的一个犯人，有点商人模样，一见面就喊冤枉，一会儿又神秘地对孙晓村耳语，说蒋介石在西安被抓起来了，是被张学良、杨虎城扣押的。孙晓村感到这是天大的好事，但又不相信这是真的，不敢表态。他要提高警惕，以防上当。后来，那人又同他谈了好几回，他轻描淡写地说不可能吧，仍没表态。其时正是西安事变。后来回想起来，当初他如果拍手叫好，可能会被那人出卖，也许会被拉出去枪毙。敌人见从他嘴里得不到什么有价值的东西，就把他关在那里，既不理睬，也不提审了。

在牢中，其中一件事让孙晓村记忆深刻。 1937年初，有个女青年被抓进来后，高声痛骂国民党反动派，高唱国际歌。看守为阻止她唱歌，把泥土塞进她的口里，她吐出后继续唱，看守们就毒打她，直到把她打得遍体鳞伤，失去知觉后才住手。第二天一早就将她押解到南京雨花台处决。孙晓村被关的牢房是进出大门的必经之路，他从门洞里望到了这个姑娘，惨不忍睹。他见此惨景，含泪作诗，以志寄怀:

暗挥热泪哭姑娘，革命未成抱恨亡。

雨花台畔精魄永，抗日史上姓氏香。

悲歌慷慨犹绕耳，就义从容最断肠。

门洞一面成永诀，思君抚已两茫茫。

到了七七事变后，被关在牢里的人都知道抗战爆发了，日本飞机轰轰地从头顶上飞过。看守们采取了更严的防备措施，给“犯人们”戴上手铐。孙晓村抗议说:“我是因救国会主张抗日而被捕，过去倒没上手铐，现在抗日了，反要上手铐，道理何在？”他们不理睬，还是给加了手铐。

从“七君子”入狱，社会各界就积极营救“七君子”，宋庆龄、何香凝、胡愈之、胡子婴等16位具有社会影响力的人士发表了《救国入狱运动宣言》，对当局震惊很大。七七事变爆发，在全民抗战呼声日益高涨的巨大压力下，国民党当局不得已在7月31日释放了“七君子”。

1937年9月4日下午，看守把孙晓村叫出去。在一个军法官的办公室，孙晓村看到交通部次长彭学沛坐在那里。军法官讲，“今天彭次长保你出去，我们同意了。但你态度不好，曾散发共产党的文件，判你5年有期徒刑，缓刑2年。在缓刑的2年里是随时可抓的。”孙晓村就这样被保释了，结束了9个多月的牢狱生活，回到沈钧儒、沙千里等救国会同志中间，以君子和斗士的精神开始了新的抗日救亡斗争。

2006年11月10日，纪念孙晓村同志诞辰100周年座谈会在北京人民大会堂举行。中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林出席座谈会。

孙晓村曾任中国人民政治协商会议第七届全国委员会副主席，中国民主建国会中央委员会副主席，是我国著名的爱国民主人士、政治活动家和农村经济学家。