2010年，任北京大学经济学院院长。

孙祁祥1995年以前主要研究宏观经济理论、国家所有制改革、市场经济理论与实务；1995年后主要研究重点中国保险业发展战略、保险监管、国际保险市场比较研究、金融一体化。

孙祁祥主持的国家发改委“十一五”规划课题《中国系统性金融风险与国家经济安全》的成果，作为向国务院高层汇报的重要研究资料，为国家《国民经济和社会发展“十一五”规划纲要》作了重要的前期研究准备；由她共同主持的《中国保险业“十五”发展规划》课题成果经由中国原保监会发布，成为指导中国保险业2001—2005年发展的重要纲领性文件；由她主持的《经济全球化背景下中国的贸易强国战略与外贸风险管理》课题的主要成果，经新华社《国内动态清样》报送中央高层，引起政府对政策性保险业发展的高度重视，直接影响了国家关于出口信用保险运行模式的选择。

孙祁祥关于“处理转轨成本是个人账户从‘空账’转变为‘实账’、改革和完善中国养老保险制度的关键”“保险制度是市场经济不可或缺的重要组成部分”“美国金融危机对中国保险业的六大警示”“必须注重中国保险周期的研究”“‘十二五’期间中国应当重视宏观综合风险管理，确保经济与社会的动态均衡与协调发展”等观点和研究在学术界和相关领域都产生了广泛的影响。

截至2021年7月，孙祁祥主持中央财经领导小组办公室、国家教育部、国家发展改革委员会、中国商务部、中国银保监会、国家社科基金等部委和国际机构委托的科研课题30余项。

截至2021年7月，孙祁祥在中国国内外学术期刊上发表论文190余篇。

截至2021年7月，孙祁祥独著、主笔、主编、主译著作20余部。

截至2021年8月，孙祁祥获得“首届陈岱孙经济学论文奖”，“北京市哲学社会科学成果一等奖”，“中国保险学会保险理论创新成果一等奖”、“北京大学人文社会科学成果一等奖”、“曹凤岐经济与金融理论突出贡献奖”等多种科研成果奖励。

截至2018年7月，孙祁祥讲授过的课程有比较经济学、股份经济学、经济学原理、公司战略、风险管理与保险、保险学专题。

尽管从教几十年，对于“讲课”早已驾轻就熟，但精益求精的态度早已根植于孙祁祥老师的血液中；每次课前，她仍然会认真备课，更新数据和资料；课堂上，她激情四射、深入浅出，让学生如沐春风、兴致盎然；课后，她会耐心回答学生们提出的每一个问题，认真回复每一封邮件；孙老师用这种精益求精的精神，培养了一批又一批优秀的毕业生。外表优雅，内涵坚毅，这是孙老师给人的第一印象，然而，孙老师从不把自己拘泥于某个标签之上；她的世界，丰盈而广阔。国际学术会议上，她优雅睿智；三尺讲台上，她坚守初心；人生重大选择面前，她坦荡从容……但是，即使没有任何“头衔”笼罩，勇于挑战、追求极致的孙老师同样魅力四射。（北京大学经济学院 评）

孙祁祥具有将中国保险教育和西方保险教育完美结合的非凡能力。（外国同行 评）

孙祁祥不仅在学术研究领域有很深的造诣，在教学工作中也颇有建树，作为北京大学经济学院保险学专业的创始人，她为北大保险学专业的建设工作作出了重大贡献。（凤凰网 评）