更新时间：2024-07-17 18:24
1929年2月1日，孙燕出生于河北省唐山市乐亭县。
1947年—1951年，在燕京大学学习医学，毕业后获得学士学位。
1951年—1956年，在北京协和医学院学习医学，毕业后获得博士学位。
1952年，加入共产主义青年团。
1954年，参加中国人民解放军。
1958年5月，下放到昌平上苑乡麦庄一边参加劳动一边给当地农民看病。
1959年2月，调到医学科学院西山造林队做医生，10月，被摘去“右派”帽子，分配到中国医学科学院肿瘤医院工作。
1970年1月，带着全家到甘肃定西地区医院安家落户。
1972年5月，调回北京工作，开始了扶正中药促免疫和主持肺癌综合治疗的科研工作。
1975年5月，参加云南锡业公司矿工肺癌医疗队，多次赴个旧在那里开展医疗、普査和科研工作。
1979年12月，作为第一批访问学者以客座教授的身份赴美国休斯敦在M.D.Anderson肿瘤中心从事研究工作。
1982年初，回到肿瘤医院担起发展学科的任务。
1983年，晋升为主任医师，成为协和医科大学临床肿瘤学教授。
1984—1992年，在中国医学科学院肿瘤医院担任内科主任。
1985年，加入中国共产党。
1986年—1994年，在中国医学科学院肿瘤医院工作。
1999年，担任国家药品（抗肿瘤）临床研究中心主任并当选为中国工程院院士。
从1960年起，孙燕和同事试用中国医学科学院药物研究所开发的抗肿瘤新药N-甲酰溶肉瘤素治疗睾丸精原细胞瘤，取得成果。
1962年，孙燕与同事开创的乳腺癌晚期术前化疗、胸壁复发的局部治疗、肺转移的治疗，使一部分病人存活期长达10~30年，孙燕与同事还开展了胸腔积液的局部治疗和头颈部癌的动脉化疗等。孙燕回到北京以后，决定从黄芪入手开展对扶正中药的研究，用现代科学方法对中药的效果进行细致的观察和分析。多年来，证实传统中药黄芪、女贞子、芦笋、仙灵脾等可促进病人免疫功能的恢复，抑制肿瘤病人过多的T抑制（Ts）细胞的活性，保护肾上腺和骨髓功能，辅助放射、化疗应用，能够提高病人的远期结果，从女贞子提取了一种有效成分——齐墩果酸，通过多中心双盲临床研究证明有良好疗效，此后，孙燕对肿瘤治疗中应用“祛邪一扶正一强化治疗一扶正”的模式作了研究和新的阐述，并在淋巴瘤和小细胞肺癌综合治疗的治愈率方面均达到国际先进水平。
1999年，孙燕和谷铣之教授总结了肿瘤医院40年开展肿瘤综合治疗的成果和经验，在头颈部癌、食管癌、乳腺癌、肺癌、鼻咽癌、淋巴瘤和中西医结合方面都取得了成果。
据2020年6月中国工程院官网显示，孙燕发表学术论文400余篇，编写《肿瘤化学治疗学》、《临床肿瘤内科手册》、《内科肿瘤学》、《肺癌》和《中西医防治肿瘤》等专著41部，持有发明专利4项。
据2020年6月中国工程院官网显示，孙燕获得1978年全国科学大会奖（N-甲酰溶肉瘤素）、国家科技进步一等奖（靶向新药埃克替尼）、二等奖2次（癌症靶向治疗和新药榄香烯注射液）、发明奖1次（重组人血管内皮抑素）和省部级奖多项，在国际上获得过国际自然免疫及生物反应调节剂大会奖（1985年）、亚洲临床肿瘤学会George Wu纪念奖（1999年）和木村喜代二纪念奖（2001年）。
据2020年6月中国工程院官网显示，孙燕培养了博士生45名、硕士生4名。
孙燕认为，肿瘤学是一门既艰难又有趣的学科，需要不断学习、研究和实践，其间有太多的课题要做，一个人的知识、精力和时间太有限了，就是不吃不喝也做不完，因此需要培养大批新人，孙燕还经常告诉学生：面对病人不可以有半点不懂装懂，医学是一门严格的科学，而且是立竿见影的科学，作为医生，要谨慎敬业，马虎不得，可能治过一千例病人，但到一千零一个可能出错。
2014年5月25日下午， 在云南省肿瘤医院“百名院士专家科普报告云南行”专题讲座中，孙燕就《我国肿瘤发病趋势与诊疗方面的进展》为题进行了一个多小时的报告。
2014年10月11日下午，孙燕到甘肃省肿瘤医院作了题为《肿瘤多学科综合治疗》的学术报告。
孙燕担任世界卫生组织（WHO）癌症专家咨询委员会委员十年（1991年—2002年），国际抗癌联盟（UICC）原老委员会委员（2000年），中国癌症研究基金会（CCRF）（2002年）、亚洲临床肿瘤学会（ACOS）（2001年—2005年）副主席和主席（2005年），中国药品监督管理局药品审评委员会和麻醉品委员会委员（1996年），人事部、卫生部医学专业考试委员会副主任（2001年），中国药典委员会委员（2002年），并在北京大学医学部、中国中医研究院、郑州大学医学部、南方大学、第三军医大学、山东肿瘤防治所、华西医科大学附属医院、汕头医学院肿瘤医院、天津医科大学肿瘤医院、天津市第二中心医院肿瘤医院、广东省人民医院肿瘤中心等担任客座教授，《中国医学论坛报肿瘤学专刊》《中国肺癌杂志》和《中国肿瘤姑息治疗杂志》主编，《癌症进展杂志》《中国新药杂志》副主编，《中华肿瘤杂志》《中国肿瘤临床》《日本临床肿瘤学杂志》（JJCO）和《Seminarsin Oncology》《Internatonal J Experimental and Clinical Chemotherapy》等期刊的编委。
酷爱音乐的孙燕常在贝多芬那深沉庄重、昂奋向上的生命第九交响乐章中寻找人生的节拍和旋律，体味人类最美好的情感，让自己从疲劳与烦恼中获释。孙燕也喜欢舒伯特和王洛宾的歌曲，悠扬欢畅，充满深情，犹如美好的人生，令他备加珍爱。青少年时的孙燕就是在“天伦歌”、“兄弟们向太阳向自由”、“黄河大合唱”等歌曲中接受了革命思想，是音乐使他至今仍然保留着一颗年轻的心和爱国的情。
孙燕学风严谨、医德高尚，是中国肿瘤内科治疗的创始人和开拓者之一，半个多世纪以来，在发展专业、学科，推广综合治疗，开发抗肿瘤新药与中西医结合研究和培养专业人才方面卓有贡献。（中国工程院评）
孙燕医术精湛享誉中国国内外，是中国肿瘤内科治疗专业奠基人。（中国医学科学院肿瘤医院评）