1999年，当选为中国工程院院士。

2000年7月，担任中国核动力研究设计院科学技术委员会主任。

孙玉发领导和参加完成了多项核电和核动力工程的设计科研项目，对控制棒驱动线、堆芯水力模拟、组件热工水力特性等关键技术进行了试验，为工程设计提供了数据和验证。孙玉发和同事们一起完成了多座大型核动力实验装置的设计建造，为核动力技术研究和工程验证提供了平台，为中国核动力发展创造了条件，奠定了基础。

孙玉发院士认为“学莫强于立志，莫进于善思，莫言于自画，莫病于自足，莫罪于自弃”，一个人要成就事业就要从小立志，对自己有约束，学会吃苦，将来为国家做一些有意义的事情，孙玉发院士说：“对于大学生，特别是刚入学的新生，从相对紧张和封闭的高中生活进入开放的需要自我管理的大学环境里，容易放松自己，迷失方向，有不少在高中很优秀的同学就此沉沦下去了，这是不行的。要让学生们尽快适应大学生活，尽快转变角色，不能糊里糊涂地生活，要努力奋斗。”

孙玉发院士认为“立志高远，岁月如歌。有志必有路，对人生和事业要有自信。”

孙玉发院士长期负责领导工程科研的工作，认为科研和工程技术是分不开的，两者是相辅相成的，每个人都不能太专一，搞工程设计的要会科研，搞科研的也要会设计。对大学生在以后的工作学习方面这样谈到：“第一，在学校里要把基础打好，到工作岗位后才能迅速成长起来；第二，要虚心学习前人的经验，为个人的发展提供借鉴；第三，不能看不起小事，平时要注意一点一滴的 积累，不可瞎忽悠。一个人讲求的是一种综合素质，只有各方面都完善了才能成为将才、帅才。”

孙玉发院士认为“工科的学生要博览群书，历史、地理、文学、哲学等各个方面的综合素质都不可或缺。知识面要广，否则‘书到用时方恨少’。就像世界杯足球赛，大学生也应该感兴趣，看比赛时更多体会那种不放弃、不服输的竞技状态，平时要多读东西，放眼世界，当然也不能喧宾夺主，自己的专业一定要学好，要学透。”

孙玉发学识渊博、为人谦和，始终工作在工程科技第一线。孙玉发心系国家，积极为中国核科技事业的发展建言献策。孙玉发十分关心工程院的工作，积极参加工程院的各项活动，为工程院的发展作出了重要贡献。孙玉发热爱祖国、科学求实、开拓创新、严谨治学、敬业奉献，是中国工程科技界学习的榜样。（中国工程院院士、原院长周济评）

孙玉发长期从事反应堆工程设计与科研工作，在反应堆工程研发中做出了突出贡献，是该领域的学科带头人。（哈尔滨工程大学评）