汉顺帝即位的消息传出后，阎太后的兄长阎显在宫中，忧愁焦急，不知该如何做。小黄门樊登劝阎显发兵，让阎太后下诏，召集越骑校尉冯诗、虎贲中郎将阎崇，驻扎在朔平门，以抵御孙程等人。于是引冯诗入宫，阎太后授予他印绶，说：“能得济阴王者封万户侯，得李闰者五千户侯！”阎显认为冯诗所带领的兵将不多，便与小黄门樊登迎接官兵于左掖门外。冯诗却格杀小黄门樊登，回营驻守。阎显的弟弟卫尉阎景，从宫中回到外府，收聚兵力到盛德门。

孙程奉汉顺帝之命，传召诸尚书，使其逮捕阎景。当时尚书郭镇卧病在床，听说后，立即率领直宿羽林军出南止车门，遇上卫尉阎景带领的官兵，于是拔出白刃，高呼：“无干兵！”郭镇即下车，持节诏之。阎景说：“何人的诏书？”于是射向郭镇，但没有射中。郭镇引剑击阎景落下马车，左右用戟叉阎景的胸，于是擒住了阎景，送往廷尉狱，当夜便死了。

次日早晨，汉顺帝令侍御史逮捕阎显等人送往监狱，于是阎氏外戚被彻底。汉顺帝下诏封孙程为浮阳侯，食邑万户，跟随孙程的十八人也一并封侯，食邑均低于孙程，史称“十九侯”。同时加赐车、马、金、银、钱、帛，各有差。提拔孙程为骑都尉。

永建元年（126年），中常侍张防滥用权势，收受贿赂，司隶校尉虞诩依法追究，但奏章总是遭到扣压，不得上报。虞诩愤慨之至，于是捆绑自己去见廷尉。而张防在刘保面前流泪为自己申诉，导致虞诩被罚去左校服役。宦官孙程、张贤、孟叔、马国等十九侯得知虞诩因忠获罪，便怀表上殿为虞诩伸冤，并大声斥责张防道：“奸臣张防，何不下殿！”张防迫不得已，躲到了东箱后面。孙程说：“陛下应当立即收捕张防，不要让他向阿母宋娥求请。”汉顺帝询问诸尚书，而尚书贾朗向来与张防交好，坐实了虞诩的罪名。汉顺帝心生疑虑，对孙程说：“你们先出去，吾独自思考一会。”于是虞诩的儿子虞凯与太学生一百多人，都举着旗帜，到另一位中常侍高梵跟前，向他叩头流血，申诉虞诩的冤情。高梵于是向刘保说明此事，刘保幡然醒悟，便将张防流放边疆，并将其党羽贾朗等六人处死或罢黜，当天就释放了虞诩。

孙程又上书指出虞诩有大功，言辞激烈，汉顺帝有所感悟，拜虞诩为议郎。数日后，又升迁虞诩为尚书仆射。

由于孙程等人怀表上殿时言辞激烈，惹得汉顺帝不悦。永建元年（126年），相关部门弹劾说：“孙程等人人干乱悖逆，王国等十九侯都是孙程的党羽，长久留在京都洛阳，会愈发骄恣。”汉顺帝便革除了孙程等十九侯的官职，全部徙往偏远地区，并让洛阳令敦促监督他们离开。

司徒朱伥的属下周举说：“陛下在西钟下的时候，如果没有孙程等人，陛下就难以即位，如今陛下却忘却孙程的大功德，抓住他一点小过失就革职放逐，如果孙程在放逐的路上死去，皇帝将会蒙受诛杀功臣的讥讽。趁着现在孙程等人还没远去，应当即可上表求情！”司徒朱伥说：“如今陛下盛怒，吾独自上表为孙程求情，必定获罪。”周举说：“明公您年过八十，位居台辅，不在现在竭忠报国，只为保全自身。即便因进谏而获罪，也能有忠贞之名。如果您不采纳周举的言论，周举就请辞了！”于是朱伥便上表进谏，为孙程等人求情，汉顺帝果然采纳了朱伥的建议，将孙程改封为宜城侯。

孙程到达宜城封地后，心中愤懑不平，缄封退还了宜城侯印绶与符策，逃回京师洛阳，隐居到山林中。汉顺帝下诏寻找他，恢复了他的爵土，赏赐其车马、衣物，又将其遣回封地。

永建三年（128年），汉顺帝感念孙程等人的功勋，又将其召回京师洛阳，恢复了他的骑都尉之职。

阳嘉元年（132年），孙程去世，卒谥号为刚。准其弟孙美，承袭封国，并把食邑的一半给养子孙寿，封为浮阳侯。

孙程墓在望都县所药村东，墓坐北朝南，由墓道、墓门、前室及其东西耳房、中室及其东西侧室、后室及其北壁小龛寺等构成。前室只存壁画，并无遗物。耳室和侧室中出土有三层陶楼、石棋盘、石榻和陶猪圈等。壁画主要在前室四壁及通中室券门内西侧。南壁绘有“寺门卒”以及“门亭长”，西壁自南至北，上部六人为门下史、门下贼曹、门下游徽、门下功曹等；所有壁画均线条简炼，人物相貌精神不一，鸟兽亦生动逼真，颜色多为矿物质，鲜明清晰。